More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_1305 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011832  Mpal_1305  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  100 
 
 
337 aa  686    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.536887  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0196  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  39.22 
 
 
335 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.343296  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0598  uroporphyrinogen decarboxylase  32.65 
 
 
335 aa  169  8e-41  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2785  MtaA/CmuA family methyltransferase  30.29 
 
 
372 aa  166  6.9999999999999995e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.271038  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1826  uroporphyrinogen decarboxylase  28.74 
 
 
363 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0076  uroporphyrinogen decarboxylase  28.45 
 
 
363 aa  138  1e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.541731  normal  0.38624 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0839  uroporphyrinogen decarboxylase  27.86 
 
 
363 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0417  uroporphyrinogen decarboxylase  27.06 
 
 
357 aa  130  3e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0957  uroporphyrinogen decarboxylase  28.03 
 
 
348 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2887  uroporphyrinogen decarboxylase  28.87 
 
 
354 aa  126  6e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.242767  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0808  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  31.2 
 
 
338 aa  125  1e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0731  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  26.8 
 
 
319 aa  120  3e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.20168  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0062  uroporphyrinogen decarboxylase  28.16 
 
 
386 aa  116  6e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.629057  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01860  uroporphyrinogen-III decarboxylase  26.83 
 
 
375 aa  110  5e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2102  methyltransferase MtaA/CmuA  29.82 
 
 
338 aa  108  2e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1447  cobalamin B12-binding  26.62 
 
 
556 aa  105  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0642463 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0838  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  25 
 
 
342 aa  105  1e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3639  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  28.02 
 
 
339 aa  104  2e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.739876  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2346  methyltransferase MtaA/CmuA  26.39 
 
 
349 aa  104  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.189161 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0077  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.34 
 
 
342 aa  102  1e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.268466 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26140  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  27.35 
 
 
341 aa  100  3e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2082  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  26.32 
 
 
344 aa  100  3e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1054  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  28.27 
 
 
339 aa  99  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2786  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  26.65 
 
 
355 aa  97.1  4e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1058  uroporphyrinogen decarboxylase  26.21 
 
 
364 aa  96.7  5e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0023  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  26.87 
 
 
337 aa  96.3  6e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1825  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.12 
 
 
342 aa  95.5  1e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15330  methylamine-specific methylcobalamin coenzyme M methyltransferase  25.37 
 
 
448 aa  95.1  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0841  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  25.81 
 
 
339 aa  94  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3585  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.78 
 
 
367 aa  93.6  5e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.936166  normal  0.073488 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5697  methyltransferase MtaA/CmuA family  24.2 
 
 
617 aa  92  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0600  uroporphyrinogen decarboxylase  26.44 
 
 
314 aa  91.3  2e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1005  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.78 
 
 
345 aa  90.5  3e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1430  uroporphyrinogen decarboxylase  24.35 
 
 
345 aa  89.7  6e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000852244  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3222  uroporphyrinogen decarboxylase  26.87 
 
 
354 aa  89.4  8e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.234724 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25860  uroporphyrinogen-III decarboxylase  25.54 
 
 
343 aa  89  1e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18310  uroporphyrinogen-III decarboxylase  25.72 
 
 
358 aa  88.2  2e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0452  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  25.45 
 
 
310 aa  86.7  5e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0016  uroporphyrinogen decarboxylase  26.49 
 
 
340 aa  86.3  7e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.87416  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19560  uroporphyrinogen-III decarboxylase  25.36 
 
 
363 aa  85.9  8e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000289502 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3453  uroporphyrinogen decarboxylase  25.83 
 
 
340 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0575742  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0015  uroporphyrinogen decarboxylase  25.25 
 
 
339 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00367491  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3245  uroporphyrinogen decarboxylase  26.22 
 
 
340 aa  84  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0016  uroporphyrinogen decarboxylase  25.61 
 
 
339 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.267289  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  25.91 
 
 
355 aa  82  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1688  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  27.35 
 
 
341 aa  81.6  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.967324  normal  0.14364 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1187  uroporphyrinogen decarboxylase  27.24 
 
 
353 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0769  uroporphyrinogen decarboxylase  27.81 
 
 
343 aa  80.9  0.00000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000649218  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  25.41 
 
 
354 aa  80.5  0.00000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0015  uroporphyrinogen decarboxylase  25.26 
 
 
339 aa  80.5  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0419  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  25.58 
 
 
348 aa  80.1  0.00000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.919138  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2851  uroporphyrinogen decarboxylase  25.66 
 
 
355 aa  79.7  0.00000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.180798  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00641  uroporphyrinogen decarboxylase  25.33 
 
 
380 aa  79.7  0.00000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4080  uroporphyrinogen decarboxylase  25.61 
 
 
356 aa  79.3  0.00000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002177  uroporphyrinogen III decarboxylase  25.33 
 
 
355 aa  79  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5074  uroporphyrinogen decarboxylase  25.86 
 
 
354 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1892  uroporphyrinogen decarboxylase  28.03 
 
 
357 aa  78.2  0.0000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2734  uroporphyrinogen decarboxylase  25 
 
 
359 aa  77.4  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.961609  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2100  methyltransferase MtaA/CmuA  25.66 
 
 
350 aa  77.8  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1713  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  24.63 
 
 
349 aa  76.6  0.0000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00218554  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0448  uroporphyrinogen decarboxylase  25.76 
 
 
355 aa  76.6  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4947  uroporphyrinogen decarboxylase  25.17 
 
 
354 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.136579  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19550  uroporphyrinogen-III decarboxylase  23.21 
 
 
373 aa  75.5  0.000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.288142  hitchhiker  0.0000066757 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3849  uroporphyrinogen decarboxylase  26.13 
 
 
355 aa  75.5  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00219  uroporphyrinogen decarboxylase  24.67 
 
 
355 aa  75.9  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0459  uroporphyrinogen decarboxylase  26.13 
 
 
355 aa  74.7  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000960348 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0351  uroporphyrinogen decarboxylase  26.13 
 
 
355 aa  74.7  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777116  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1257  uroporphyrinogen decarboxylase  26.46 
 
 
355 aa  74.3  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.879102 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0219  uroporphyrinogen decarboxylase  26.13 
 
 
354 aa  73.6  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5124  uroporphyrinogen decarboxylase  25.17 
 
 
354 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03874  uroporphyrinogen decarboxylase  26.48 
 
 
354 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3997  uroporphyrinogen decarboxylase  26.48 
 
 
354 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03827  hypothetical protein  26.48 
 
 
354 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4445  uroporphyrinogen decarboxylase  26.48 
 
 
354 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000531857 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4028  uroporphyrinogen decarboxylase  26.48 
 
 
354 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00901601 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4488  uroporphyrinogen decarboxylase  26.48 
 
 
354 aa  73.2  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.830156  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4231  uroporphyrinogen decarboxylase  26.48 
 
 
354 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4540  uroporphyrinogen decarboxylase  26.48 
 
 
354 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5466  uroporphyrinogen decarboxylase  26.48 
 
 
354 aa  72.8  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.843277 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2779  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  25.5 
 
 
356 aa  72.8  0.000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.313146 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2069  methyltransferase MtaA/CmuA family  24.75 
 
 
348 aa  72.4  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.096371  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1540  uroporphyrinogen decarboxylase  25.95 
 
 
354 aa  72  0.00000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0588582  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0223  uroporphyrinogen decarboxylase  26.13 
 
 
354 aa  72  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4574  uroporphyrinogen decarboxylase  24.92 
 
 
354 aa  70.9  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.300698 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2998  uroporphyrinogen decarboxylase  26.81 
 
 
354 aa  70.5  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0116  uroporphyrinogen decarboxylase  24.29 
 
 
353 aa  70.5  0.00000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.754255  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0415  uroporphyrinogen decarboxylase  24.74 
 
 
355 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02179  uroporphyrinogen decarboxylase  26.61 
 
 
354 aa  70.1  0.00000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0118  uroporphyrinogen decarboxylase  24.5 
 
 
341 aa  70.1  0.00000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0392  uroporphyrinogen decarboxylase  24.48 
 
 
354 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1934  uroporphyrinogen decarboxylase  24.67 
 
 
365 aa  69.7  0.00000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4500  uroporphyrinogen decarboxylase  25.83 
 
 
354 aa  69.7  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00407137 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3422  uroporphyrinogen decarboxylase  24.67 
 
 
354 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3121  uroporphyrinogen decarboxylase  26.81 
 
 
354 aa  69.3  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.176103  normal  0.535285 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  24.33 
 
 
354 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.104978 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4411  uroporphyrinogen decarboxylase  25.83 
 
 
354 aa  69.3  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.356712  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  23.45 
 
 
354 aa  68.9  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.41854  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4498  uroporphyrinogen decarboxylase  25.83 
 
 
354 aa  68.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0575835 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2989  uroporphyrinogen decarboxylase  25.48 
 
 
356 aa  68.9  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0332  uroporphyrinogen decarboxylase  23.99 
 
 
350 aa  68.2  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0475139  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>