More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0392 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0392  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 460 aa  895    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0429  tRNA modification GTPase TrmE  79.39 
 
 		 462 aa  668    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0297  tRNA modification GTPase TrmE  69.41 
 
 		 441 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0098  tRNA modification GTPase TrmE  62.69 
 
 		 456 aa  530  1e-149  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0727899 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0106  tRNA modification GTPase TrmE  64.3 
 
 		 457 aa  521  1e-147  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446893  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0164  tRNA modification GTPase TrmE  63.34 
 
 		 445 aa  520  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0291  tRNA modification GTPase TrmE  61.32 
 
 		 449 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2587  tRNA modification GTPase TrmE  50.98 
 
 		 448 aa  377  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147171 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1284  tRNA modification GTPase TrmE  50.43 
 
 		 451 aa  378  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1833  tRNA modification GTPase TrmE  49.78 
 
 		 431 aa  364  2e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0890064  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0858  tRNA modification GTPase TrmE  45.51 
 
 		 442 aa  351  2e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4390  tRNA modification GTPase TrmE  44.37 
 
 		 436 aa  343  4e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2062  tRNA modification GTPase TrmE  45.51 
 
 		 442 aa  341  1e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00847213  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1982  tRNA modification GTPase TrmE  45.51 
 
 		 442 aa  340  2.9999999999999998e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.535641  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3205  tRNA modification GTPase TrmE  45.99 
 
 		 440 aa  330  5.0000000000000004e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3931  tRNA modification GTPase TrmE  44.64 
 
 		 437 aa  328  9e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3472  tRNA modification GTPase TrmE  45.89 
 
 		 442 aa  328  1.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1272  tRNA modification GTPase TrmE  49.03 
 
 		 438 aa  327  2.0000000000000001e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.803467 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5023  tRNA modification GTPase TrmE  46.92 
 
 		 447 aa  323  4e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1580  tRNA modification GTPase TrmE  46.2 
 
 		 444 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.183316 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1029  tRNA modification GTPase TrmE  46.98 
 
 		 434 aa  319  7e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111023  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4257  tRNA modification GTPase TrmE  45.1 
 
 		 437 aa  315  9e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.910878 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1859  tRNA modification GTPase TrmE  47.51 
 
 		 444 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.517365 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1658  tRNA modification GTPase TrmE  48.16 
 
 		 444 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.844134  normal  0.296272 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1411  tRNA modification GTPase TrmE  46.96 
 
 		 437 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.03827 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1940  tRNA modification GTPase TrmE  45.36 
 
 		 435 aa  310  2.9999999999999997e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.704243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2667  tRNA modification GTPase TrmE  43.84 
 
 		 428 aa  309  6.999999999999999e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0398705  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3454  tRNA modification GTPase TrmE  42.08 
 
 		 429 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0010  tRNA modification GTPase TrmE  41.48 
 
 		 435 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000341639  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2891  tRNA modification GTPase TrmE  44.1 
 
 		 428 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2964  tRNA modification GTPase TrmE  43.84 
 
 		 438 aa  305  1.0000000000000001e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1230  tRNA modification GTPase TrmE  43.7 
 
 		 428 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3624  tRNA modification GTPase TrmE  48.22 
 
 		 455 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.473452  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2864  tRNA modification GTPase TrmE  41.39 
 
 		 428 aa  300  4e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.234827 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4081  tRNA modification GTPase TrmE  45.69 
 
 		 441 aa  294  2e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0162579 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0032  tRNA modification GTPase TrmE  38.12 
 
 		 441 aa  291  2e-77  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2407  tRNA modification GTPase TrmE  45.57 
 
 		 433 aa  290  3e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0060  tRNA modification GTPase TrmE  37.58 
 
 		 439 aa  287  2e-76  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.646746  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0981  tRNA modification GTPase TrmE  34.64 
 
 		 508 aa  281  2e-74  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0003  tRNA modification GTPase TrmE  43.39 
 
 		 419 aa  273  3e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.398511  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0137  tRNA modification GTPase TrmE  40.43 
 
 		 437 aa  272  8.000000000000001e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0199  tRNA modification GTPase TrmE  41.87 
 
 		 426 aa  265  2e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33876  predicted protein  39.09 
 
 		 489 aa  257  3e-67  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.242987 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2853  tRNA modification GTPase TrmE  44.24 
 
 		 419 aa  256  8e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0789426 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2775  tRNA modification GTPase TrmE  37.72 
 
 		 452 aa  254  2.0000000000000002e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  36.34 
 
 		 453 aa  251  2e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  38.26 
 
 		 453 aa  251  2e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  37.09 
 
 		 457 aa  251  3e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  36.73 
 
 		 453 aa  249  7e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  37.83 
 
 		 453 aa  249  7e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  36.73 
 
 		 453 aa  249  7e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  36.67 
 
 		 454 aa  248  1e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  36.61 
 
 		 453 aa  248  2e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  36.96 
 
 		 453 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  36.46 
 
 		 454 aa  246  6e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  37.18 
 
 		 462 aa  244  1.9999999999999999e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  36.61 
 
 		 454 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  36.61 
 
 		 467 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  36.61 
 
 		 454 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  37.23 
 
 		 453 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  36.61 
 
 		 467 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  37.45 
 
 		 453 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  36.5 
 
 		 453 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  36.61 
 
 		 467 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  37.18 
 
 		 454 aa  244  3e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  37.23 
 
 		 453 aa  244  3e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0645  tRNA modification GTPase TrmE  38.27 
 
 		 449 aa  243  3.9999999999999997e-63  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  36.4 
 
 		 454 aa  243  5e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  36.1 
 
 		 454 aa  243  6e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  36.97 
 
 		 453 aa  243  6e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  37.32 
 
 		 454 aa  242  7.999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  37.61 
 
 		 466 aa  243  7.999999999999999e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  37.23 
 
 		 479 aa  242  9e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  36.19 
 
 		 454 aa  241  1e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2845  tRNA modification GTPase TrmE  43.91 
 
 		 440 aa  242  1e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598385 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  36.19 
 
 		 454 aa  241  1e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  36.19 
 
 		 454 aa  241  1e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  36.19 
 
 		 454 aa  241  1e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0717  tRNA modification GTPase TrmE  44.85 
 
 		 550 aa  242  1e-62  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  36.46 
 
 		 454 aa  241  2e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  36.46 
 
 		 454 aa  241  2e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  36.31 
 
 		 458 aa  241  2e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  36.46 
 
 		 454 aa  241  2e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4256  tRNA modification GTPase TrmE  35.52 
 
 		 453 aa  241  2e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257081  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5298  tRNA modification GTPase TrmE  39.18 
 
 		 471 aa  240  4e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414752  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4089  tRNA modification GTPase TrmE  40.39 
 
 		 448 aa  240  4e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  35.83 
 
 		 454 aa  239  5.999999999999999e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2410  tRNA modification GTPase TrmE  38.14 
 
 		 448 aa  239  5.999999999999999e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.749558  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  35.03 
 
 		 452 aa  239  6.999999999999999e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2757  tRNA modification GTPase TrmE  37.18 
 
 		 446 aa  239  6.999999999999999e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3317  tRNA modification GTPase TrmE  39.66 
 
 		 446 aa  239  6.999999999999999e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4058  tRNA modification GTPase TrmE  38.09 
 
 		 455 aa  239  8e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.239105  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56161  predicted protein  34.16 
 
 		 478 aa  239  1e-61  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  35.33 
 
 		 473 aa  239  1e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  35.83 
 
 		 454 aa  238  1e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  35.83 
 
 		 454 aa  239  1e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  36.25 
 
 		 454 aa  238  1e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  36.4 
 
 		 456 aa  238  1e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4310  tRNA modification GTPase TrmE  35.5 
 
 		 460 aa  237  3e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.671502  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  35.59 
 
 		 452 aa  237  3e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>