More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1041 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_1041  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
530 aa  1091    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.622945  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.81 
 
 
807 aa  99.8  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.672924  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4054  ATPase domain-containing protein  27.64 
 
 
1756 aa  95.9  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.892687 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4823  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.71 
 
 
1004 aa  94.4  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2604  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.62 
 
 
1254 aa  94.7  4e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.545668  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0965  Cache sensor signal transduction histidine kinase  29.96 
 
 
743 aa  93.6  9e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0163  histidine kinase  26.97 
 
 
497 aa  93.2  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3030  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.89 
 
 
801 aa  93.2  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0353  hypothetical protein  23.32 
 
 
471 aa  89.7  1e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.23 
 
 
1453 aa  88.6  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0330  hypothetical protein  23.32 
 
 
471 aa  89.4  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2140  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.15 
 
 
1211 aa  89  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.382987 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0823  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.08 
 
 
651 aa  87.8  4e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0452566 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4044  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.45 
 
 
652 aa  87  7e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.341378  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4046  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.91 
 
 
503 aa  86.3  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1751  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.9 
 
 
671 aa  84  0.000000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4822  histidine kinase  24.12 
 
 
588 aa  82.8  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6103  histidine kinase  26.32 
 
 
365 aa  83.2  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3423  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.82 
 
 
581 aa  82  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0671901  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.11 
 
 
946 aa  82.4  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3342  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.11 
 
 
581 aa  82  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0336288  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3487  histidine kinase  34.82 
 
 
581 aa  81.3  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0451928  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7458  putative sensor histidine kinase with ATP-binding region  32.43 
 
 
406 aa  80.1  0.00000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4133  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.28 
 
 
737 aa  80.1  0.00000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.952681 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2495  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  22.28 
 
 
363 aa  79.3  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4824  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.19 
 
 
446 aa  79.3  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1914  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.89 
 
 
516 aa  79  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0673  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  23.42 
 
 
1215 aa  79  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.72 
 
 
963 aa  78.6  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2908  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  22.69 
 
 
604 aa  78.6  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.293686  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.48 
 
 
515 aa  78.2  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1515  C4-dicarboxylate transport sensor protein  33.77 
 
 
597 aa  78.6  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0225348  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.25 
 
 
837 aa  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0774  sensor histidine kinase  29.61 
 
 
397 aa  77.4  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.307711 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1736  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.03 
 
 
738 aa  77.4  0.0000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5473  sensor protein ZraS  33.12 
 
 
458 aa  77.4  0.0000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.548998  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2251  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  34.84 
 
 
657 aa  77  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1831  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.41 
 
 
793 aa  76.6  0.0000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.836817  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.62 
 
 
500 aa  76.3  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2821  sensory box histidine kinase  22.42 
 
 
604 aa  76.6  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.64 
 
 
494 aa  76.6  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.53 
 
 
944 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1318  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.06 
 
 
680 aa  76.6  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03880  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with ZraR  29.38 
 
 
458 aa  75.9  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0731183  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2944  sensor histidine kinase  25.08 
 
 
604 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.284188 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4022  sensor protein ZraS  29.75 
 
 
458 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.425845  normal  0.0216302 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4293  sensory box histidine kinase/response regulator  23.82 
 
 
793 aa  74.7  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1277  histidine kinase  32.76 
 
 
248 aa  74.7  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.838322  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1563  multi-sensor signal transduction multi-kinase  30.26 
 
 
1822 aa  74.7  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0557891 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6696  multi-sensor signal transduction multi-kinase  24.45 
 
 
1885 aa  74.7  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.63 
 
 
1363 aa  74.3  0.000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4452  sensor protein ZraS  32.5 
 
 
458 aa  74.3  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.260374  hitchhiker  0.000970682 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.99 
 
 
943 aa  73.9  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.64 
 
 
457 aa  73.9  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0311  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25 
 
 
383 aa  74.3  0.000000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.138677  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4161  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.08 
 
 
1295 aa  74.3  0.000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.086012  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3269  sensor protein  31.17 
 
 
619 aa  73.9  0.000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.35 
 
 
976 aa  73.6  0.000000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.12 
 
 
943 aa  73.6  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1011  two component signal transduction sensor  26.91 
 
 
737 aa  73.2  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.880836  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1327  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  23.49 
 
 
375 aa  73.2  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4533  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.76 
 
 
785 aa  73.6  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.955834 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 
851 aa  72.8  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3408  histidine kinase  37.04 
 
 
573 aa  73.2  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.0068838  normal  0.336005 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2872  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.91 
 
 
978 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149383  normal  0.186346 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2743  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.48 
 
 
604 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.523265  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1016  sensor protein ZraS  31.94 
 
 
450 aa  72.8  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0625472  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.19 
 
 
446 aa  73.6  0.00000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2272  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.92 
 
 
382 aa  73.2  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.275022  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0398  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.61 
 
 
464 aa  72.4  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0153981  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3990  histidine kinase  31.87 
 
 
465 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.81 
 
 
515 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3996  PAS  22.99 
 
 
796 aa  72.8  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.447634  normal  0.187563 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4122  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 
449 aa  72.4  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1767  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 
785 aa  72  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0937227 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5872  histidine kinase  29.87 
 
 
717 aa  72  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.830849 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.54 
 
 
643 aa  72  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.535539  normal  0.0122943 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2520  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.62 
 
 
497 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.269832  normal  0.064704 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2316  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.91 
 
 
471 aa  72  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4051  PAS sensor protein  22.59 
 
 
783 aa  71.6  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.688401  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5634  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.58 
 
 
624 aa  71.6  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.469623 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1356  histidine kinase  32.17 
 
 
591 aa  72  0.00000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.272397  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4547  sensor protein ZraS  31.25 
 
 
458 aa  71.2  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00542205  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.51 
 
 
799 aa  71.6  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.47 
 
 
513 aa  71.2  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4237  sensor protein ZraS  31.25 
 
 
458 aa  71.2  0.00000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.355168  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2532  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  23.13 
 
 
375 aa  71.2  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0871  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.24 
 
 
478 aa  71.2  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1003  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.86 
 
 
630 aa  71.2  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.941233  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0276  sensor histidine kinase  31.72 
 
 
659 aa  70.9  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1927  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.22 
 
 
596 aa  71.2  0.00000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1395  histidine kinase  31.21 
 
 
581 aa  70.9  0.00000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2748  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  23.01 
 
 
476 aa  70.9  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662437  normal  0.393877 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4495  sensor protein ZraS  31.25 
 
 
458 aa  70.9  0.00000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000791685  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5522  histidine kinase  20.15 
 
 
423 aa  70.9  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.989715  normal  0.66095 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2898  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  36.7 
 
 
553 aa  71.2  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3929  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.61 
 
 
346 aa  71.2  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4616  PAS sensor protein  27.65 
 
 
1836 aa  71.2  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0878  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
760 aa  70.9  0.00000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.210313  normal  0.808443 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2710  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.45 
 
 
756 aa  70.9  0.00000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.438958  normal  0.796256 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>