More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0069 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0069  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 219 aa  449  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4797  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 216 aa  154  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00913075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0992  TetR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 226 aa  58.9  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000245295 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5593  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 233 aa  57.4  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.531399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3860  TetR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 236 aa  55.8  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.195527  normal  0.716599 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4802  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 199 aa  53.9  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386552  normal  0.120275 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 238 aa  53.1  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3206  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40.85 
 
 		 218 aa  52.8  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3066  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40.85 
 
 		 218 aa  52.8  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.283852  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  39.71 
 
 		 196 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2881  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40.85 
 
 		 218 aa  52.8  0.000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.531949 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4307  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 214 aa  52.4  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.188393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 219 aa  52.4  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 324 aa  52.4  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1550  transcriptional regulator, TetR family  33.01 
 
 		 209 aa  52.4  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3533  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 237 aa  52.4  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0909277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3584  regulatory protein TetR  31.39 
 
 		 204 aa  52  0.000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0125026  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0778  transcriptional regulator BetI  43.08 
 
 		 211 aa  52  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.576335  normal  0.0961486 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3867  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 225 aa  52.4  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.53155  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1709  transcriptional regulator, TetR family  30.37 
 
 		 198 aa  52  0.000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0891  transcriptional regulator BetI  43.08 
 
 		 208 aa  52  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.21263  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0565  transcriptional regulator BetI  34.19 
 
 		 202 aa  52  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.359685 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2375  transcriptional regulator, TetR family  28.97 
 
 		 184 aa  51.6  0.000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.90143  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2708  transcriptional regulator BetI  31.48 
 
 		 194 aa  50.8  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0724  transcriptional regulator, TetR family  46.3 
 
 		 224 aa  50.8  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5284  TetR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 208 aa  51.2  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0597036  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 210 aa  51.2  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4211  transcriptional regulator, TetR family  44.23 
 
 		 178 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.954356 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 198 aa  51.2  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0052  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 		 188 aa  51.2  0.00001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.612692  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2855  transcriptional regulator, TetR family  35.48 
 
 		 199 aa  51.2  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00414349  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1682  transcriptional regulator, TetR family  33.94 
 
 		 221 aa  50.4  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.274254 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 		 192 aa  50.4  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3418  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 234 aa  50.4  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111441  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3701  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 178 aa  50.1  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.076632  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  29.67 
 
 		 203 aa  50.8  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0935  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 199 aa  50.4  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6216  transcriptional regulator, TetR family  35.9 
 
 		 208 aa  50.8  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5718  putative transcriptional regulator  44.64 
 
 		 215 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16550  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.882037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1948  transcriptional regulator BetI  35.06 
 
 		 198 aa  50.8  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.200723  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65900  TetR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 215 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0425501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 222 aa  50.4  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5527  transcriptional regulator, TetR family  34.83 
 
 		 203 aa  50.8  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1088  transcriptional regulator, TetR family  31.34 
 
 		 193 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1156  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 193 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.813518  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0982  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 193 aa  49.7  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0971  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 193 aa  49.7  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0971  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 193 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0974  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 194 aa  49.7  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1052  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 193 aa  49.7  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4896  transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 		 222 aa  49.7  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05370  transcriptional regulator, TetR family  38.6 
 
 		 205 aa  50.1  0.00003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000643211  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3888  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 206 aa  50.1  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.693202 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 196 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0595  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 218 aa  49.7  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1217  transcriptional regulator, TetR family  31.75 
 
 		 193 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4436  transcriptional regulator, TetR family  36.23 
 
 		 202 aa  50.1  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0578844 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2832  transcriptional regulator, TetR family  27.41 
 
 		 204 aa  49.7  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3257  transcriptional regulator, TetR family protein  28.4 
 
 		 195 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.696599 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1498  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 233 aa  50.1  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0699971 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4217  transcriptional regulator, TetR family  31.34 
 
 		 193 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.152492 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0378  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 199 aa  49.7  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.585496  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5436  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 205 aa  49.3  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.770498 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0439  transcriptional regulator, TetR family  39.68 
 
 		 180 aa  49.7  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5646  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 233 aa  49.7  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.176197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1137  transcriptional regulator, TetR family  31.75 
 
 		 193 aa  49.7  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0981  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 178 aa  49.3  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3984  transcriptional regulator, TetR family  33.71 
 
 		 216 aa  48.9  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.765993  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2089  transcriptional regulator, TetR family  26.49 
 
 		 184 aa  49.3  0.00005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.850407  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 190 aa  48.9  0.00006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5281  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 257 aa  48.9  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 263 aa  48.9  0.00006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  27.09 
 
 		 195 aa  48.9  0.00006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 210 aa  48.9  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0070  transcriptional regulator, TetR family  26.58 
 
 		 202 aa  48.9  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3524  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 223 aa  48.9  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0849134 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2161  transcriptional regulator, TetR family  35.94 
 
 		 204 aa  48.9  0.00006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 206 aa  48.9  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 206 aa  48.9  0.00006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 220 aa  48.9  0.00006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 202 aa  48.5  0.00007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1327  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 191 aa  48.5  0.00007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385081  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3543  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 223 aa  48.5  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0364286 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1567  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 261 aa  48.5  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.865657 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5279  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 211 aa  48.5  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00504673 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 213 aa  48.5  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3380  regulatory protein, TetR  24.02 
 
 		 222 aa  48.5  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386273  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 206 aa  48.5  0.00008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4891  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 261 aa  48.5  0.00008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.164408  normal  0.287477 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 210 aa  48.5  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3500  transcriptional regulator, TetR family  40.32 
 
 		 186 aa  48.5  0.00008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.711575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 195 aa  48.1  0.00009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05720  transcriptional regulator  36.84 
 
 		 221 aa  48.1  0.00009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.203838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 206 aa  48.1  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 228 aa  48.5  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  37.88 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3625  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 190 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.130567  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>