More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1646 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B4631  MscS mechanosensitive ion channel  68.5 
 
 		 581 aa  677    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1646  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 557 aa  1111    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.010516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0364  MscS Mechanosensitive ion channel  36.8 
 
 		 538 aa  306  5.0000000000000004e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000549474  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2741  MscS mechanosensitive ion channel  34.9 
 
 		 545 aa  272  9e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3012  MscS mechanosensitive ion channel  35.69 
 
 		 545 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3049  MscS mechanosensitive ion channel  36.91 
 
 		 542 aa  266  8e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.369639  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1723  mechanosensitive ion channel family protein  32.19 
 
 		 545 aa  245  1.9999999999999999e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242798  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4074  MscS mechanosensitive ion channel  29.83 
 
 		 572 aa  245  1.9999999999999999e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2521  MscS mechanosensitive ion channel  50.43 
 
 		 230 aa  242  1e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.871653  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1474  MscS Mechanosensitive ion channel  34.03 
 
 		 559 aa  224  4e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3258  MscS mechanosensitive ion channel  31.8 
 
 		 600 aa  224  4.9999999999999996e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0680122  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0806  MscS mechanosensitive ion channel  32.29 
 
 		 549 aa  209  1e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4585  MscS mechanosensitive ion channel  30.18 
 
 		 571 aa  209  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.711383 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2961  MscS Mechanosensitive ion channel  30.28 
 
 		 593 aa  209  1e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.80043  hitchhiker  0.0000000094968 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3676  MscS Mechanosensitive ion channel  32.67 
 
 		 524 aa  208  2e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0771  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 563 aa  206  7e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.034825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0742  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 563 aa  206  7e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2344  MscS Mechanosensitive ion channel  32.05 
 
 		 570 aa  202  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.809256 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3838  MscS Mechanosensitive ion channel  30.14 
 
 		 563 aa  202  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3888  MscS Mechanosensitive ion channel  29.74 
 
 		 563 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.203429 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0508  MscS Mechanosensitive ion channel  30.69 
 
 		 566 aa  199  7.999999999999999e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1278  small-conductance mechanosensitive channel-like  34.53 
 
 		 520 aa  194  3e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2427  MscS mechanosensitive ion channel  34.1 
 
 		 550 aa  184  2.0000000000000003e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0997  MscS Mechanosensitive ion channel  32 
 
 		 579 aa  183  7e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00010123  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3231  MscS Mechanosensitive ion channel  26.33 
 
 		 545 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.371413 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2865  MscS Mechanosensitive ion channel  26.43 
 
 		 545 aa  179  8e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1050  MscS mechanosensitive ion channel  29.31 
 
 		 481 aa  178  3e-43  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4449  MscS Mechanosensitive ion channel  29.23 
 
 		 546 aa  167  5.9999999999999996e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1169  MscS Mechanosensitive ion channel  23.84 
 
 		 556 aa  154  4e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2522  hypothetical protein  28.32 
 
 		 326 aa  104  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00109923  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0897  MscS Mechanosensitive ion channel  22.76 
 
 		 545 aa  95.5  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1074  MscS mechanosensitive ion channel  27.53 
 
 		 395 aa  92.8  2e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0868741  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1734  MscS mechanosensitive ion channel  26.52 
 
 		 358 aa  87.8  5e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.288802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00593  MscS Mechanosensitive ion channel  25.81 
 
 		 356 aa  87  8e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.863063  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1572  MscS Mechanosensitive ion channel  22.17 
 
 		 548 aa  82.8  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00917582 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  25.45 
 
 		 795 aa  79  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4892  MscS Mechanosensitive ion channel  26.78 
 
 		 560 aa  77.4  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3399  MscS mechanosensitive ion channel  27.07 
 
 		 345 aa  75.5  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  24.86 
 
 		 636 aa  74.3  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  24.86 
 
 		 636 aa  74.7  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  26.55 
 
 		 840 aa  73.6  0.000000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  25.57 
 
 		 860 aa  73.6  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0820  MscS mechanosensitive ion channel  27.62 
 
 		 849 aa  72.8  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0343003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  27.37 
 
 		 847 aa  72.4  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3826  MscS Mechanosensitive ion channel  29.08 
 
 		 444 aa  72.4  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  24.64 
 
 		 1235 aa  72.4  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  27.37 
 
 		 847 aa  72.8  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45100  potassium efflux protein KefA  25 
 
 		 1117 aa  71.6  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534635  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1862  MscS mechanosensitive ion channel  22.09 
 
 		 867 aa  71.2  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3427  MscS mechanosensitive ion channel  25.27 
 
 		 428 aa  71.6  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.259375  normal  0.309045 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  29.95 
 
 		 400 aa  70.9  0.00000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  25.39 
 
 		 1144 aa  70.9  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  24.05 
 
 		 825 aa  70.5  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1529  MscS Mechanosensitive ion channel  26.29 
 
 		 385 aa  70.5  0.00000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  25.93 
 
 		 752 aa  70.5  0.00000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 879 aa  70.5  0.00000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1587  MscS mechanosensitive ion channel  27.45 
 
 		 807 aa  70.1  0.00000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.370206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1647  MscS Mechanosensitive ion channel  26.67 
 
 		 429 aa  70.1  0.0000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  19.36 
 
 		 685 aa  69.7  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0812  MscS mechanosensitive ion channel  25.29 
 
 		 643 aa  69.7  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.459246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  25.44 
 
 		 909 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1465  hypothetical protein  26.84 
 
 		 753 aa  68.9  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  24.9 
 
 		 299 aa  69.3  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3447  mechanosensitive ion channel family protein  25.41 
 
 		 816 aa  68.9  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.597927  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2381  MscS mechanosensitive ion channel  27.32 
 
 		 287 aa  69.3  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.42777  hitchhiker  0.00000285336 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  25.44 
 
 		 947 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1093  MscS Mechanosensitive ion channel  26.14 
 
 		 389 aa  68.9  0.0000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.464677  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2010  MscS Mechanosensitive ion channel  26.64 
 
 		 447 aa  68.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2035  MscS Mechanosensitive ion channel  26.64 
 
 		 447 aa  68.6  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  25.54 
 
 		 472 aa  68.6  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  27.66 
 
 		 864 aa  68.6  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  24.15 
 
 		 844 aa  68.2  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5378  MscS Mechanosensitive ion channel  27.49 
 
 		 909 aa  67.8  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287309  normal  0.723398 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1250  MscS mechanosensitive ion channel  20.79 
 
 		 361 aa  67.4  0.0000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00000000000414305  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3172  MscS Mechanosensitive ion channel  23.16 
 
 		 784 aa  67.4  0.0000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4556  MscS Mechanosensitive ion channel  26.7 
 
 		 883 aa  67  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0198839  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2105  MscS Mechanosensitive ion channel  25.8 
 
 		 414 aa  66.2  0.000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600957  normal  0.059013 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2393  MscS Mechanosensitive ion channel  24.53 
 
 		 408 aa  66.2  0.000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  24.85 
 
 		 843 aa  66.6  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0452  MscS Mechanosensitive ion channel  28.95 
 
 		 853 aa  66.2  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372575 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  23.32 
 
 		 435 aa  66.6  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1608  MscS mechanosensitive ion channel  26.11 
 
 		 868 aa  65.5  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2829  MscS mechanosensitive ion channel  24.55 
 
 		 294 aa  65.5  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2330  MscS Mechanosensitive ion channel  27.81 
 
 		 458 aa  65.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.194216  normal  0.152351 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0421  hypothetical protein  26.04 
 
 		 1115 aa  65.1  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.693078  hitchhiker  0.0000017841 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  25.41 
 
 		 981 aa  65.1  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  23.08 
 
 		 825 aa  64.3  0.000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1632  MscS mechanosensitive ion channel  25.15 
 
 		 877 aa  64.3  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.253181  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  28.9 
 
 		 910 aa  63.9  0.000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  23.1 
 
 		 843 aa  63.5  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  25.75 
 
 		 859 aa  63.2  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3343  mechanosensitive ion channel protein  24 
 
 		 813 aa  63.5  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.183155 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1461  MscS Mechanosensitive ion channel  24.66 
 
 		 785 aa  62.8  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  21.97 
 
 		 1111 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2555  MscS mechanosensitive ion channel  22.3 
 
 		 321 aa  62.8  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3222  MscS mechanosensitive ion channel  22.91 
 
 		 866 aa  62.4  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2719  MscS Mechanosensitive ion channel  27.13 
 
 		 457 aa  62.8  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3443  MscS mechanosensitive ion channel  23.55 
 
 		 1067 aa  62.8  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  24.66 
 
 		 891 aa  62.4  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2151  MscS mechanosensitive ion channel  21.67 
 
 		 1158 aa  61.6  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>