More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0124 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011726  PCC8801_4312  transcription-repair coupling factor  34.26 
 
 		 1158 aa  639    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1298  transcription-repair coupling factor  38.65 
 
 		 1220 aa  719    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122104 
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  38.22 
 
 		 1148 aa  679    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  35.35 
 
 		 1166 aa  649    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0214  transcription-repair coupling factor  37.19 
 
 		 1197 aa  724    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0330142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  38.88 
 
 		 1183 aa  702    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1827  transcription-repair coupling factor  36.15 
 
 		 1169 aa  681    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  35.33 
 
 		 1169 aa  672    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  37.98 
 
 		 1193 aa  676    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  35.66 
 
 		 1196 aa  710    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  37.57 
 
 		 1176 aa  730    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  34.75 
 
 		 1168 aa  665    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05560  transcription-repair coupling factor Mfd  39.24 
 
 		 1218 aa  669    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1064  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  38.15 
 
 		 1154 aa  689    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.566316  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  37.57 
 
 		 1176 aa  729    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1178 aa  731    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  37.48 
 
 		 1176 aa  727    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3189  transcription-repair coupling factor  38.93 
 
 		 1218 aa  710    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.905154  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0777  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  36.24 
 
 		 1194 aa  647    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  36.68 
 
 		 1165 aa  661    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  36.64 
 
 		 1176 aa  727    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  38.34 
 
 		 1177 aa  717    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  37.81 
 
 		 1210 aa  692    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  38.25 
 
 		 1218 aa  677    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  35.68 
 
 		 1157 aa  667    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4373  transcription-repair coupling factor  34.29 
 
 		 1158 aa  640    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.456695  hitchhiker  0.00000184147 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  38.48 
 
 		 1188 aa  652    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  35.92 
 
 		 1165 aa  672    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  37.57 
 
 		 1177 aa  721    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  38.1 
 
 		 1182 aa  703    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4525  transcription-repair coupling factor  37.53 
 
 		 1192 aa  681    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0620  transcription-repair coupling factor  33.84 
 
 		 1244 aa  655    Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2754  transcription-repair coupling factor  36.64 
 
 		 1112 aa  655    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.502691  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32300  transcription-repair coupling factor Mfd  39.08 
 
 		 1199 aa  692    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.742659  normal  0.328282 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  35.6 
 
 		 1192 aa  637    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  35.7 
 
 		 1157 aa  658    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  35.97 
 
 		 1158 aa  661    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  37.61 
 
 		 1176 aa  666    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3090  transcription-repair coupling factor  35.87 
 
 		 1174 aa  676    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.192538  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  37.57 
 
 		 1176 aa  729    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0657  transcription-repair coupling factor  37.17 
 
 		 1202 aa  684    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  36.01 
 
 		 1153 aa  661    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0638  transcription-repair coupling factor  38.7 
 
 		 1141 aa  652    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  39.13 
 
 		 1183 aa  746    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  35.38 
 
 		 1178 aa  679    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  34.75 
 
 		 1168 aa  665    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  49.15 
 
 		 1208 aa  654    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  36.12 
 
 		 1159 aa  677    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  37.19 
 
 		 1176 aa  716    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0915  transcription-repair coupling factor  38.09 
 
 		 1179 aa  653    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0521422  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1560  transcription-repair coupling factor  37.81 
 
 		 1195 aa  679    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.93701  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  33.8 
 
 		 1157 aa  640    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3135  transcription-repair coupling factor  38.06 
 
 		 1164 aa  695    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.223116  normal  0.109749 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  37.57 
 
 		 1176 aa  730    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1150 aa  678    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  37.67 
 
 		 1234 aa  673    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  39.31 
 
 		 1211 aa  697    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08480  transcription-repair coupling factor Mfd  53.99 
 
 		 1155 aa  1161    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.13697  normal  0.343175 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  35.8 
 
 		 1182 aa  658    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  35.37 
 
 		 1179 aa  650    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  36.61 
 
 		 1246 aa  683    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1023  transcription-repair coupling factor  39.11 
 
 		 1168 aa  702    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  39.31 
 
 		 1211 aa  697    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0665  transcription-repair coupling factor  38.95 
 
 		 1187 aa  671    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0124  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1147 aa  2334    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00760781  normal  0.18165 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  37.58 
 
 		 1176 aa  734    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  36.25 
 
 		 1162 aa  704    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0898  transcription-repair coupling factor  38.06 
 
 		 1214 aa  691    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.165774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1292  transcription-repair coupling factor  53.06 
 
 		 1161 aa  1189    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0064  transcription-repair coupling factor  38.79 
 
 		 1201 aa  707    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.862894  normal  0.0454923 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  38.05 
 
 		 1169 aa  728    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  33.68 
 
 		 1157 aa  638    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2685  transcription-repair coupling factor  37.55 
 
 		 1218 aa  666    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07780  transcription-repair coupling factor Mfd  37.36 
 
 		 1212 aa  673    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.784778  normal  0.111573 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0188  transcription-repair coupling factor  39.04 
 
 		 1182 aa  677    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  37.31 
 
 		 1148 aa  689    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  36.18 
 
 		 1162 aa  655    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2072  transcription-repair coupling factor  37.61 
 
 		 1123 aa  680    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  35.62 
 
 		 1165 aa  657    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  34.47 
 
 		 1179 aa  645    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1935  transcription-repair coupling factor  37.45 
 
 		 1216 aa  682    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.671489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  39.11 
 
 		 1222 aa  699    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  49.36 
 
 		 1188 aa  672    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  35.59 
 
 		 1170 aa  716    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1013  transcription-repair coupling factor  38.01 
 
 		 1205 aa  690    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0526678 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  37.58 
 
 		 1176 aa  732    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  40.67 
 
 		 1192 aa  689    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  36.62 
 
 		 1177 aa  655    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1176 aa  731    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  38.51 
 
 		 1198 aa  679    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  47.47 
 
 		 1224 aa  636    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8585  transcription-repair coupling factor  37.38 
 
 		 1204 aa  686    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  39.31 
 
 		 1211 aa  697    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  37.64 
 
 		 1197 aa  697    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  38.35 
 
 		 1212 aa  686    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5241  transcription-repair coupling factor  39.11 
 
 		 1112 aa  683    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  36.88 
 
 		 1207 aa  701    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0369  transcriptional-repair coupling factor  33.73 
 
 		 1167 aa  633  1e-180  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  34.78 
 
 		 1192 aa  634  1e-180  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  35.2 
 
 		 1179 aa  632  1e-179  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>