More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1586 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  94.39 
 
 		 392 aa  696    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  88.22 
 
 		 392 aa  652    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 392 aa  789    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  89.29 
 
 		 392 aa  694    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  63.85 
 
 		 390 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  62.4 
 
 		 395 aa  509  1e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  63.4 
 
 		 390 aa  508  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  62.31 
 
 		 390 aa  502  1e-141  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  65.81 
 
 		 391 aa  504  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  55.78 
 
 		 388 aa  423  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  55.78 
 
 		 388 aa  423  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  55.78 
 
 		 393 aa  422  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  55.41 
 
 		 391 aa  411  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  52.96 
 
 		 392 aa  408  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  45.88 
 
 		 397 aa  357  9.999999999999999e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  44.24 
 
 		 390 aa  315  6e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  43.83 
 
 		 391 aa  316  6e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  43.19 
 
 		 390 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  43.98 
 
 		 390 aa  313  3.9999999999999997e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  41.28 
 
 		 392 aa  313  3.9999999999999997e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  43.96 
 
 		 390 aa  309  5.9999999999999995e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  46.92 
 
 		 406 aa  305  1.0000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  43.3 
 
 		 390 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  42.16 
 
 		 390 aa  300  3e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  42.53 
 
 		 390 aa  297  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0821  Extracellular ligand-binding receptor  39.12 
 
 		 368 aa  284  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4295  Extracellular ligand-binding receptor  40.62 
 
 		 392 aa  278  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  32.88 
 
 		 395 aa  230  3e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  36.55 
 
 		 390 aa  201  3e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  35.53 
 
 		 390 aa  196  5.000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  35.2 
 
 		 389 aa  194  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  34.87 
 
 		 395 aa  192  6e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  34.88 
 
 		 410 aa  187  2e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  29.16 
 
 		 412 aa  182  1e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  32.88 
 
 		 406 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  31.35 
 
 		 413 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  33.98 
 
 		 387 aa  177  3e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  32.79 
 
 		 390 aa  176  6e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  32.94 
 
 		 399 aa  176  9e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  32.16 
 
 		 393 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  32.65 
 
 		 395 aa  173  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  34.29 
 
 		 394 aa  172  9e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  32.02 
 
 		 402 aa  170  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  32.33 
 
 		 402 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  30.85 
 
 		 390 aa  169  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  31.05 
 
 		 395 aa  166  8e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  32.96 
 
 		 388 aa  166  9e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  31.96 
 
 		 401 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  32.36 
 
 		 392 aa  165  1.0000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  31.9 
 
 		 395 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  34.29 
 
 		 389 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 		 391 aa  164  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  30.57 
 
 		 397 aa  164  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  32.58 
 
 		 387 aa  162  8.000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  30.83 
 
 		 389 aa  162  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  31.1 
 
 		 392 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  32.18 
 
 		 395 aa  162  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  34.29 
 
 		 390 aa  159  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  32.65 
 
 		 392 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 		 389 aa  159  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  29.6 
 
 		 388 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  29.71 
 
 		 390 aa  156  6e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  29.65 
 
 		 386 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  30.75 
 
 		 390 aa  151  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  31.83 
 
 		 381 aa  150  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  29.6 
 
 		 395 aa  149  8e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 414 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  29.09 
 
 		 389 aa  146  7.0000000000000006e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 		 379 aa  145  1e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  29.77 
 
 		 379 aa  143  4e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  28.98 
 
 		 401 aa  142  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  30.32 
 
 		 407 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  29.97 
 
 		 390 aa  136  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 		 376 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  30.31 
 
 		 398 aa  133  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  28.98 
 
 		 390 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 		 391 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 		 396 aa  131  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  27.44 
 
 		 396 aa  131  3e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  30.32 
 
 		 405 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  29.28 
 
 		 396 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  30.67 
 
 		 405 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  30.67 
 
 		 405 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  30.32 
 
 		 405 aa  127  5e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  30.67 
 
 		 395 aa  127  5e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  32.23 
 
 		 406 aa  126  9e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  30.77 
 
 		 405 aa  125  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  29.89 
 
 		 405 aa  124  3e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  30.77 
 
 		 405 aa  124  3e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4204  extracellular ligand-binding receptor  30.19 
 
 		 400 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  29.89 
 
 		 405 aa  124  4e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0986  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 		 399 aa  123  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.763691  unclonable  0.00000240352 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  30.5 
 
 		 405 aa  123  6e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 389 aa  123  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4882  Extracellular ligand-binding receptor  30.53 
 
 		 394 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4056  extracellular ligand-binding receptor  29.51 
 
 		 394 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.423392  normal  0.164952 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4104  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 470 aa  121  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 		 390 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7682  putative branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.75 
 
 		 397 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.540186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.83 
 
 		 376 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>