More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4717 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0126  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  81.28 
 
 
705 aa  1119    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4717  sensor histidine kinase  100 
 
 
709 aa  1441    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4092  histidine kinase  81.91 
 
 
706 aa  1136    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0084  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  91.69 
 
 
717 aa  1279    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0273141  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4315  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  91.16 
 
 
717 aa  1279    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00270553  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3681  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  80.65 
 
 
713 aa  1103    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0360535  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0089  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  81.65 
 
 
705 aa  1127    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0206322  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3872  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  96.19 
 
 
709 aa  1359    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000275597  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3965  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  96.33 
 
 
711 aa  1361    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00131359  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3915  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  71.41 
 
 
714 aa  1019    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00135351  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4260  histidine kinase  91.3 
 
 
717 aa  1279    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000203667  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3877  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  90.48 
 
 
707 aa  1256    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000535893  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4075  ATPase domain-containing protein  96.47 
 
 
711 aa  1363    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00205283  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4455  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  91.3 
 
 
717 aa  1281    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.243225  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0126  sensor histidine kinase  81.29 
 
 
708 aa  1138    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000118135  normal  0.929624 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02266  hypothetical protein  46.16 
 
 
680 aa  594  1e-168  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003502  signal transduction histidine kinase  46.5 
 
 
659 aa  587  1e-166  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1403  signal transduction protein, histidine kinase  45.06 
 
 
675 aa  587  1e-166  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1128  sensor histidine kinase  47.51 
 
 
677 aa  582  1.0000000000000001e-165  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2086  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  43.24 
 
 
699 aa  488  1e-136  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3720  histidine kinase  39.48 
 
 
693 aa  438  1e-121  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1695  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  42.46 
 
 
691 aa  437  1e-121  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.113476  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1291  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.53 
 
 
690 aa  434  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1828  sensor histidine kinase  36.63 
 
 
674 aa  401  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.719935  normal  0.143927 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3194  histidine kinase  37.46 
 
 
663 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3694  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.54 
 
 
676 aa  396  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122155  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5498  histidine kinase  38.25 
 
 
676 aa  390  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1168  sensor histidine kinase  34.59 
 
 
685 aa  377  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.527437 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3736  histidine kinase  34.41 
 
 
675 aa  373  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0406  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.86 
 
 
658 aa  359  9e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135462  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4007  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.96 
 
 
656 aa  329  1.0000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.755968  normal  0.278919 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1057  histidine kinase  33.97 
 
 
673 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0263803 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3376  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.5 
 
 
691 aa  309  1.0000000000000001e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3392  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.62 
 
 
662 aa  306  6e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000136214  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0775  sensor histidine kinase  33.43 
 
 
674 aa  302  2e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2270  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.99 
 
 
661 aa  298  3e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1953  histidine kinase  38.52 
 
 
661 aa  295  1e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1985  histidine kinase  31.88 
 
 
672 aa  292  2e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2240  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.48 
 
 
672 aa  291  3e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3390  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.44 
 
 
671 aa  285  3.0000000000000004e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414779  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0142  histidine kinase  31.78 
 
 
614 aa  231  5e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0888  histidine kinase  30.59 
 
 
647 aa  205  2e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0599  sensor histidine kinase  33.57 
 
 
516 aa  184  3e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.712445  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0668  histidine kinase  37.11 
 
 
542 aa  172  2e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.512830000000001e-32 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2923  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.17 
 
 
541 aa  171  5e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.252505  hitchhiker  0.00000000439976 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1371  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.94 
 
 
639 aa  171  5e-41  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1437  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.29 
 
 
640 aa  171  6e-41  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0290  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.76 
 
 
639 aa  170  8e-41  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.400694  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2742  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
544 aa  168  4e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.617202  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3466  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 
548 aa  167  5e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0535402  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0655  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.08 
 
 
542 aa  166  9e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000210229  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3530  histidine kinase  31.97 
 
 
548 aa  165  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0548  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.41 
 
 
639 aa  165  3e-39  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.271418  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3383  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.12 
 
 
548 aa  164  5.0000000000000005e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.918408  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3646  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.3 
 
 
522 aa  157  7e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00328327  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0631  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.49 
 
 
588 aa  155  2.9999999999999998e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1796  histidine kinase  34.78 
 
 
584 aa  154  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1952  histidine kinase  36.09 
 
 
560 aa  150  5e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2368  sensory histidine kinase AtoS  37.39 
 
 
608 aa  150  9e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0221711  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0613  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.39 
 
 
641 aa  150  9e-35  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0638  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.13 
 
 
373 aa  150  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1867  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.49 
 
 
586 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02146  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with AtoC  36.96 
 
 
608 aa  149  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1439  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  36.96 
 
 
608 aa  149  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.36941  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02105  hypothetical protein  36.96 
 
 
608 aa  149  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2360  sensory histidine kinase AtoS  36.96 
 
 
608 aa  149  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00013069  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1431  sensory histidine kinase AtoS  36.96 
 
 
608 aa  149  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.250093  hitchhiker  0.00150562 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03495  Signal transduction histidine kinase  28.82 
 
 
557 aa  147  6e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2389  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34 
 
 
919 aa  146  1e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0121364  normal  0.244998 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2491  histidine kinase  32.19 
 
 
626 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00653758 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1221  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.87 
 
 
862 aa  145  3e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000508764  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2011  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.55 
 
 
584 aa  145  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0658  sensor histide kinase  32.08 
 
 
315 aa  144  4e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2388  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.85 
 
 
552 aa  144  4e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.245714  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0672  histidine kinase  33.63 
 
 
373 aa  144  5e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0672  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.1 
 
 
373 aa  144  5e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2691  sensor histidine kinase  32.63 
 
 
627 aa  144  7e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2386  sensor histidine kinase  32.63 
 
 
627 aa  144  7e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0260  sensor histidine kinase  32.63 
 
 
627 aa  144  7e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0922  EAL/GGDEF domain-containing protein  32.63 
 
 
627 aa  144  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0743  sensor histidine kinase  32.63 
 
 
627 aa  144  7e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2467  sensor histidine kinase  32.63 
 
 
627 aa  144  7e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0755  sensor histidine kinase  32.63 
 
 
627 aa  144  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.997175  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0614  sensor histidine kinase  32.34 
 
 
626 aa  144  8e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.294788  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2667  histidine kinase  36.86 
 
 
486 aa  143  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3803  histone-like DNA-binding protein  33.88 
 
 
308 aa  143  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3017  sensor histidine kinase  36.24 
 
 
524 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413812  normal  0.591209 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.94 
 
 
630 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.449456  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2159  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.94 
 
 
498 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3901  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.21 
 
 
661 aa  141  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0390399  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4555  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  36.27 
 
 
467 aa  141  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.52 
 
 
594 aa  141  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0622  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.19 
 
 
753 aa  140  6e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1382  histidine kinase  37.78 
 
 
912 aa  140  7e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.48 
 
 
544 aa  140  7.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1054  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.08 
 
 
552 aa  140  7.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000699137 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0426  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.73 
 
 
598 aa  140  8.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.830485  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.52 
 
 
602 aa  140  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2584  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36 
 
 
654 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1978  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.72 
 
 
553 aa  139  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.260474  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>