More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5068 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5068  Universal stress protein  100 
 
 		 284 aa  572  1.0000000000000001e-162  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0850  UspA domain-containing protein  51.41 
 
 		 284 aa  295  6e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.519772 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0781  hypothetical protein  50.7 
 
 		 283 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3461  hypothetical protein  47.87 
 
 		 281 aa  263  4e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.148579 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4142  UspA domain-containing protein  46.81 
 
 		 281 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.976252 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4258  universal stress protein  47.16 
 
 		 281 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0395352  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2763  hypothetical protein  43.42 
 
 		 285 aa  228  6e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.723641  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2785  hypothetical protein  44.72 
 
 		 283 aa  217  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.364827 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1166  UspA domain protein  37.76 
 
 		 283 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00957514 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2101  UspA domain-containing protein  36.75 
 
 		 312 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2720  UspA domain-containing protein  39.01 
 
 		 284 aa  196  5.000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.532159 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4471  universal stress protein UspA  35.82 
 
 		 287 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000777431  hitchhiker  0.00999732 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4601  universal stress protein UspA  35.82 
 
 		 287 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000321646  normal  0.0139056 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1574  UspA domain protein  35.82 
 
 		 287 aa  191  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1910  UspA domain-containing protein  36.46 
 
 		 283 aa  189  4e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1227  UspA domain-containing protein  38.68 
 
 		 284 aa  188  8e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1994  UspA domain-containing protein  37.63 
 
 		 284 aa  187  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0187  UspA domain-containing protein  37.63 
 
 		 284 aa  187  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0791  UspA domain-containing protein  37.19 
 
 		 285 aa  186  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1852  UspA domain-containing protein  36.27 
 
 		 283 aa  182  6e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.323758  hitchhiker  0.00188787 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0182  universal stress protein  36.71 
 
 		 281 aa  180  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5171  UspA domain-containing protein  36.27 
 
 		 283 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1050  UspA domain protein  36.59 
 
 		 284 aa  168  8e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.192596  hitchhiker  0.000149596 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2562  universal stress protein  36.01 
 
 		 281 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.643339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1912  UspA domain protein  33.33 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1816  UspA domain-containing protein  33.69 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00317647  normal  0.851658 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0944  UspA-related nucleotide-binding protein  34.27 
 
 		 283 aa  158  1e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0763002  normal  0.265915 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1226  hypothetical protein  32.89 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.594173  normal  0.462548 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0342  putative universal stress protein  32.75 
 
 		 286 aa  155  6e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07090  universal stress protein, UspA  36.14 
 
 		 284 aa  152  7e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.540561  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1154  hypothetical protein  31.01 
 
 		 286 aa  134  9.999999999999999e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1137  UspA domain-containing protein  31.74 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0260  UspA-related nucleotide-binding protein  29.01 
 
 		 278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0174  UspA domain-containing protein  26.13 
 
 		 286 aa  103  3e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0137308  normal  0.254776 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1359  UspA domain protein  25.96 
 
 		 281 aa  95.1  1e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2345  hypothetical protein  24.11 
 
 		 284 aa  87.4  2e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.450021 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0101  UspA domain protein  27.9 
 
 		 273 aa  85.5  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2042  hypothetical protein  23.53 
 
 		 284 aa  84.3  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.845392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1630  universal stress protein  19.5 
 
 		 278 aa  76.3  0.0000000000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0032  UspA domain protein  28.31 
 
 		 279 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2727  universal stress protein  34.06 
 
 		 140 aa  73.2  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.671125  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2107  UspA domain-containing protein  25.25 
 
 		 291 aa  72  0.000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0337  UspA domain protein  22.45 
 
 		 283 aa  64.7  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175107  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1409  UspA domain protein  28.99 
 
 		 140 aa  64.7  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.554815 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1890  UspA domain protein  26 
 
 		 297 aa  63.2  0.000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108778  normal  0.382663 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3063  hypothetical protein  28.12 
 
 		 297 aa  62  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0825  universal stress protein  32.03 
 
 		 164 aa  60.8  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3401  UspA domain protein  28.42 
 
 		 288 aa  60.8  0.00000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1104  hypothetical protein  27.62 
 
 		 295 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1133  UspA domain-containing protein  27.62 
 
 		 295 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.292295  normal  0.867379 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1121  UspA domain-containing protein  27.62 
 
 		 295 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.368186 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3147  universal stress protein  28.78 
 
 		 150 aa  60.5  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00251172  normal  0.0145111 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1666  hypothetical protein  41.27 
 
 		 156 aa  60.5  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.448158  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3238  universal stress protein  24.88 
 
 		 297 aa  60.1  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0754  UspA domain protein  37.97 
 
 		 152 aa  59.7  0.00000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0606368  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1706  UspA domain protein  26.34 
 
 		 290 aa  59.3  0.00000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.873691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3776  UspA domain-containing protein  24.44 
 
 		 297 aa  58.9  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.226753  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2564  UspA domain protein  28.38 
 
 		 282 aa  58.5  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.143275  normal  0.0151057 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1007  UspA domain protein  26.78 
 
 		 320 aa  57.8  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2788  UspA domain protein  31.55 
 
 		 271 aa  57  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.084902  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1094  hypothetical protein  25.25 
 
 		 291 aa  55.8  0.0000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.604509  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1102  hypothetical protein  25.32 
 
 		 292 aa  55.8  0.0000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.608802  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1119  UspA domain-containing protein  25.32 
 
 		 292 aa  55.8  0.0000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.708169 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4822  UspA domain-containing protein  26.5 
 
 		 289 aa  55.8  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1131  UspA domain-containing protein  25.32 
 
 		 292 aa  55.8  0.0000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.849287  normal  0.887084 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4433  UspA domain protein  29.32 
 
 		 279 aa  55.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1467  UspA domain protein  27.66 
 
 		 180 aa  55.1  0.000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1082  UspA domain protein  38.16 
 
 		 158 aa  55.1  0.000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.731229  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3626  UspA domain-containing protein  23.95 
 
 		 293 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.208272  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4566  UspA domain protein  29.32 
 
 		 279 aa  55.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.564371  normal  0.196949 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2770  UspA domain protein  26.84 
 
 		 298 aa  55.1  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0325172  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1744  UspA domain protein  26.58 
 
 		 296 aa  54.3  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2339  UspA domain-containing protein  31.75 
 
 		 128 aa  54.3  0.000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0225784 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3533  UspA domain protein  29.57 
 
 		 305 aa  54.3  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1529  UspA domain protein  30.93 
 
 		 141 aa  53.9  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3798  UspA domain protein  28.87 
 
 		 281 aa  53.9  0.000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4050  hypothetical protein  27.02 
 
 		 277 aa  53.9  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.946948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3775  UspA domain-containing protein  28.89 
 
 		 138 aa  53.9  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.309835  normal  0.427023 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1224  UspA domain protein  32.2 
 
 		 156 aa  53.9  0.000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2014  UspA domain protein  42.86 
 
 		 307 aa  53.9  0.000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.494901 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4831  hypothetical protein  28.5 
 
 		 292 aa  53.9  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.335515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0913  UspA domain-containing protein  29.63 
 
 		 138 aa  53.5  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0346302 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2668  UspA domain protein  40 
 
 		 159 aa  53.5  0.000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0776  UspA domain protein  25.42 
 
 		 570 aa  53.5  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4978  UspA domain-containing protein  27.18 
 
 		 293 aa  53.5  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2612  hypothetical protein  28.82 
 
 		 291 aa  53.1  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.12045  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2241  hypothetical protein  31.25 
 
 		 126 aa  53.5  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1641  UspA domain-containing protein  26.45 
 
 		 294 aa  53.5  0.000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1050  hypothetical protein  28.57 
 
 		 141 aa  53.1  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0487  universal stress protein  26.62 
 
 		 150 aa  53.1  0.000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1706  universal stress protein  32.91 
 
 		 130 aa  52.4  0.000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0360451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1083  UspA domain-containing protein  22.76 
 
 		 449 aa  52.4  0.000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000280681  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1854  hypothetical protein  31.21 
 
 		 278 aa  52.8  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.796292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3085  hypothetical protein  27.73 
 
 		 303 aa  52.8  0.000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1143  hypothetical protein  26.78 
 
 		 276 aa  52.4  0.000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3527  universal stress protein  27.66 
 
 		 151 aa  52.4  0.000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0381  UspA domain protein  32.03 
 
 		 274 aa  51.6  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0466978  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3179  UspA domain-containing protein  26.03 
 
 		 279 aa  51.6  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.983564  normal  0.0746884 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3694  UspA domain-containing protein  23.11 
 
 		 293 aa  52  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.34077  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2511  UspA domain-containing protein  36.84 
 
 		 143 aa  52  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.947152  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>