297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2562 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2562  universal stress protein  100 
 
 
281 aa  569  1e-161  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.643339  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0182  universal stress protein  75.09 
 
 
281 aa  445  1.0000000000000001e-124  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1166  UspA domain protein  49.82 
 
 
283 aa  292  5e-78  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00957514 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1994  UspA domain-containing protein  49.3 
 
 
284 aa  281  6.000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0187  UspA domain-containing protein  49.3 
 
 
284 aa  281  6.000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1227  UspA domain-containing protein  48.24 
 
 
284 aa  281  1e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0791  UspA domain-containing protein  49.65 
 
 
285 aa  276  3e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1852  UspA domain-containing protein  43.82 
 
 
283 aa  256  3e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.323758  hitchhiker  0.00188787 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1050  UspA domain protein  47.54 
 
 
284 aa  249  4e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.192596  hitchhiker  0.000149596 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5171  UspA domain-containing protein  45.23 
 
 
283 aa  249  5e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2101  UspA domain-containing protein  44.29 
 
 
312 aa  241  1e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2763  hypothetical protein  42.35 
 
 
285 aa  232  4.0000000000000004e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.723641  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1910  UspA domain-containing protein  38.68 
 
 
283 aa  231  1e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07090  universal stress protein, UspA  42.81 
 
 
284 aa  219  3.9999999999999997e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.540561  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0944  UspA-related nucleotide-binding protein  43.11 
 
 
283 aa  218  6e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0763002  normal  0.265915 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2720  UspA domain-containing protein  40.43 
 
 
284 aa  209  3e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.532159 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1154  hypothetical protein  37.63 
 
 
286 aa  192  6e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1226  hypothetical protein  37.63 
 
 
287 aa  190  2e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.594173  normal  0.462548 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4471  universal stress protein UspA  36.21 
 
 
287 aa  182  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000777431  hitchhiker  0.00999732 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4601  universal stress protein UspA  36.21 
 
 
287 aa  182  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000321646  normal  0.0139056 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1574  UspA domain protein  36.21 
 
 
287 aa  182  4.0000000000000006e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1137  UspA domain-containing protein  36.59 
 
 
307 aa  180  2e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5068  Universal stress protein  36.01 
 
 
284 aa  180  2.9999999999999997e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0850  UspA domain-containing protein  32.75 
 
 
284 aa  176  5e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.519772 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1816  UspA domain-containing protein  35.34 
 
 
288 aa  171  1e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00317647  normal  0.851658 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1912  UspA domain protein  34.63 
 
 
288 aa  170  2e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4142  UspA domain-containing protein  34.29 
 
 
281 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.976252 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0781  hypothetical protein  32.87 
 
 
283 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3461  hypothetical protein  32.27 
 
 
281 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.148579 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4258  universal stress protein  33.93 
 
 
281 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0395352  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2785  hypothetical protein  34.39 
 
 
283 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.364827 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0174  UspA domain-containing protein  33.45 
 
 
286 aa  142  5e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0137308  normal  0.254776 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0260  UspA-related nucleotide-binding protein  28.32 
 
 
278 aa  129  4.0000000000000003e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2042  hypothetical protein  31.21 
 
 
284 aa  129  6e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.845392  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2345  hypothetical protein  30.85 
 
 
284 aa  126  3e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.450021 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0342  putative universal stress protein  28.72 
 
 
286 aa  122  7e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1359  UspA domain protein  25.17 
 
 
281 aa  81.3  0.00000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0101  UspA domain protein  24.57 
 
 
273 aa  76.6  0.0000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1630  universal stress protein  20.77 
 
 
278 aa  68.2  0.0000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1706  UspA domain protein  24.9 
 
 
290 aa  64.3  0.000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.873691  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1621  UspA domain protein  24.31 
 
 
272 aa  64.7  0.000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2107  UspA domain-containing protein  24.08 
 
 
291 aa  63.9  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0032  UspA domain protein  24.91 
 
 
279 aa  62.8  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2241  hypothetical protein  32.17 
 
 
126 aa  60.8  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2727  universal stress protein  29.85 
 
 
140 aa  60.5  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.671125  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1555  UspA domain protein  25.77 
 
 
270 aa  60.1  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1269  UspA domain protein  25.68 
 
 
275 aa  60.1  0.00000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1355  UspA domain-containing protein  25.15 
 
 
313 aa  59.3  0.00000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.574813 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3817  UspA domain protein  25.76 
 
 
415 aa  59.3  0.00000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.232363  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2612  hypothetical protein  34.75 
 
 
291 aa  58.2  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.12045  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2335  universal stress protein  28.87 
 
 
147 aa  58.2  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.75941  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2231  hypothetical protein  32.03 
 
 
278 aa  57.4  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0194  UspA domain-containing protein  24.54 
 
 
270 aa  57.4  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4433  UspA domain protein  28.74 
 
 
279 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4566  UspA domain protein  28.74 
 
 
279 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.564371  normal  0.196949 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1300  UspA domain protein  23.95 
 
 
278 aa  57  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.085168  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0973  UspA domain protein  27.08 
 
 
155 aa  56.6  0.0000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2788  UspA domain protein  28.29 
 
 
271 aa  56.2  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.084902  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1459  UspA domain protein  25.76 
 
 
147 aa  56.2  0.0000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2350  hypothetical protein  27.94 
 
 
150 aa  55.8  0.0000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000004892  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1768  UspA domain-containing protein  24.26 
 
 
140 aa  55.5  0.0000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0487  universal stress protein  31.25 
 
 
150 aa  55.1  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3824  UspA domain protein  22.8 
 
 
295 aa  55.1  0.000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1409  UspA domain protein  27.61 
 
 
140 aa  55.5  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.554815 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0826  universal stress protein  27.01 
 
 
165 aa  53.9  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2770  UspA domain protein  26.07 
 
 
298 aa  53.9  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0325172  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2546  hypothetical protein  25 
 
 
279 aa  53.9  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.109309  normal  0.809091 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4260  UspA domain protein  29.66 
 
 
148 aa  52.8  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.290835  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0571  hypothetical protein  31.51 
 
 
259 aa  52.8  0.000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1334  hypothetical protein  25.69 
 
 
154 aa  52.4  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0586772  normal  0.952223 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3893  UspA domain protein  35.54 
 
 
311 aa  52.4  0.000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.531117  normal  0.217481 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3038  hypothetical protein  28.36 
 
 
147 aa  51.6  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000975242  normal  0.515565 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2887  UspA domain-containing protein  24.71 
 
 
325 aa  52  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.535797  normal  0.92135 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1024  universal stress protein UspA  30.58 
 
 
279 aa  52  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2454  UspA domain-containing protein  27.48 
 
 
291 aa  51.6  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.821699  normal  0.675849 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0697  universal stress protein  26.88 
 
 
282 aa  51.6  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2352  UspA domain-containing protein  26.88 
 
 
282 aa  51.6  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.229476  normal  0.139893 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1603  UspA domain protein  32.03 
 
 
208 aa  51.6  0.00001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5815  UspA domain-containing protein  33.33 
 
 
279 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.123141 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0533  UspA domain-containing protein  27.5 
 
 
282 aa  52  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.298494 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2401  UspA domain-containing protein  26.62 
 
 
140 aa  51.6  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.499037 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2339  UspA domain-containing protein  28.8 
 
 
128 aa  52  0.00001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0225784 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1659  UspA domain-containing protein  25.56 
 
 
140 aa  51.2  0.00002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3508  UspA domain-containing protein  41.94 
 
 
286 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.364633  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4709  hypothetical protein  29.13 
 
 
278 aa  51.2  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0825  universal stress protein  30.3 
 
 
164 aa  51.6  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3815  UspA domain protein  41.94 
 
 
286 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.763121  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0110  UspA domain-containing protein  34.48 
 
 
140 aa  51.2  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0098  UspA domain-containing protein  34.33 
 
 
140 aa  51.2  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0148787  normal  0.288023 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0017  hypothetical protein  24.04 
 
 
280 aa  50.8  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0334555  normal  0.756521 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2564  UspA domain protein  22.18 
 
 
282 aa  50.4  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.143275  normal  0.0151057 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3529  universal stress protein  25.55 
 
 
149 aa  50.4  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0176065  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0266  UspA domain-containing protein  31.62 
 
 
260 aa  50.4  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.194417  normal  0.123671 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1589  UspA domain-containing protein  27.01 
 
 
140 aa  50.4  0.00003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.000251397  normal  0.0131871 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0916  hypothetical protein  26.24 
 
 
173 aa  50.4  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1854  hypothetical protein  28.91 
 
 
278 aa  50.4  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.796292  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2238  hypothetical protein  32.81 
 
 
280 aa  50.4  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.289135  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2248  hypothetical protein  34.43 
 
 
277 aa  50.4  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0134  UspA domain-containing protein  35.82 
 
 
141 aa  50.4  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0818403 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3571  UspA domain-containing protein  31.93 
 
 
279 aa  50.4  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.620295  normal  0.215578 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>