148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2089 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2089  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 184 aa  379  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.850407  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2375  transcriptional regulator, TetR family  96.74 
 
 		 184 aa  370  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.90143  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1768  TetR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 181 aa  154  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0908345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3582  transcriptional regulator, TetR family  41.42 
 
 		 187 aa  127  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19020  transcriptional regulator, TetR family  42.01 
 
 		 197 aa  125  3e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00813  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.24 
 
 		 178 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.270779  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2796  transcriptional regulator, TetR family  38.24 
 
 		 178 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.398531  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0918  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 178 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18410  transcriptional regulator, TetR family  39.87 
 
 		 181 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.238417 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00830  hypothetical protein  38.24 
 
 		 178 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.295036  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2796  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 178 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.117516  normal  0.243308 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0873  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 178 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2499  transcriptional regulator, TetR family  38.24 
 
 		 178 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4304  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 187 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.498529  normal  0.0930958 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0999  transcriptional regulator, TetR family  38.24 
 
 		 178 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.252522 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0908  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 178 aa  117  7.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0778822  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1002  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 186 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.51169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0973  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 206 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2779  transcriptional regulator, TetR family  38.79 
 
 		 185 aa  115  3.9999999999999997e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.441306  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1021  transcriptional regulator, TetR family  34.68 
 
 		 206 aa  115  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.163661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0905  transcriptional regulator, TetR family  34.68 
 
 		 206 aa  115  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0941  TetR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 206 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1337  TetR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 182 aa  110  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2126  transcriptional regulator, TetR family  40.27 
 
 		 204 aa  107  1e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3979  transcriptional regulator, TetR family  39.61 
 
 		 203 aa  101  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7862  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 240 aa  101  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0504045  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22570  hypothetical protein  32.14 
 
 		 193 aa  75.9  0.0000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.487793  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5101  transcriptional regulator, TetR family  31.39 
 
 		 188 aa  58.2  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375326  normal  0.313411 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.64 
 
 		 236 aa  54.3  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.64 
 
 		 236 aa  54.3  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38620  hypothetical protein  25.7 
 
 		 186 aa  53.5  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0556  TetR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 228 aa  53.1  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.63 
 
 		 232 aa  52.4  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3685  transcriptional regulator, TetR family  34.92 
 
 		 199 aa  51.6  0.000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2617  TetR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 207 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.923721  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3893  transcriptional regulator, TetR family  27.38 
 
 		 194 aa  50.8  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0161  TetR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 221 aa  50.4  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0069  transcriptional regulator, TetR family  26.49 
 
 		 219 aa  49.3  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1672  transcriptional regulator, TetR family  24.85 
 
 		 184 aa  48.9  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1824  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 203 aa  48.9  0.00004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0882089  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1871  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 203 aa  48.9  0.00004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.516108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1805  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 203 aa  48.9  0.00004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.386636  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1763  TetR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 221 aa  48.9  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1499  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 203 aa  48.9  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0951967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0871  TetR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 202 aa  48.5  0.00005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5148  TetR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 199 aa  48.5  0.00006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4569  TetR family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 203 aa  48.1  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.591722  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4657  TetR family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 203 aa  48.1  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.287751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2710  TetR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 203 aa  47  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.466457  normal  0.498996 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3151  TetR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 202 aa  47.4  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3888  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 206 aa  47.4  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.693202 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1417  TetR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 194 aa  47.4  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22703  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4952  TetR family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 203 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.150878 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0658  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 195 aa  46.6  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.609022  normal  0.929409 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3684  TetR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 202 aa  46.2  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 203 aa  46.2  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3252  TetR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 200 aa  45.8  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2858  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 225 aa  46.2  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.211856  hitchhiker  0.00171809 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4038  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 166 aa  45.4  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.796052  normal  0.0190621 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3736  transcriptional regulator, TetR family  32.22 
 
 		 210 aa  45.8  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4763  TetR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 201 aa  45.4  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.781145  decreased coverage  0.0000189499 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1978  transcriptional regulator, TetR family  35.48 
 
 		 190 aa  45.4  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00000899637  hitchhiker  0.000000574301 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1704  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 285 aa  45.4  0.0005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0517004  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1516  transcriptional regulator BetI  32.94 
 
 		 197 aa  45.4  0.0005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.026336  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1610  TetR family transcriptional regulator  21.47 
 
 		 202 aa  45.4  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0308  transcriptional regulator, TetR family  28.18 
 
 		 190 aa  45.1  0.0005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000556725 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 227 aa  45.1  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1459  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 203 aa  44.7  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 220 aa  44.7  0.0008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24490  transcriptional regulator  35.21 
 
 		 213 aa  44.7  0.0008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2914  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 202 aa  43.9  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3158  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 202 aa  44.3  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.303852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 211 aa  43.9  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2511  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 172 aa  43.9  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1613  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 189 aa  43.5  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.066311 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1944  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 429 aa  43.9  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4362  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 228 aa  44.3  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0699129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2367  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 202 aa  44.3  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.445055  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  32.94 
 
 		 249 aa  43.9  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2264  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 230 aa  43.1  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0218044  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9052  TetR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 193 aa  43.5  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7555  TetR family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 414 aa  43.5  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.838529  normal  0.947596 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 250 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5293  TetR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 210 aa  43.5  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.199638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0974  regulatory protein, TetR  28.24 
 
 		 205 aa  43.5  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  31.46 
 
 		 255 aa  43.1  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3937  transcriptional regulator, TetR family protein  40.38 
 
 		 220 aa  43.1  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.353211  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0332  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 192 aa  43.1  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00337125  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1682  transcriptional regulator, TetR family  35.82 
 
 		 221 aa  43.5  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.274254 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3104  TetR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 194 aa  43.1  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.428011 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5008  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 201 aa  43.5  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 275 aa  43.5  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  30.59 
 
 		 222 aa  43.1  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3421  transcriptional regulator, TetR family  25.75 
 
 		 205 aa  43.5  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2776  TetR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 213 aa  42.4  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.556184  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 213 aa  42.7  0.003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4323  regulatory protein, TetR  24.72 
 
 		 201 aa  42.7  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0245964 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1921  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 197 aa  42.7  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0409606  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 204 aa  42.4  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2190  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 223 aa  42.4  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>