More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3399 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3399  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 345 aa  697    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00593  MscS Mechanosensitive ion channel  47.32 
 
 		 356 aa  311  7.999999999999999e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.863063  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1734  MscS mechanosensitive ion channel  48.4 
 
 		 358 aa  300  4e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.288802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1074  MscS mechanosensitive ion channel  35.11 
 
 		 395 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0868741  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0997  MscS Mechanosensitive ion channel  27.84 
 
 		 579 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00010123  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2521  MscS mechanosensitive ion channel  28.97 
 
 		 230 aa  102  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.871653  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4585  MscS mechanosensitive ion channel  29.09 
 
 		 571 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.711383 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4074  MscS mechanosensitive ion channel  27.74 
 
 		 572 aa  99.4  8e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0806  MscS mechanosensitive ion channel  28.64 
 
 		 549 aa  98.2  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0771  MscS Mechanosensitive ion channel  31.55 
 
 		 563 aa  97.4  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.034825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0742  MscS Mechanosensitive ion channel  31.55 
 
 		 563 aa  97.4  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2961  MscS Mechanosensitive ion channel  31.5 
 
 		 593 aa  95.5  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.80043  hitchhiker  0.0000000094968 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1723  mechanosensitive ion channel family protein  30.43 
 
 		 545 aa  94.4  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242798  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3676  MscS Mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 524 aa  93.6  5e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3258  MscS mechanosensitive ion channel  28.65 
 
 		 600 aa  92.8  7e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0680122  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1474  MscS Mechanosensitive ion channel  27.98 
 
 		 559 aa  92.4  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3049  MscS mechanosensitive ion channel  27.85 
 
 		 542 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.369639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3012  MscS mechanosensitive ion channel  28.83 
 
 		 545 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2427  MscS mechanosensitive ion channel  27.24 
 
 		 550 aa  90.5  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1169  MscS Mechanosensitive ion channel  26.07 
 
 		 556 aa  90.1  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2741  MscS mechanosensitive ion channel  28.83 
 
 		 545 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3838  MscS Mechanosensitive ion channel  28.76 
 
 		 563 aa  86.3  7e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3888  MscS Mechanosensitive ion channel  28.76 
 
 		 563 aa  86.3  8e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.203429 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0508  MscS Mechanosensitive ion channel  31.55 
 
 		 566 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4631  MscS mechanosensitive ion channel  26.75 
 
 		 581 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2865  MscS Mechanosensitive ion channel  26.95 
 
 		 545 aa  83.6  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3231  MscS Mechanosensitive ion channel  26.95 
 
 		 545 aa  84  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.371413 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0364  MscS Mechanosensitive ion channel  28.24 
 
 		 538 aa  83.2  0.000000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000549474  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1050  MscS mechanosensitive ion channel  26.55 
 
 		 481 aa  80.1  0.00000000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1646  MscS mechanosensitive ion channel  25.89 
 
 		 557 aa  80.1  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.010516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1278  small-conductance mechanosensitive channel-like  30.91 
 
 		 520 aa  79.7  0.00000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  26.07 
 
 		 362 aa  72.4  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2344  MscS Mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 570 aa  72  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.809256 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  24.53 
 
 		 840 aa  69.7  0.00000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0661  MscS Mechanosensitive ion channel  27.11 
 
 		 295 aa  69.3  0.00000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3321  MscS mechanosensitive ion channel  25.79 
 
 		 1078 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.660513  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0476  MscS mechanosensitive ion channel  26.46 
 
 		 279 aa  66.2  0.0000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.139506  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  28.73 
 
 		 860 aa  65.5  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2985  hypothetical protein  25 
 
 		 351 aa  64.7  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0299284  normal  0.0305677 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  29.17 
 
 		 273 aa  64.3  0.000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4449  MscS Mechanosensitive ion channel  24.82 
 
 		 546 aa  64.3  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0427  MscS mechanosensitive ion channel  23.65 
 
 		 288 aa  63.9  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0918944  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  24.48 
 
 		 843 aa  63.2  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  26.83 
 
 		 807 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  26.83 
 
 		 806 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  24.3 
 
 		 796 aa  63.2  0.000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  28.29 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  24.07 
 
 		 844 aa  62.8  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0452  MscS Mechanosensitive ion channel  24.41 
 
 		 853 aa  62.4  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372575 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0258  hypothetical protein  36.11 
 
 		 200 aa  62.8  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 		 274 aa  62.4  0.00000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1034  MscS mechanosensitive ion channel  29.63 
 
 		 288 aa  61.2  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  25.74 
 
 		 636 aa  61.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  25.25 
 
 		 636 aa  61.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2273  MscS mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 258 aa  60.8  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3024  MscS Mechanosensitive ion channel  21.79 
 
 		 282 aa  61.2  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000332583  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  29.68 
 
 		 830 aa  60.8  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2355  MscS mechanosensitive ion channel  28.34 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0549147  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1689  MscS mechanosensitive ion channel  27.14 
 
 		 356 aa  60.5  0.00000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  26.3 
 
 		 859 aa  60.5  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  26.61 
 
 		 322 aa  60.5  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0625  small-conductance mechanosensitive ion channel  25.85 
 
 		 291 aa  60.1  0.00000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.286405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2090  hypothetical protein  25.32 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2712  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  21.47 
 
 		 507 aa  59.7  0.00000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0470198  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0091  MscS Mechanosensitive ion channel  28.07 
 
 		 297 aa  60.1  0.00000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  22.55 
 
 		 341 aa  59.7  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0330  hypothetical protein  23.28 
 
 		 287 aa  59.3  0.0000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4556  MscS Mechanosensitive ion channel  26.29 
 
 		 883 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0198839  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  30.94 
 
 		 276 aa  58.9  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2528  MscS mechanosensitive ion channel  23.08 
 
 		 817 aa  58.2  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.290655  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  25.17 
 
 		 400 aa  58.2  0.0000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2331  MscS mechanosensitive ion channel  23.23 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0340157  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3291  MscS mechanosensitive ion channel  24.56 
 
 		 1068 aa  57.8  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.563171  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1162  MscS Mechanosensitive ion channel  33.09 
 
 		 294 aa  57.8  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.102088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2392  MscS mechanosensitive ion channel  27.04 
 
 		 794 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.211304  hitchhiker  0.00331512 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  24.32 
 
 		 806 aa  57.8  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4382  MscS mechanosensitive ion channel  28.71 
 
 		 262 aa  57.8  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.496887  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1320  MscS Mechanosensitive ion channel  25.96 
 
 		 300 aa  57  0.0000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.23225 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1524  mechanosensitive ion channel  26.67 
 
 		 291 aa  57.4  0.0000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.288114  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0785  MscS Mechanosensitive ion channel  25.65 
 
 		 395 aa  57  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0017606  normal  0.0299135 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1062  MscS Mechanosensitive ion channel  25.43 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.771269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  24.46 
 
 		 1144 aa  57.4  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2760  MscS Mechanosensitive ion channel  24.71 
 
 		 359 aa  57  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02267  hypothetical protein  26.8 
 
 		 292 aa  57  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1701  phosphoglycerate mutase  25.27 
 
 		 310 aa  57  0.0000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0587  MscS mechanosensitive ion channel  24.85 
 
 		 1067 aa  57  0.0000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0226105 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  26.27 
 
 		 879 aa  56.6  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0586  MscS mechanosensitive ion channel  24.85 
 
 		 1067 aa  57  0.0000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0875624 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03384  small-conductance mechanosensitive channel  25.61 
 
 		 803 aa  56.6  0.0000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.670806  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3071  hypothetical protein  32.31 
 
 		 366 aa  56.6  0.0000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.962312  normal  0.378174 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  27.84 
 
 		 275 aa  56.6  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3036  transporter, putative  22.91 
 
 		 1080 aa  56.6  0.0000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0415629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3904  MscS mechanosensitive ion channel  23.95 
 
 		 1072 aa  56.6  0.0000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0141  MscS Mechanosensitive ion channel  24.32 
 
 		 373 aa  56.6  0.0000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195967  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3721  MscS Mechanosensitive ion channel  23.95 
 
 		 1072 aa  56.6  0.0000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2000  MscS Mechanosensitive ion channel  26.9 
 
 		 302 aa  56.6  0.0000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.03582 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3778  MscS mechanosensitive ion channel  23.95 
 
 		 1072 aa  56.6  0.0000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0547  MscS mechanosensitive ion channel  23.95 
 
 		 1067 aa  56.6  0.0000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1895  MscS Mechanosensitive ion channel  26.06 
 
 		 286 aa  56.2  0.0000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.461855 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0227  MscS mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 		 268 aa  56.2  0.0000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>