More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_0378 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
396 aa  805    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  59.69 
 
 
383 aa  477  1e-133  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  60.86 
 
 
405 aa  472  1e-132  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  43.44 
 
 
379 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  42.6 
 
 
380 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  42.93 
 
 
379 aa  306  4.0000000000000004e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  42.9 
 
 
380 aa  305  9.000000000000001e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  43.53 
 
 
380 aa  298  9e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  40.76 
 
 
393 aa  290  2e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  42.31 
 
 
382 aa  290  4e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  41.88 
 
 
379 aa  287  2e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  42.9 
 
 
378 aa  283  3.0000000000000004e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  40.27 
 
 
379 aa  282  6.000000000000001e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  36.83 
 
 
385 aa  281  1e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  39.44 
 
 
394 aa  281  2e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  41.26 
 
 
379 aa  279  7e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  37.92 
 
 
392 aa  279  8e-74  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  40.26 
 
 
383 aa  276  6e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  39.27 
 
 
379 aa  273  3e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  41.76 
 
 
379 aa  273  3e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  37.3 
 
 
394 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  39.84 
 
 
381 aa  269  5e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  39.04 
 
 
393 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  40.1 
 
 
379 aa  263  3e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  37.02 
 
 
389 aa  259  7e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  40.43 
 
 
381 aa  256  5e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  37.06 
 
 
399 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  38.63 
 
 
381 aa  245  9.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  38.36 
 
 
396 aa  239  6.999999999999999e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4797  extracellular ligand-binding receptor  36.07 
 
 
381 aa  218  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.863571  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 
381 aa  158  2e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  31.3 
 
 
379 aa  155  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  31.56 
 
 
412 aa  154  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 
382 aa  154  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 
397 aa  153  4e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  28.87 
 
 
386 aa  152  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.24 
 
 
385 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 
383 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  29.63 
 
 
385 aa  149  9e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  30.65 
 
 
400 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  29.37 
 
 
385 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 
397 aa  148  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 
403 aa  147  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 
383 aa  147  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  29.65 
 
 
404 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  30.24 
 
 
402 aa  146  6e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
385 aa  146  6e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  28.68 
 
 
388 aa  146  6e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.68 
 
 
388 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 
385 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 
385 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 
385 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  27.84 
 
 
379 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  29.62 
 
 
382 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
381 aa  144  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.52 
 
 
405 aa  143  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  28.28 
 
 
386 aa  143  7e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 
385 aa  142  8e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 
382 aa  142  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 
382 aa  142  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 
385 aa  141  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  31.09 
 
 
405 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.9 
 
 
382 aa  140  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 
382 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  27.58 
 
 
379 aa  140  4.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 
379 aa  138  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  27.02 
 
 
389 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.35 
 
 
385 aa  138  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
382 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  29.14 
 
 
381 aa  136  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 
382 aa  135  9e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
406 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 
411 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 
399 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.16 
 
 
386 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
387 aa  135  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.09 
 
 
385 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.09 
 
 
473 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.09 
 
 
473 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.09 
 
 
473 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.09 
 
 
473 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.09 
 
 
385 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.09 
 
 
473 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 
390 aa  133  6.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  31.73 
 
 
376 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  29.16 
 
 
381 aa  132  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 
386 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.16 
 
 
410 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.61 
 
 
389 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
381 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.34 
 
 
389 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 
380 aa  130  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.34 
 
 
389 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 
385 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  28.72 
 
 
384 aa  127  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
397 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1559  Extracellular ligand-binding receptor  26.93 
 
 
386 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 
388 aa  127  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  27.85 
 
 
377 aa  127  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  28.43 
 
 
394 aa  126  8.000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>