More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1084 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 313 aa  629  1e-179  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  68.08 
 
 		 311 aa  409  1e-113  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  63.67 
 
 		 310 aa  405  1.0000000000000001e-112  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  70.13 
 
 		 310 aa  403  1e-111  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.03 
 
 		 308 aa  399  9.999999999999999e-111  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  65.26 
 
 		 312 aa  394  1e-109  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  63.19 
 
 		 308 aa  394  1e-109  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  64.17 
 
 		 308 aa  394  1e-108  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  66.34 
 
 		 309 aa  394  1e-108  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.19 
 
 		 309 aa  394  1e-108  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.63 
 
 		 312 aa  389  1e-107  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  70.36 
 
 		 311 aa  387  1e-106  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  62.42 
 
 		 308 aa  381  1e-105  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  61.64 
 
 		 309 aa  384  1e-105  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  64.14 
 
 		 309 aa  383  1e-105  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  61.89 
 
 		 308 aa  379  1e-104  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.71 
 
 		 304 aa  377  1e-103  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.71 
 
 		 304 aa  376  1e-103  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.71 
 
 		 304 aa  377  1e-103  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  62.95 
 
 		 309 aa  376  1e-103  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.04 
 
 		 309 aa  374  1e-102  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  61.11 
 
 		 309 aa  373  1e-102  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.12 
 
 		 308 aa  374  1e-102  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  65.47 
 
 		 315 aa  370  1e-101  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  64.82 
 
 		 307 aa  368  1e-101  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  59.02 
 
 		 310 aa  368  1e-101  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  59.55 
 
 		 312 aa  366  1e-100  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.01 
 
 		 314 aa  363  1e-99  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  60.98 
 
 		 308 aa  362  4e-99  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  60.06 
 
 		 308 aa  362  4e-99  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  63.84 
 
 		 313 aa  361  1e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  60.98 
 
 		 314 aa  360  2e-98  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.73 
 
 		 313 aa  360  2e-98  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  62.3 
 
 		 314 aa  357  9.999999999999999e-98  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  63.48 
 
 		 308 aa  347  2e-94  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.49 
 
 		 320 aa  327  2.0000000000000001e-88  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  46.89 
 
 		 321 aa  295  5e-79  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  56.94 
 
 		 258 aa  224  1e-57  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  41.77 
 
 		 319 aa  204  1e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  42.57 
 
 		 331 aa  204  1e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  38.26 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.83 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  37.62 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.26 
 
 		 300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  39.26 
 
 		 302 aa  198  9e-50  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  41.77 
 
 		 315 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  40.4 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  41.99 
 
 		 327 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  36.05 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.08 
 
 		 321 aa  195  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  38.41 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  34.58 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.91 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.06 
 
 		 303 aa  193  4e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  38.46 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  38.26 
 
 		 326 aa  191  2e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  39.74 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  34.71 
 
 		 305 aa  191  2e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  39.69 
 
 		 313 aa  189  4e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.76 
 
 		 353 aa  188  9e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.2 
 
 		 301 aa  188  9e-47  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  38.44 
 
 		 329 aa  188  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  42.23 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  37.74 
 
 		 327 aa  187  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  36.36 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  38.22 
 
 		 325 aa  186  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.76 
 
 		 296 aa  186  5e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.38 
 
 		 391 aa  186  6e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  35.93 
 
 		 305 aa  185  7e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  38.44 
 
 		 318 aa  185  7e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  34.71 
 
 		 321 aa  185  8e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  38.72 
 
 		 348 aa  185  8e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  38.7 
 
 		 341 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  36.73 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  35 
 
 		 321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  39.74 
 
 		 323 aa  184  2.0000000000000003e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  36.39 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  34.26 
 
 		 352 aa  184  2.0000000000000003e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.3 
 
 		 325 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.06 
 
 		 356 aa  182  5.0000000000000004e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1978  pseudouridine synthase, RluA family  38.96 
 
 		 353 aa  182  7e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.11099  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  41.03 
 
 		 345 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  38.13 
 
 		 323 aa  181  1e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.43 
 
 		 438 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  41.59 
 
 		 322 aa  181  1e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  38.17 
 
 		 331 aa  181  1e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  39.63 
 
 		 343 aa  181  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2063  pseudouridine synthase, RluA family  38.65 
 
 		 352 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.585518  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  39.33 
 
 		 343 aa  180  2e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  36.3 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  38.31 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  39.72 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.79 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  39.86 
 
 		 315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  40.55 
 
 		 431 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  37.85 
 
 		 327 aa  180  2.9999999999999997e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  40.54 
 
 		 316 aa  180  2.9999999999999997e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.74 
 
 		 318 aa  179  4e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  40.51 
 
 		 320 aa  179  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.16 
 
 		 403 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>