More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4046 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_4046  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
503 aa  1018    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4044  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  96.55 
 
 
652 aa  565  1e-160  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.341378  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1914  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  54.28 
 
 
516 aa  440  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  53.9 
 
 
1453 aa  430  1e-119  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4054  ATPase domain-containing protein  79.04 
 
 
1756 aa  424  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.892687 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4822  histidine kinase  72.85 
 
 
588 aa  422  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2140  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.8 
 
 
1211 aa  388  1e-106  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.382987 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2604  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.74 
 
 
1254 aa  366  1e-100  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.545668  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4554  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  60.14 
 
 
604 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6103  histidine kinase  59.22 
 
 
365 aa  333  3e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2944  sensor histidine kinase  62.14 
 
 
604 aa  333  5e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.284188 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2743  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  60.92 
 
 
604 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.523265  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4823  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.67 
 
 
1004 aa  305  1.0000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4161  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.75 
 
 
1295 aa  286  8e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.086012  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4133  multi-sensor signal transduction histidine kinase  53.15 
 
 
737 aa  261  2e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.952681 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1011  two component signal transduction sensor  46.32 
 
 
737 aa  246  6.999999999999999e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.880836  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0823  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.23 
 
 
651 aa  246  8e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0452566 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0163  histidine kinase  44.18 
 
 
497 aa  241  2e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6696  multi-sensor signal transduction multi-kinase  45.55 
 
 
1885 aa  222  9.999999999999999e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0353  hypothetical protein  38.49 
 
 
471 aa  202  9.999999999999999e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0330  hypothetical protein  38.06 
 
 
471 aa  200  5e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1945  multi-sensor signal transduction multi-kinase  38.52 
 
 
1832 aa  160  4e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0187004 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 
812 aa  135  9.999999999999999e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5522  histidine kinase  31.41 
 
 
423 aa  119  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.989715  normal  0.66095 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  27.13 
 
 
1135 aa  114  4.0000000000000004e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.14 
 
 
807 aa  114  6e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.672924  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2685  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.01 
 
 
660 aa  113  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.41147  normal  0.190122 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0835  two component system histidine kinase  25 
 
 
831 aa  110  6e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3030  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.3 
 
 
801 aa  110  6e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1160  putative sensor protein gacS  24.54 
 
 
808 aa  106  1e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2934  PAS  26.99 
 
 
955 aa  105  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000914767  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0244  two component system histidine kinase  24.64 
 
 
657 aa  100  5e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2886  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  26.42 
 
 
640 aa  100  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1954  PAS/histidine kinase/ATPase domain-containing protein  24.64 
 
 
657 aa  100  7e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3094  putative PAS/PAC sensor protein  40.68 
 
 
519 aa  99.8  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.259313 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3580  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.44 
 
 
1428 aa  95.9  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.506123  normal  0.532587 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2287  histidine kinase  30 
 
 
770 aa  95.1  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.709847  normal  0.24871 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1676  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.86 
 
 
850 aa  95.1  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.109527  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1441  PAS  26.74 
 
 
794 aa  95.1  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.876573  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  32.97 
 
 
433 aa  94.4  4e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2200  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.19 
 
 
848 aa  94  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00863508  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2355  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.09 
 
 
902 aa  94.4  5e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.415333  normal  0.408426 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.89 
 
 
983 aa  94.4  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  38.89 
 
 
1589 aa  93.6  8e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0232  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.88 
 
 
1116 aa  93.6  8e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0574  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.46 
 
 
772 aa  90.9  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122166  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.68 
 
 
636 aa  90.9  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4315  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.57 
 
 
717 aa  90.5  7e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00270553  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1747  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.17 
 
 
850 aa  90.5  7e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.346291  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5159  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.83 
 
 
750 aa  90.1  8e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0655785  normal  0.0151156 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3877  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.03 
 
 
707 aa  89.4  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000535893  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.95 
 
 
632 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2107  hypothetical protein  23.42 
 
 
676 aa  89.4  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4455  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.03 
 
 
717 aa  88.6  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.243225  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4260  histidine kinase  29.03 
 
 
717 aa  88.6  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000203667  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4092  histidine kinase  32.07 
 
 
706 aa  89  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.95 
 
 
632 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3872  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.03 
 
 
709 aa  89  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000275597  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3965  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.22 
 
 
711 aa  88.6  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00131359  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3915  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.1 
 
 
714 aa  88.6  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00135351  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.95 
 
 
632 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4075  ATPase domain-containing protein  28.22 
 
 
711 aa  88.6  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00205283  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0084  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.03 
 
 
717 aa  88.6  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0273141  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1041  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.48 
 
 
530 aa  88.2  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.622945  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4717  sensor histidine kinase  29.03 
 
 
709 aa  87.8  4e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5744  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.04 
 
 
510 aa  86.7  9e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.739341 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2963  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.71 
 
 
597 aa  86.7  9e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0801303  normal  0.115737 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2204  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.05 
 
 
475 aa  86.3  0.000000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1291  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.85 
 
 
690 aa  85.5  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4885  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  23.65 
 
 
971 aa  85.9  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00047345  hitchhiker  0.00891826 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3681  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.59 
 
 
713 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0360535  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4100  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
484 aa  85.1  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.66 
 
 
733 aa  85.1  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02266  hypothetical protein  29.15 
 
 
680 aa  84.3  0.000000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2251  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  32.09 
 
 
657 aa  84.7  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.06 
 
 
698 aa  84.3  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.249518 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.27 
 
 
1180 aa  84  0.000000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4457  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.88 
 
 
661 aa  83.6  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3366  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.76 
 
 
716 aa  83.6  0.000000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1796  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.66 
 
 
871 aa  84  0.000000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000183002  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0126  sensor histidine kinase  28.8 
 
 
708 aa  83.6  0.000000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000118135  normal  0.929624 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3835  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.96 
 
 
386 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0719  Signal transduction histidine kinase sensor  27.3 
 
 
785 aa  82.8  0.00000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00268576  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1213  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.89 
 
 
1139 aa  82.8  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000299101 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3487  histidine kinase  30.38 
 
 
581 aa  82.8  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0451928  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0089  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.73 
 
 
705 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0206322  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3826  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.39 
 
 
492 aa  82.4  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.873199  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4654  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.83 
 
 
707 aa  82.4  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1511  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31 
 
 
468 aa  82  0.00000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1529  sensory box histidine kinase/response regulator  24.44 
 
 
803 aa  81.6  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2521  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.51 
 
 
571 aa  81.6  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0595753 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1372  putative PAS/PAC sensor protein  31.52 
 
 
655 aa  81.6  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0892  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.27 
 
 
738 aa  80.9  0.00000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1767  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.94 
 
 
785 aa  80.9  0.00000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0937227 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1405  sensor histidine kinase/response regulator  31.93 
 
 
1379 aa  80.9  0.00000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4016  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.51 
 
 
716 aa  80.1  0.00000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0716  histidine kinase  40.62 
 
 
119 aa  79.7  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.856156 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3408  histidine kinase  29.76 
 
 
573 aa  79.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.0068838  normal  0.336005 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1218  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.74 
 
 
933 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.493639  hitchhiker  0.0000319453 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2324  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.08 
 
 
1089 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>