More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0800 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0800  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
363 aa  747    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.873611  normal  0.99103 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.04 
 
 
330 aa  272  6e-72  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  44.33 
 
 
341 aa  250  3e-65  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  43.15 
 
 
319 aa  236  6e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  39.79 
 
 
326 aa  231  2e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  39.79 
 
 
326 aa  231  2e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.16 
 
 
322 aa  229  4e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.52 
 
 
320 aa  229  8e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  38.22 
 
 
322 aa  226  6e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.88 
 
 
326 aa  225  8e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.93 
 
 
321 aa  224  2e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  37.82 
 
 
347 aa  223  4e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  41.72 
 
 
347 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.94 
 
 
321 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  40.06 
 
 
324 aa  219  5e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07710  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  39.69 
 
 
331 aa  218  1e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.829113 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.58 
 
 
328 aa  218  1e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.4 
 
 
324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.54 
 
 
325 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  39.16 
 
 
333 aa  211  1e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  38.56 
 
 
332 aa  209  5e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  40.21 
 
 
325 aa  208  1e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  39.16 
 
 
308 aa  208  1e-52  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.46 
 
 
332 aa  203  3e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.37 
 
 
327 aa  203  4e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.62 
 
 
332 aa  203  5e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  37.62 
 
 
332 aa  203  5e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.62 
 
 
332 aa  202  5e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.29 
 
 
332 aa  202  9e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.29 
 
 
332 aa  202  9e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  36.96 
 
 
324 aa  200  3e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  36.96 
 
 
324 aa  200  3e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.42 
 
 
321 aa  199  5e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  37.29 
 
 
332 aa  199  6e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.66 
 
 
333 aa  199  7e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  37.83 
 
 
318 aa  199  7e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  40.75 
 
 
333 aa  199  7.999999999999999e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.63 
 
 
332 aa  198  9e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.63 
 
 
332 aa  199  9e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  36.17 
 
 
335 aa  197  2.0000000000000003e-49  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.15 
 
 
351 aa  196  5.000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  34.95 
 
 
342 aa  196  6e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  38.95 
 
 
325 aa  195  1e-48  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.53 
 
 
334 aa  194  2e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.86 
 
 
328 aa  193  4e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  35.43 
 
 
326 aa  190  4e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.46 
 
 
357 aa  189  5e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  35.74 
 
 
320 aa  189  5.999999999999999e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.93 
 
 
350 aa  189  8e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.59 
 
 
326 aa  187  3e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  38.51 
 
 
325 aa  186  6e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  35.19 
 
 
333 aa  185  8e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  36.67 
 
 
331 aa  185  1.0000000000000001e-45  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  37.11 
 
 
334 aa  183  3e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  36.7 
 
 
334 aa  181  1e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.66 
 
 
327 aa  181  2e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.79 
 
 
353 aa  180  2.9999999999999997e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  42.18 
 
 
334 aa  180  4e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.43 
 
 
343 aa  179  4.999999999999999e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  36.42 
 
 
325 aa  179  7e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.46 
 
 
337 aa  179  8e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.9 
 
 
351 aa  179  9e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.05 
 
 
388 aa  178  1e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.58 
 
 
330 aa  178  1e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1528  dihydrouridine synthase DuS  36.77 
 
 
301 aa  178  1e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000383307  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  36.08 
 
 
343 aa  177  2e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  35.05 
 
 
329 aa  177  2e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  37.46 
 
 
330 aa  177  3e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  37.5 
 
 
332 aa  177  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  35.4 
 
 
332 aa  176  4e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.18 
 
 
343 aa  176  5e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3847  TIM-barrel protein, nifR3 family  40 
 
 
348 aa  176  6e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.67 
 
 
332 aa  176  8e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.59 
 
 
358 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.17 
 
 
352 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3933  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.68 
 
 
348 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  37.42 
 
 
351 aa  175  9.999999999999999e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  38.44 
 
 
352 aa  174  9.999999999999999e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.52 
 
 
320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6005  TIM-barrel protein, nifR3 family  39 
 
 
348 aa  174  1.9999999999999998e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3909  nifR3 family TIM-barrel protein  40 
 
 
348 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329543  normal  0.406839 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  33.75 
 
 
335 aa  173  2.9999999999999996e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.52 
 
 
332 aa  174  2.9999999999999996e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.94 
 
 
354 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.74 
 
 
337 aa  173  3.9999999999999995e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.14 
 
 
331 aa  173  3.9999999999999995e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.01 
 
 
317 aa  173  5e-42  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  34.18 
 
 
335 aa  172  5.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.47 
 
 
347 aa  172  6.999999999999999e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  35.86 
 
 
436 aa  171  1e-41  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.29 
 
 
352 aa  171  1e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.61 
 
 
335 aa  171  2e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  37.35 
 
 
333 aa  171  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.37 
 
 
323 aa  171  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  37.94 
 
 
338 aa  170  3e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  35.14 
 
 
306 aa  170  3e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  35.14 
 
 
306 aa  170  3e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1679  dihydrouridine synthase DuS  36.99 
 
 
333 aa  170  4e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0597141 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  36.3 
 
 
323 aa  170  4e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.44 
 
 
348 aa  170  4e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>