More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATRDRAFT_11965 on replicon NC_011675
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011675  PHATRDRAFT_11965  predicted protein  100 
 
 
194 aa  394  1e-109  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  44.81 
 
 
300 aa  152  2e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  43.96 
 
 
300 aa  152  2.9999999999999998e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  43.82 
 
 
308 aa  151  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  46.24 
 
 
313 aa  149  3e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  44.94 
 
 
294 aa  149  3e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  44.94 
 
 
294 aa  148  5e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  44.09 
 
 
299 aa  146  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  42.7 
 
 
308 aa  143  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  43.85 
 
 
303 aa  144  1e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  39.89 
 
 
310 aa  143  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  41.76 
 
 
301 aa  143  2e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1973  tRNA pseudouridine synthase B  39.36 
 
 
558 aa  142  4e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15148  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 
300 aa  140  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  48.39 
 
 
305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  40.66 
 
 
306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  45.2 
 
 
304 aa  139  3.9999999999999997e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  40.74 
 
 
304 aa  138  3.9999999999999997e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0735  tRNA pseudouridine synthase B  40.56 
 
 
285 aa  138  3.9999999999999997e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  41.76 
 
 
293 aa  138  6e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2321  tRNA pseudouridine synthase B  41.75 
 
 
280 aa  138  6e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.411496  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 
308 aa  137  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  46.99 
 
 
305 aa  136  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  46.77 
 
 
305 aa  136  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  47.31 
 
 
305 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 
298 aa  135  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  42.25 
 
 
303 aa  135  4e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 
321 aa  135  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  45.11 
 
 
371 aa  135  5e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 
283 aa  134  7.000000000000001e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  42.39 
 
 
293 aa  134  7.000000000000001e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  44.74 
 
 
311 aa  134  8e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  46.24 
 
 
305 aa  134  9e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  46.24 
 
 
305 aa  134  9e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 
324 aa  133  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  46.32 
 
 
305 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  40.64 
 
 
303 aa  133  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  44.21 
 
 
311 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  42.61 
 
 
310 aa  133  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  42.61 
 
 
308 aa  132  3e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  39.05 
 
 
318 aa  132  3.9999999999999996e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  41.62 
 
 
297 aa  132  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  48.54 
 
 
307 aa  132  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1246  tRNA pseudouridine synthase B  40.64 
 
 
244 aa  131  5e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.193687 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0789  tRNA pseudouridine synthase B  40.41 
 
 
241 aa  131  6e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.559665 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  42.05 
 
 
318 aa  131  6e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  40.86 
 
 
347 aa  131  6e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  41.57 
 
 
291 aa  131  6.999999999999999e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1692  tRNA pseudouridine synthase B  39.06 
 
 
305 aa  131  6.999999999999999e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2428  tRNA pseudouridine synthase B  40.44 
 
 
337 aa  131  6.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36134  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  42.33 
 
 
307 aa  131  6.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  39.57 
 
 
313 aa  130  9e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  41.9 
 
 
307 aa  130  9e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  43.75 
 
 
324 aa  130  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  43.75 
 
 
324 aa  130  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04550  putative tRNA pseudouridine synthase  39.15 
 
 
238 aa  130  1.0000000000000001e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  45.3 
 
 
305 aa  130  1.0000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  41.8 
 
 
412 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  43.92 
 
 
306 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2747  tRNA pseudouridine synthase B  41.45 
 
 
331 aa  129  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0741734  normal  0.187539 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  41.94 
 
 
303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1222  tRNA pseudouridine synthase B  41.34 
 
 
294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.732593  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  43.17 
 
 
338 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  41.11 
 
 
354 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  42.25 
 
 
291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  42.39 
 
 
300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  44.63 
 
 
308 aa  129  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  39.78 
 
 
299 aa  129  2.0000000000000002e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  40.74 
 
 
308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  39.47 
 
 
280 aa  129  2.0000000000000002e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  41.76 
 
 
304 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  38.69 
 
 
309 aa  129  3e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  42.78 
 
 
325 aa  129  3e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  41.57 
 
 
344 aa  129  3e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  40.21 
 
 
307 aa  129  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  45.05 
 
 
328 aa  128  6e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0838  tRNA pseudouridine synthase B  40.62 
 
 
305 aa  128  6e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1009  tRNA pseudouridine synthase B  39.15 
 
 
317 aa  128  6e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1249  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 
333 aa  127  7.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0328015  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  43.18 
 
 
366 aa  128  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3381  tRNA pseudouridine synthase B  42.16 
 
 
332 aa  128  7.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.092575  normal  0.759632 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  42.61 
 
 
310 aa  127  9.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  40.34 
 
 
310 aa  127  9.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 
298 aa  127  1.0000000000000001e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  40.62 
 
 
302 aa  127  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  39.69 
 
 
307 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  42.55 
 
 
310 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  39.68 
 
 
292 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  40.64 
 
 
308 aa  127  1.0000000000000001e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  42.61 
 
 
310 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  41.54 
 
 
314 aa  127  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  42.55 
 
 
310 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0727  tRNA pseudouridine synthase B  40.11 
 
 
319 aa  126  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1415  tRNA pseudouridine synthase B  38.86 
 
 
265 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.334463  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  44.94 
 
 
312 aa  126  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  37.57 
 
 
317 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  42.05 
 
 
324 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  40.21 
 
 
366 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  37.89 
 
 
294 aa  125  3e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  44.51 
 
 
293 aa  125  3e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>