More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_4058 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_4148  tRNA modification GTPase TrmE  96.26 
 
 		 455 aa  879    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4058  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 455 aa  907    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.239105  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4428  tRNA modification GTPase TrmE  67.03 
 
 		 455 aa  617  1e-175  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3560  tRNA modification GTPase TrmE  64.11 
 
 		 457 aa  580  1e-164  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3465  tRNA modification GTPase TrmE  63.82 
 
 		 456 aa  569  1e-161  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3622  tRNA modification GTPase TrmE  58.17 
 
 		 456 aa  484  1e-135  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3641  tRNA modification GTPase TrmE  53.36 
 
 		 460 aa  457  1e-127  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  44.96 
 
 		 458 aa  417  9.999999999999999e-116  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4365  tRNA modification GTPase TrmE  45.34 
 
 		 461 aa  416  9.999999999999999e-116  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2409  tRNA modification GTPase TrmE  46.96 
 
 		 460 aa  409  1e-113  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.605137  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1940  tRNA modification GTPase TrmE  47.48 
 
 		 462 aa  409  1e-113  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000114309  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3142  tRNA modification GTPase TrmE  51.2 
 
 		 461 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.108144  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4024  tRNA modification GTPase TrmE  44.08 
 
 		 458 aa  397  1e-109  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3429  tRNA modification GTPase TrmE  44.44 
 
 		 461 aa  396  1e-109  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000224644  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5635  tRNA modification GTPase TrmE  44.3 
 
 		 458 aa  392  1e-108  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5324  tRNA modification GTPase TrmE  44.3 
 
 		 458 aa  394  1e-108  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0322996 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5337  tRNA modification GTPase TrmE  44.3 
 
 		 458 aa  392  1e-108  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5165  tRNA modification GTPase TrmE  44.3 
 
 		 458 aa  392  1e-108  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5181  tRNA modification GTPase TrmE  44.52 
 
 		 458 aa  393  1e-108  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0853003  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5671  tRNA modification GTPase TrmE  44.52 
 
 		 458 aa  392  1e-108  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5734  tRNA modification GTPase TrmE  44.3 
 
 		 458 aa  392  1e-108  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5277  tRNA modification GTPase TrmE  44.52 
 
 		 458 aa  394  1e-108  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2365  tRNA modification GTPase TrmE  44.13 
 
 		 459 aa  394  1e-108  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5611  tRNA modification GTPase TrmE  44.52 
 
 		 458 aa  393  1e-108  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.292564  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5594  tRNA modification GTPase TrmE  44.3 
 
 		 458 aa  392  1e-108  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0320926 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23560  tRNA modification GTPase TrmE  44.01 
 
 		 463 aa  392  1e-108  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.690968  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0003  tRNA modification GTPase TrmE  42.67 
 
 		 459 aa  389  1e-107  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000387737  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3486  tRNA modification GTPase TrmE  44.37 
 
 		 460 aa  391  1e-107  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2791  tRNA modification GTPase TrmE  43.76 
 
 		 459 aa  384  1e-105  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2734  tRNA modification GTPase TrmE  43.76 
 
 		 459 aa  384  1e-105  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2758  tRNA modification GTPase TrmE  46.15 
 
 		 455 aa  384  1e-105  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.294935  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0992  tRNA modification GTPase TrmE  45.27 
 
 		 456 aa  384  1e-105  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00719085  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0876  tRNA modification GTPase TrmE  44.69 
 
 		 458 aa  380  1e-104  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0097  tRNA modification GTPase TrmE  44.93 
 
 		 455 aa  379  1e-104  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3557  tRNA modification GTPase TrmE  44.44 
 
 		 462 aa  379  1e-104  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2233  tRNA modification GTPase TrmE  50.43 
 
 		 461 aa  377  1e-103  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3441  tRNA modification GTPase TrmE  44.35 
 
 		 454 aa  378  1e-103  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3324  tRNA modification GTPase TrmE  41.34 
 
 		 461 aa  377  1e-103  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2519  tRNA modification GTPase TrmE  45.12 
 
 		 462 aa  372  1e-102  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190608 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2992  tRNA modification GTPase TrmE  44.73 
 
 		 458 aa  374  1e-102  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2669  tRNA modification GTPase TrmE  44.52 
 
 		 458 aa  371  1e-101  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2547  tRNA modification GTPase TrmE  44.47 
 
 		 455 aa  370  1e-101  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1895  tRNA modification GTPase TrmE  40.53 
 
 		 461 aa  362  5.0000000000000005e-99  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.51566e-21 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4133  tRNA modification GTPase TrmE  45 
 
 		 456 aa  357  1.9999999999999998e-97  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2889  tRNA modification GTPase TrmE  46.11 
 
 		 464 aa  355  5.999999999999999e-97  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0643  tRNA modification GTPase TrmE  47.92 
 
 		 452 aa  354  1e-96  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.461676 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4729  tRNA modification GTPase TrmE  42.79 
 
 		 454 aa  347  2e-94  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3161  tRNA modification GTPase TrmE  45.44 
 
 		 471 aa  348  2e-94  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.258894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1733  tRNA modification GTPase TrmE  41.41 
 
 		 452 aa  347  3e-94  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000059641  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3941  tRNA modification GTPase TrmE  41.43 
 
 		 458 aa  346  5e-94  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2945  tRNA modification GTPase TrmE  44.1 
 
 		 465 aa  345  8e-94  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0139032  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0569  tRNA modification GTPase TrmE  40.22 
 
 		 458 aa  337  1.9999999999999998e-91  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1989  tRNA modification GTPase TrmE  40.91 
 
 		 463 aa  335  1e-90  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.858955 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1582  tRNA modification GTPase TrmE  43.23 
 
 		 462 aa  335  1e-90  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4164  tRNA modification GTPase TrmE  42.32 
 
 		 460 aa  335  1e-90  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1908  tRNA modification GTPase TrmE  42.45 
 
 		 464 aa  334  2e-90  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.991823  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4203  tRNA modification GTPase TrmE  42.32 
 
 		 460 aa  333  4e-90  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2025  tRNA modification GTPase TrmE  41.59 
 
 		 473 aa  332  9e-90  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.208875 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  40.09 
 
 		 456 aa  330  4e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3656  tRNA modification GTPase TrmE  41.21 
 
 		 460 aa  329  7e-89  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0089  tRNA modification GTPase TrmE  39.69 
 
 		 455 aa  329  8e-89  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0070  tRNA modification GTPase TrmE  40.7 
 
 		 444 aa  327  2.0000000000000001e-88  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.868206  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2392  tRNA modification GTPase TrmE  41.99 
 
 		 468 aa  326  6e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0118764  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4957  tRNA modification GTPase TrmE  42.22 
 
 		 459 aa  325  8.000000000000001e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000028541  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3317  tRNA modification GTPase TrmE  42.48 
 
 		 446 aa  325  1e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2599  tRNA modification GTPase TrmE  43.86 
 
 		 470 aa  324  2e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.652843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4774  tRNA modification GTPase TrmE  39.91 
 
 		 467 aa  323  5e-87  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.149576 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1409  tRNA modification GTPase TrmE  38.83 
 
 		 452 aa  319  7e-86  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2572  GTPase  41.68 
 
 		 459 aa  318  1e-85  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.329632  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3159  tRNA modification GTPase TrmE  40.7 
 
 		 457 aa  318  2e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0645  tRNA modification GTPase TrmE  41.5 
 
 		 449 aa  315  7e-85  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  40 
 
 		 456 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2410  tRNA modification GTPase TrmE  41.1 
 
 		 448 aa  313  3.9999999999999997e-84  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.749558  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2137  tRNA modification GTPase TrmE  39.25 
 
 		 461 aa  313  4.999999999999999e-84  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.075642 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1734  tRNA modification GTPase TrmE  37.92 
 
 		 437 aa  312  6.999999999999999e-84  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0248  tRNA modification GTPase TrmE  38.17 
 
 		 473 aa  311  2e-83  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2030  tRNA modification GTPase TrmE  38.27 
 
 		 460 aa  310  2e-83  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.312338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  40.87 
 
 		 456 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  38.91 
 
 		 459 aa  310  4e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000179125 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  39.78 
 
 		 455 aa  309  6.999999999999999e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  38.79 
 
 		 454 aa  308  9e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  39.22 
 
 		 454 aa  307  2.0000000000000002e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  39.4 
 
 		 454 aa  306  6e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  40.04 
 
 		 455 aa  306  7e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0657  tRNA modification GTPase TrmE  39.18 
 
 		 450 aa  305  8.000000000000001e-82  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3315  tRNA modification GTPase TrmE  38.39 
 
 		 458 aa  305  9.000000000000001e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0977  tRNA modification GTPase TrmE  38.77 
 
 		 447 aa  305  1.0000000000000001e-81  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000239803  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  39.19 
 
 		 454 aa  304  2.0000000000000002e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  39.19 
 
 		 454 aa  304  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  38.36 
 
 		 454 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  38.36 
 
 		 454 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  38.34 
 
 		 446 aa  304  3.0000000000000004e-81  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  38.36 
 
 		 454 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  38.36 
 
 		 454 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  38.36 
 
 		 454 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  38.36 
 
 		 454 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  38.36 
 
 		 454 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  38.36 
 
 		 454 aa  303  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  40.87 
 
 		 455 aa  303  4.0000000000000003e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  39.78 
 
 		 456 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>