More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0068 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0068  fumarate lyase  100 
 
 		 459 aa  930    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0951  fumarate hydratase  64.08 
 
 		 459 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.624822  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0944  fumarate hydratase  63.86 
 
 		 459 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0984  fumarate hydratase  63.86 
 
 		 459 aa  565  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58030  fumarate hydratase  64.11 
 
 		 458 aa  565  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.127723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5084  fumarate hydratase  64.3 
 
 		 458 aa  558  1e-158  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209589  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27180  fumarate hydratase  63.41 
 
 		 458 aa  558  1e-158  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00136432  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3686  fumarate lyase  59.4 
 
 		 463 aa  555  1e-157  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.172215 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4271  fumarate hydratase  62.75 
 
 		 458 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4461  fumarate hydratase, class II  62.53 
 
 		 458 aa  545  1e-154  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0822  fumarate hydratase  61.23 
 
 		 457 aa  546  1e-154  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1177  fumarate hydratase  59.61 
 
 		 461 aa  541  1e-153  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.661179  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0849  fumarate hydratase  62.14 
 
 		 448 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01603  Fumarase  56.92 
 
 		 457 aa  532  1e-150  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00674477  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4264  fumarate hydratase  62.45 
 
 		 458 aa  528  1e-149  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0703  fumarate hydratase  62.45 
 
 		 458 aa  528  1e-148  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00794329 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2108  fumarate hydratase  59.74 
 
 		 459 aa  527  1e-148  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.866969  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1848  fumarate lyase  59.29 
 
 		 456 aa  522  1e-147  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0025  fumarate lyase  58.98 
 
 		 465 aa  522  1e-147  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1359  fumarase  59.42 
 
 		 462 aa  519  1e-146  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01214  fumarate hydratase  58.48 
 
 		 469 aa  521  1e-146  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627754  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2626  fumarate hydratase  57.87 
 
 		 475 aa  516  1.0000000000000001e-145  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0946785  normal  0.393755 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1384  fumarate hydratase  56.44 
 
 		 464 aa  517  1.0000000000000001e-145  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1738  fumarate hydratase  57.74 
 
 		 456 aa  516  1.0000000000000001e-145  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1543  fumarate hydratase  58.09 
 
 		 469 aa  512  1e-144  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002204  fumarate hydratase class II  57.17 
 
 		 461 aa  511  1e-144  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00163  fumarate hydratase  56.99 
 
 		 461 aa  508  9.999999999999999e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0893  fumarate hydratase  57.21 
 
 		 469 aa  507  9.999999999999999e-143  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0807  fumarate hydratase  57.27 
 
 		 469 aa  503  1e-141  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1650  fumarate hydratase  56.07 
 
 		 462 aa  504  1e-141  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1441  fumarate lyase  57.78 
 
 		 461 aa  494  9.999999999999999e-139  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1992  fumarate hydratase  54.08 
 
 		 460 aa  481  1e-134  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.768231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2056  fumarate hydratase  54.5 
 
 		 469 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3405  fumarate hydratase  51.42 
 
 		 458 aa  454  1.0000000000000001e-126  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8511  fumarate lyase  51.63 
 
 		 463 aa  447  1.0000000000000001e-124  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.693564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0422  fumarate lyase  49.89 
 
 		 472 aa  439  9.999999999999999e-123  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1272  fumarate lyase  53.47 
 
 		 462 aa  436  1e-121  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0748  fumarate lyase  49.67 
 
 		 467 aa  431  1e-119  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00385959  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0229  fumarate lyase  50 
 
 		 457 aa  425  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2866  fumarate hydratase  49.46 
 
 		 463 aa  422  1e-117  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3085  fumarate lyase  49.13 
 
 		 464 aa  421  1e-116  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.743068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4397  fumarate lyase  49.34 
 
 		 473 aa  417  9.999999999999999e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2102  fumarate hydratase  49.56 
 
 		 459 aa  418  9.999999999999999e-116  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.306021  normal  0.0112953 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0459  fumarate hydratase  47.46 
 
 		 463 aa  409  1e-113  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.907865  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1000  fumarate lyase  48.77 
 
 		 472 aa  410  1e-113  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0324  fumarate hydratase  48.03 
 
 		 468 aa  411  1e-113  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.86166e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31540  fumarate hydratase  49.13 
 
 		 465 aa  406  1.0000000000000001e-112  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.404053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0633  fumarate lyase  47.14 
 
 		 469 aa  404  1e-111  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.644026  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1078  fumarate lyase  52.8 
 
 		 464 aa  405  1e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3051  fumarate hydratase  48.37 
 
 		 465 aa  402  1e-111  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0959329 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2205  fumarate hydratase  45.7 
 
 		 469 aa  404  1e-111  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3595  fumarate lyase  42.86 
 
 		 480 aa  402  9.999999999999999e-111  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.164786  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0107  fumarate lyase  46.9 
 
 		 462 aa  400  9.999999999999999e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07330  fumarase  46.58 
 
 		 463 aa  396  1e-109  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.24875 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2778  fumarate hydratase  43.36 
 
 		 468 aa  394  1e-108  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.272994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1812  fumarate lyase  43.2 
 
 		 469 aa  394  1e-108  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2660  fumarate hydratase  44.27 
 
 		 475 aa  393  1e-108  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26470  fumarase  46.36 
 
 		 473 aa  393  1e-108  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.288961  normal  0.266407 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0839  fumarate lyase  47.38 
 
 		 464 aa  393  1e-108  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0742  fumarate lyase  45.8 
 
 		 471 aa  390  1e-107  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.299304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2065  fumarate hydratase  47.05 
 
 		 469 aa  391  1e-107  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0865781 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4649  fumarate hydratase  47.81 
 
 		 471 aa  389  1e-107  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.456115 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1669  fumarate lyase  47.87 
 
 		 466 aa  387  1e-106  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.59569  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3201  fumarate hydratase, class II  43.96 
 
 		 464 aa  382  1e-105  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2918  fumarate hydratase, class II  43.96 
 
 		 464 aa  382  1e-105  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0935  fumarate lyase  46.62 
 
 		 476 aa  382  1e-105  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3882  fumarate hydratase  49.77 
 
 		 463 aa  384  1e-105  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.475519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0844  fumarate hydratase  49.45 
 
 		 463 aa  382  1e-105  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.921062 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1252  fumarate hydratase  46.41 
 
 		 475 aa  382  1e-105  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000132055 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1415  fumarate hydratase  41.48 
 
 		 462 aa  379  1e-104  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.566531  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1238  fumarate hydratase  42.83 
 
 		 459 aa  379  1e-104  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2731  fumarate hydratase, class II  44.15 
 
 		 471 aa  379  1e-104  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.799595  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4674  fumarate hydratase  47.79 
 
 		 466 aa  380  1e-104  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.780743  normal  0.186713 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1636  fumarate hydratase  41.05 
 
 		 462 aa  379  1e-104  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0545327  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1181  fumarate hydratase  46.77 
 
 		 473 aa  379  1e-104  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0978072  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1879  fumarate hydratase  46.98 
 
 		 472 aa  379  1e-104  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1059  fumarate hydratase  47.37 
 
 		 465 aa  380  1e-104  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01580  fumarate hydratase  44.08 
 
 		 467 aa  377  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.191338  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1841  fumarate hydratase  41.05 
 
 		 462 aa  376  1e-103  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.194885  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1637  fumarate hydratase  41.27 
 
 		 462 aa  376  1e-103  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.156374  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1587  fumarate hydratase  41.27 
 
 		 462 aa  376  1e-103  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1783  fumarate hydratase  41.05 
 
 		 462 aa  376  1e-103  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.943509  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1818  fumarate hydratase  44.08 
 
 		 467 aa  376  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0435049  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1197  fumarate hydratase  42.6 
 
 		 459 aa  375  1e-103  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1895  fumarate hydratase  41.05 
 
 		 462 aa  375  1e-103  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0261938  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4243  fumarate hydratase  47.02 
 
 		 466 aa  378  1e-103  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0560645 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1767  fumarate hydratase  41.27 
 
 		 462 aa  376  1e-103  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1832  fumarate hydratase  42.54 
 
 		 464 aa  378  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.87946  hitchhiker  0.00222416 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1873  fumarate hydratase  43.33 
 
 		 465 aa  375  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0104019  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4353  fumarate hydratase  46.93 
 
 		 473 aa  376  1e-103  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.121763  normal  0.136649 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3120  fumarate lyase  46.05 
 
 		 472 aa  375  1e-103  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.000941956  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4122  fumarate hydratase  46.93 
 
 		 473 aa  377  1e-103  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.264623  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1686  fumarate hydratase  43.86 
 
 		 467 aa  378  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.569967  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2270  fumarate hydratase  43.33 
 
 		 465 aa  376  1e-103  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01570  hypothetical protein  44.08 
 
 		 467 aa  377  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.24852  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1819  fumarate hydratase  41.27 
 
 		 462 aa  375  1e-103  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1985  fumarate hydratase  43.33 
 
 		 465 aa  378  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4197  fumarate hydratase  46.93 
 
 		 473 aa  377  1e-103  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.309456  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2279  fumarate hydratase  43.58 
 
 		 465 aa  375  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2032  fumarate hydratase, class II  43.86 
 
 		 467 aa  374  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000761073  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>