More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1914 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1914  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
516 aa  1046    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  54.15 
 
 
1453 aa  455  1e-127  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4046  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  54.28 
 
 
503 aa  430  1e-119  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2140  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  48.07 
 
 
1211 aa  388  1e-106  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.382987 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2604  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.65 
 
 
1254 aa  362  8e-99  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.545668  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6103  histidine kinase  63.33 
 
 
365 aa  362  9e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4044  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  59.64 
 
 
652 aa  333  3e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.341378  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4822  histidine kinase  54.51 
 
 
588 aa  317  2e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4054  ATPase domain-containing protein  56.25 
 
 
1756 aa  305  1.0000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.892687 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4554  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  53.15 
 
 
604 aa  298  1e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4161  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.86 
 
 
1295 aa  274  3e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.086012  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4823  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.74 
 
 
1004 aa  272  9e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2944  sensor histidine kinase  52.46 
 
 
604 aa  272  1e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.284188 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2743  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  52.01 
 
 
604 aa  269  8e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.523265  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0163  histidine kinase  47.26 
 
 
497 aa  257  4e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4133  multi-sensor signal transduction histidine kinase  50.55 
 
 
737 aa  253  5.000000000000001e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.952681 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1011  two component signal transduction sensor  38.63 
 
 
737 aa  245  9.999999999999999e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.880836  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0823  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.52 
 
 
651 aa  232  1e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0452566 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6696  multi-sensor signal transduction multi-kinase  41.69 
 
 
1885 aa  232  1e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.01 
 
 
812 aa  222  9.999999999999999e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0330  hypothetical protein  39.8 
 
 
471 aa  220  6e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0353  hypothetical protein  37.84 
 
 
471 aa  217  4e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1945  multi-sensor signal transduction multi-kinase  36.71 
 
 
1832 aa  173  5e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0187004 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  28.62 
 
 
1135 aa  171  2e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.23 
 
 
807 aa  126  9e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.672924  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5522  histidine kinase  33.33 
 
 
423 aa  124  5e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.989715  normal  0.66095 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3580  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.07 
 
 
1428 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.506123  normal  0.532587 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3030  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.72 
 
 
801 aa  116  7.999999999999999e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3233  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.04 
 
 
1151 aa  115  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.885558  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3094  putative PAS/PAC sensor protein  45.45 
 
 
519 aa  114  5e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.259313 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.46 
 
 
983 aa  110  8.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4885  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  25.39 
 
 
971 aa  110  8.000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00047345  hitchhiker  0.00891826 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2685  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.72 
 
 
660 aa  108  3e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.41147  normal  0.190122 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  29.96 
 
 
433 aa  107  4e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5159  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.45 
 
 
750 aa  106  9e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0655785  normal  0.0151156 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1218  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.28 
 
 
933 aa  104  4e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.493639  hitchhiker  0.0000319453 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1253  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.29 
 
 
673 aa  103  7e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0244  two component system histidine kinase  23.75 
 
 
657 aa  102  1e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1954  PAS/histidine kinase/ATPase domain-containing protein  23.75 
 
 
657 aa  102  2e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1441  PAS  27.02 
 
 
794 aa  102  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.876573  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0229  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.11 
 
 
701 aa  102  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.282736 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2379  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.78 
 
 
1509 aa  102  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.85 
 
 
1134 aa  100  8e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0574  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.72 
 
 
772 aa  100  9e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122166  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0903  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.66 
 
 
1262 aa  97.8  4e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1396  sensor histidine kinase/response regulator  24.7 
 
 
1092 aa  96.7  9e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  26.64 
 
 
893 aa  96.3  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0878  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.83 
 
 
760 aa  96.3  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.210313  normal  0.808443 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1575  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.84 
 
 
683 aa  95.5  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.539969  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1834  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.71 
 
 
681 aa  95.1  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2351  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.95 
 
 
991 aa  94  6e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.248597  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0638  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.09 
 
 
373 aa  93.6  8e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0076  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.88 
 
 
675 aa  92  2e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1516  putative PAS/PAC sensor protein  32.61 
 
 
545 aa  92  2e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00955123  decreased coverage  0.00000000236227 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3623  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.29 
 
 
583 aa  92  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0877329 
 
 
-
 
NC_002936  DET1016  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  26 
 
 
1258 aa  91.3  4e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.01 
 
 
962 aa  91.3  4e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2934  PAS  26.62 
 
 
955 aa  90.5  6e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000914767  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4160  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.06 
 
 
516 aa  89.7  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0550  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.32 
 
 
540 aa  89.4  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0519596 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.96 
 
 
986 aa  89  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.17 
 
 
527 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.64 
 
 
628 aa  88.6  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.04 
 
 
642 aa  88.2  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.26 
 
 
1177 aa  88.2  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1919  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.1 
 
 
862 aa  87.8  4e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.592004  normal  0.385421 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1405  sensor histidine kinase/response regulator  24.64 
 
 
1379 aa  87.8  4e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.93 
 
 
900 aa  87.8  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.58 
 
 
982 aa  87.8  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.288363 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.84 
 
 
622 aa  87.8  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.72 
 
 
524 aa  87.4  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_887  sensor histidine kinase/response regulator  30.69 
 
 
1258 aa  87.4  6e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2189  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.67 
 
 
726 aa  87  7e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4401  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  25.24 
 
 
641 aa  87  7e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000108821  hitchhiker  0.00000304156 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0835  two component system histidine kinase  24.21 
 
 
831 aa  87  7e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0672  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.67 
 
 
373 aa  87  8e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0602  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.66 
 
 
711 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.598881  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.7 
 
 
803 aa  86.3  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0835247 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1796  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.06 
 
 
871 aa  86.7  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000183002  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0672  histidine kinase  30.64 
 
 
373 aa  85.9  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1858  multi-sensor hybrid histidine kinase  21.86 
 
 
1191 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0350  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.6 
 
 
1140 aa  85.9  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2460  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.3 
 
 
797 aa  85.1  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.52 
 
 
705 aa  85.1  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3204  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.37 
 
 
386 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.861815 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1747  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.73 
 
 
850 aa  84.7  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.346291  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1990  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.68 
 
 
677 aa  84.7  0.000000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.871736  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1160  putative sensor protein gacS  24.26 
 
 
808 aa  84.7  0.000000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  21.45 
 
 
777 aa  84.3  0.000000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2009  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 
470 aa  84.3  0.000000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.55 
 
 
901 aa  84.3  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0536  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.08 
 
 
531 aa  84.3  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2107  hypothetical protein  22.35 
 
 
676 aa  84  0.000000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.78 
 
 
898 aa  84  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.13 
 
 
689 aa  83.6  0.000000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3526  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.03 
 
 
584 aa  83.6  0.000000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2548  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.67 
 
 
861 aa  83.2  0.000000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0796  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.83 
 
 
765 aa  83.2  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.341606 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4122  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.05 
 
 
449 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0622  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.18 
 
 
753 aa  82.8  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>