More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2743 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_2743  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
604 aa  1228    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.523265  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2944  sensor histidine kinase  96.36 
 
 
604 aa  1164    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.284188 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4554  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  69.54 
 
 
604 aa  829    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4822  histidine kinase  48.45 
 
 
588 aa  522  1e-147  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4044  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  61.84 
 
 
652 aa  352  8e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.341378  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4054  ATPase domain-containing protein  62.76 
 
 
1756 aa  346  6e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.892687 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4046  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  61.43 
 
 
503 aa  336  7e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6103  histidine kinase  51.48 
 
 
365 aa  302  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1914  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  52.01 
 
 
516 aa  284  3.0000000000000004e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50.51 
 
 
1453 aa  284  3.0000000000000004e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4133  multi-sensor signal transduction histidine kinase  49.39 
 
 
737 aa  273  9e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.952681 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4823  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.93 
 
 
1004 aa  272  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2140  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.65 
 
 
1211 aa  265  2e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.382987 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4161  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.88 
 
 
1295 aa  263  8e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.086012  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2604  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.46 
 
 
1254 aa  257  4e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.545668  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1011  two component signal transduction sensor  43.99 
 
 
737 aa  248  2e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.880836  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0163  histidine kinase  39.87 
 
 
497 aa  231  2e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6696  multi-sensor signal transduction multi-kinase  43.38 
 
 
1885 aa  222  9.999999999999999e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0823  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.32 
 
 
651 aa  219  7.999999999999999e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0452566 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0330  hypothetical protein  35.07 
 
 
471 aa  186  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0353  hypothetical protein  34.58 
 
 
471 aa  184  3e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1945  multi-sensor signal transduction multi-kinase  37.33 
 
 
1832 aa  174  3.9999999999999995e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0187004 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5522  histidine kinase  31.35 
 
 
423 aa  133  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.989715  normal  0.66095 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3030  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.38 
 
 
801 aa  114  6e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.42 
 
 
807 aa  104  5e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.672924  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0619  histidine kinase  25.15 
 
 
313 aa  95.1  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0638  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.38 
 
 
373 aa  92  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0071  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.15 
 
 
392 aa  91.7  4e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2287  histidine kinase  28.21 
 
 
770 aa  89  2e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.709847  normal  0.24871 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1136  putative C4-dicarboxylate transport sensor protein  28.71 
 
 
684 aa  89  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00183456  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3487  histidine kinase  30 
 
 
581 aa  88.6  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0451928  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1960  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.61 
 
 
525 aa  88.6  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4562  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.27 
 
 
591 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3423  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.21 
 
 
581 aa  87.8  5e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0671901  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1422  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.43 
 
 
655 aa  87.8  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000957952  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  26.43 
 
 
553 aa  87.8  5e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3383  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.06 
 
 
548 aa  87.8  5e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.918408  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2886  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  25.27 
 
 
640 aa  87  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3530  histidine kinase  26.56 
 
 
548 aa  85.9  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2521  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.15 
 
 
571 aa  85.9  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0595753 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2161  two component sensor histidine kinase  27.84 
 
 
481 aa  85.5  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.37303e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3466  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.56 
 
 
548 aa  85.9  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0535402  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1041  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.48 
 
 
530 aa  85.5  0.000000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.622945  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3408  histidine kinase  28.47 
 
 
573 aa  84.3  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.0068838  normal  0.336005 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02266  hypothetical protein  29.53 
 
 
680 aa  84.3  0.000000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3915  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.47 
 
 
714 aa  84  0.000000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00135351  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0878  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.89 
 
 
760 aa  83.6  0.000000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.210313  normal  0.808443 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0775  sensor histidine kinase  26.01 
 
 
674 aa  83.2  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1701  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.45 
 
 
571 aa  83.2  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0239416  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5744  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.1 
 
 
510 aa  83.6  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.739341 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  36.75 
 
 
819 aa  83.2  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2011  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.13 
 
 
584 aa  83.2  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3877  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.86 
 
 
707 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000535893  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2251  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  27.54 
 
 
657 aa  82  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1084  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.48 
 
 
495 aa  81.6  0.00000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0672  histidine kinase  26.81 
 
 
373 aa  81.6  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003502  signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 
659 aa  81.6  0.00000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3526  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.65 
 
 
584 aa  81.3  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0672  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.81 
 
 
373 aa  81.6  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0716  histidine kinase  41.3 
 
 
119 aa  81.3  0.00000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.856156 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1796  histidine kinase  27.63 
 
 
584 aa  81.3  0.00000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1057  histidine kinase  28.48 
 
 
673 aa  81.3  0.00000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0263803 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.94 
 
 
733 aa  80.9  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0076  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.73 
 
 
675 aa  80.9  0.00000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1952  histidine kinase  25.71 
 
 
560 aa  80.5  0.00000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0599  sensor histidine kinase  24.27 
 
 
516 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.712445  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1855  histidine kinase  27.67 
 
 
600 aa  79.7  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.355606  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0097  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  26.84 
 
 
720 aa  80.1  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3342  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.33 
 
 
581 aa  80.1  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0336288  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3965  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.73 
 
 
711 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00131359  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1831  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.4 
 
 
685 aa  79.3  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0592  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.34 
 
 
516 aa  79  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.597722 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2542  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.9 
 
 
588 aa  79.3  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.206032  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1291  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.5 
 
 
690 aa  79.3  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5143  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.86 
 
 
408 aa  79.3  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.19932  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3872  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.24 
 
 
709 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000275597  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0962  sensor histidine kinase  33.49 
 
 
655 aa  79  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4217  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 
686 aa  78.6  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34172  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.32 
 
 
398 aa  78.6  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2719  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.08 
 
 
683 aa  79  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4075  ATPase domain-containing protein  27.41 
 
 
711 aa  79  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00205283  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2365  histidine kinase  26.83 
 
 
435 aa  78.2  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4260  histidine kinase  26.92 
 
 
717 aa  78.2  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000203667  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0084  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.92 
 
 
717 aa  78.2  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0273141  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.79 
 
 
524 aa  78.2  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4455  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.92 
 
 
717 aa  78.2  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.243225  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.43 
 
 
500 aa  78.2  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3681  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.4 
 
 
713 aa  77.8  0.0000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0360535  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.21 
 
 
851 aa  77.8  0.0000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4717  sensor histidine kinase  28.21 
 
 
709 aa  77.4  0.0000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1978  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.96 
 
 
553 aa  77.4  0.0000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.260474  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4885  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  24.52 
 
 
971 aa  77.4  0.0000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00047345  hitchhiker  0.00891826 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1535  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.44 
 
 
566 aa  77.4  0.0000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4315  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.6 
 
 
717 aa  77  0.0000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00270553  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4619  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.17 
 
 
729 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0965  Cache sensor signal transduction histidine kinase  24.62 
 
 
743 aa  76.6  0.000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0172  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.1 
 
 
565 aa  76.6  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2296  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.79 
 
 
679 aa  76.6  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30840  putative signal transduction histidine kinase  24.14 
 
 
470 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000329503  hitchhiker  1.67285e-16 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2976  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.43 
 
 
692 aa  76.3  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.4081 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>