More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0462 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3715  ribonuclease R  52.7 
 
 		 795 aa  764    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.713746  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  46.76 
 
 		 702 aa  648    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  55.3 
 
 		 709 aa  781    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  46.63 
 
 		 742 aa  647    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1319  hypothetical protein  47.54 
 
 		 718 aa  674    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.815351 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03430  putative exoribonuclease  49.44 
 
 		 735 aa  686    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5873  ribonuclease R  54.96 
 
 		 825 aa  813    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  100 
 
 		 750 aa  1546    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1017  ribonuclease R  48.7 
 
 		 726 aa  685    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3671  ribonuclease R  47.96 
 
 		 705 aa  616  1e-175  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0988555  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  42.11 
 
 		 751 aa  519  1e-146  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0521  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  38.8 
 
 		 762 aa  518  1.0000000000000001e-145  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00138071  normal  0.147067 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  40.05 
 
 		 791 aa  512  1e-143  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  37.9 
 
 		 706 aa  506  9.999999999999999e-143  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  38.94 
 
 		 795 aa  506  9.999999999999999e-143  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0752  ribonuclease R  38.38 
 
 		 794 aa  504  1e-141  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1911  ribonuclease R  38.96 
 
 		 770 aa  498  1e-139  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  39.14 
 
 		 716 aa  491  1e-137  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0482  ribonuclease R  37.87 
 
 		 791 aa  490  1e-137  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0668  ribonuclease R  38.48 
 
 		 795 aa  489  1e-136  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000570881  normal  0.0119217 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  37.95 
 
 		 762 aa  485  1e-135  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  38.23 
 
 		 758 aa  478  1e-133  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  38.72 
 
 		 716 aa  474  1e-132  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  38.6 
 
 		 751 aa  474  1e-132  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  37.29 
 
 		 788 aa  469  1.0000000000000001e-131  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  36.98 
 
 		 903 aa  469  1.0000000000000001e-131  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  38.46 
 
 		 751 aa  469  1.0000000000000001e-131  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  36.29 
 
 		 709 aa  467  9.999999999999999e-131  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  37.32 
 
 		 752 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  36.56 
 
 		 763 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  36.31 
 
 		 759 aa  462  9.999999999999999e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  36.03 
 
 		 763 aa  456  1e-127  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  37.48 
 
 		 792 aa  457  1e-127  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  37.67 
 
 		 790 aa  458  1e-127  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  37.67 
 
 		 790 aa  458  1e-127  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  36.48 
 
 		 812 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  39.03 
 
 		 757 aa  454  1.0000000000000001e-126  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  36.81 
 
 		 706 aa  454  1.0000000000000001e-126  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  36.06 
 
 		 806 aa  451  1e-125  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  36.06 
 
 		 808 aa  450  1e-125  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  36.06 
 
 		 804 aa  452  1e-125  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  36.2 
 
 		 810 aa  451  1e-125  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  36.06 
 
 		 808 aa  451  1e-125  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  36.06 
 
 		 808 aa  450  1e-125  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  36.2 
 
 		 806 aa  452  1e-125  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  36.62 
 
 		 814 aa  450  1e-125  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  36.2 
 
 		 792 aa  450  1e-125  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  36.2 
 
 		 806 aa  451  1e-125  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  36.75 
 
 		 722 aa  445  1e-123  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  36.2 
 
 		 770 aa  438  1e-121  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  36.4 
 
 		 777 aa  433  1e-120  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  36.29 
 
 		 737 aa  435  1e-120  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  36.43 
 
 		 737 aa  435  1e-120  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  34.94 
 
 		 715 aa  432  1e-119  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  36.13 
 
 		 863 aa  423  1e-117  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  35.29 
 
 		 766 aa  421  1e-116  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  33.62 
 
 		 720 aa  417  9.999999999999999e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  34.76 
 
 		 736 aa  416  9.999999999999999e-116  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  35.19 
 
 		 749 aa  414  1e-114  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  35.36 
 
 		 704 aa  414  1e-114  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  36.06 
 
 		 710 aa  412  1e-113  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  34.26 
 
 		 937 aa  409  1e-113  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  36.06 
 
 		 710 aa  412  1e-113  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  33.92 
 
 		 818 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  34.32 
 
 		 705 aa  406  1.0000000000000001e-112  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  34.6 
 
 		 755 aa  405  1e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  34.23 
 
 		 758 aa  402  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  33.93 
 
 		 857 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  35.27 
 
 		 813 aa  402  9.999999999999999e-111  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  33.56 
 
 		 877 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  34.86 
 
 		 735 aa  401  9.999999999999999e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  34.36 
 
 		 810 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  34.9 
 
 		 810 aa  400  9.999999999999999e-111  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  34.51 
 
 		 726 aa  397  1e-109  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  34.51 
 
 		 726 aa  399  1e-109  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  33.69 
 
 		 828 aa  398  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  33.93 
 
 		 857 aa  399  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  34.35 
 
 		 828 aa  398  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  34.82 
 
 		 815 aa  396  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  33.74 
 
 		 857 aa  399  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  35.09 
 
 		 836 aa  395  1e-108  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  33.38 
 
 		 876 aa  393  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  34.32 
 
 		 818 aa  393  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  35.18 
 
 		 840 aa  394  1e-108  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  34.69 
 
 		 818 aa  395  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  32.61 
 
 		 877 aa  392  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  35.29 
 
 		 758 aa  391  1e-107  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  34.94 
 
 		 838 aa  390  1e-107  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  34.53 
 
 		 833 aa  390  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  34.05 
 
 		 819 aa  391  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  34.13 
 
 		 819 aa  390  1e-107  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  33.33 
 
 		 859 aa  392  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  33.47 
 
 		 844 aa  387  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  33.74 
 
 		 861 aa  387  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  33.8 
 
 		 722 aa  389  1e-106  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  33.47 
 
 		 844 aa  387  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  34.17 
 
 		 821 aa  387  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  33.61 
 
 		 808 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  33.61 
 
 		 808 aa  386  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  33.8 
 
 		 803 aa  386  1e-106  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>