More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_2333 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
578 aa  1179    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.4 
 
 
1338 aa  211  3e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0801  sensory box protein/histidinol phosphate phosphatase family protein  34.72 
 
 
624 aa  194  3e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0107221  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4331  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.78 
 
 
921 aa  191  2.9999999999999997e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.153837  normal  0.0586924 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2554  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.02 
 
 
844 aa  191  5e-47  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0788  sensory box protein/histidinol phosphate phosphatase family protein  34.38 
 
 
624 aa  190  7e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0208583  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.32 
 
 
710 aa  187  3e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.8 
 
 
905 aa  182  2e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  34.05 
 
 
451 aa  179  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.28 
 
 
572 aa  177  4e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.23 
 
 
1094 aa  177  5e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1533  sensory box protein  28.14 
 
 
965 aa  172  1e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.76081  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.28 
 
 
419 aa  172  1e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0667  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.66 
 
 
929 aa  172  1e-41  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  34.76 
 
 
1037 aa  172  2e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.98 
 
 
843 aa  171  4e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  28.14 
 
 
909 aa  171  5e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  34.84 
 
 
548 aa  170  7e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.82 
 
 
730 aa  170  8e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  29.84 
 
 
1000 aa  169  1e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.87 
 
 
550 aa  167  5e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.3 
 
 
531 aa  166  9e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.39 
 
 
505 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3250  sensory transduction histidine kinase  33.56 
 
 
1019 aa  164  3e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.145129 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.48 
 
 
1078 aa  164  3e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.3 
 
 
407 aa  164  4.0000000000000004e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.54 
 
 
1120 aa  163  8.000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  44.66 
 
 
345 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.26 
 
 
827 aa  162  2e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  29.21 
 
 
1346 aa  161  3e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  50.3 
 
 
422 aa  161  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.04 
 
 
317 aa  160  5e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.04 
 
 
317 aa  160  5e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.7 
 
 
769 aa  160  6e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  48.02 
 
 
350 aa  160  6e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  43 
 
 
307 aa  160  7e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1062  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.49 
 
 
1027 aa  160  8e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.782086  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  47.22 
 
 
611 aa  159  9e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  42.29 
 
 
492 aa  159  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  46.39 
 
 
291 aa  158  3e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4938  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.67 
 
 
1027 aa  158  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.393519 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  45.86 
 
 
517 aa  158  3e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  48.33 
 
 
237 aa  157  7e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.81 
 
 
797 aa  156  8e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.06 
 
 
625 aa  156  9e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.28 
 
 
444 aa  156  9e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  47.09 
 
 
496 aa  156  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.45 
 
 
844 aa  155  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.96 
 
 
751 aa  155  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  33.23 
 
 
420 aa  155  2e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.82 
 
 
438 aa  155  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3588  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.13 
 
 
827 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0360121 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  34.72 
 
 
659 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  28.77 
 
 
882 aa  154  4e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.98 
 
 
1021 aa  154  5.9999999999999996e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1658  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  26.96 
 
 
693 aa  153  8.999999999999999e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000881395  normal  0.485091 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2374  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  26.96 
 
 
693 aa  153  8.999999999999999e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185954  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.56 
 
 
792 aa  152  1e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.32 
 
 
424 aa  152  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2470  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.96 
 
 
693 aa  153  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000343207  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.78 
 
 
469 aa  152  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  47.16 
 
 
382 aa  152  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  36.1 
 
 
339 aa  151  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.13 
 
 
301 aa  151  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  30.35 
 
 
796 aa  151  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.03 
 
 
796 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.8 
 
 
302 aa  151  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.97 
 
 
780 aa  151  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  41.62 
 
 
620 aa  151  3e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.45 
 
 
951 aa  151  3e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2014  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.34 
 
 
904 aa  151  3e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.62 
 
 
953 aa  151  4e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.75 
 
 
1143 aa  151  4e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.75 
 
 
1143 aa  151  4e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.82 
 
 
794 aa  150  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.72 
 
 
965 aa  150  5e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.74 
 
 
821 aa  150  5e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.45 
 
 
1114 aa  150  5e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.87 
 
 
862 aa  150  5e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  28.83 
 
 
1006 aa  150  6e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  47.16 
 
 
342 aa  150  6e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0505  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.28 
 
 
952 aa  150  9e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.337439 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  50 
 
 
680 aa  149  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.39 
 
 
862 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.525156  hitchhiker  0.0000167572 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  44.02 
 
 
329 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  41 
 
 
686 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1506  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.66 
 
 
704 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.76 
 
 
796 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.34 
 
 
800 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  46.15 
 
 
261 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  44.07 
 
 
628 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.03 
 
 
301 aa  149  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.62 
 
 
953 aa  148  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  34.87 
 
 
321 aa  148  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0760  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.88 
 
 
1404 aa  148  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.231921  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  48.6 
 
 
565 aa  147  4.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4048  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.48 
 
 
739 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.6 
 
 
764 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.210593  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  43.5 
 
 
466 aa  147  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  43.5 
 
 
466 aa  147  5e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>