More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3321 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0588  transporter, putative  62.37 
 
 		 1067 aa  1333    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3904  MscS mechanosensitive ion channel  63.54 
 
 		 1072 aa  1348    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0555  MscS mechanosensitive ion channel  57.22 
 
 		 1060 aa  1162    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0475901  normal  0.179203 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4182  MscS mechanosensitive ion channel  56.97 
 
 		 1070 aa  1181    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3291  MscS mechanosensitive ion channel  62.57 
 
 		 1068 aa  1307    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.563171  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3036  transporter, putative  57.58 
 
 		 1080 aa  1190    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0415629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0786  MscS mechanosensitive ion channel  59.85 
 
 		 1066 aa  1196    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.213544  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3778  MscS mechanosensitive ion channel  63.54 
 
 		 1072 aa  1348    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0587  MscS mechanosensitive ion channel  61.99 
 
 		 1067 aa  1320    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0226105 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3443  MscS mechanosensitive ion channel  61.99 
 
 		 1067 aa  1321    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0547  MscS mechanosensitive ion channel  63.45 
 
 		 1067 aa  1346    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3321  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 1078 aa  2197    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.660513  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3551  MscS mechanosensitive ion channel  57.8 
 
 		 1062 aa  1121    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3721  MscS Mechanosensitive ion channel  63.54 
 
 		 1072 aa  1347    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0586  MscS mechanosensitive ion channel  62.37 
 
 		 1067 aa  1330    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0875624 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0421  hypothetical protein  36.81 
 
 		 1115 aa  567  1e-160  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.693078  hitchhiker  0.0000017841 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3934  hypothetical protein  35.57 
 
 		 1107 aa  531  1e-149  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0473  hypothetical protein  36.19 
 
 		 1104 aa  526  1e-147  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3756  hypothetical protein  35.27 
 
 		 1107 aa  523  1e-147  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04029  predicted mechanosensitive channel  36.07 
 
 		 1107 aa  518  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.475668  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3831  MscS Mechanosensitive ion channel  36.07 
 
 		 1107 aa  518  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.915765  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4630  hypothetical protein  35.93 
 
 		 1107 aa  518  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.250026  normal  0.0442574 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4716  hypothetical protein  36.07 
 
 		 1107 aa  518  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00612141  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4401  hypothetical protein  36.07 
 
 		 1107 aa  518  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.199255  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4691  hypothetical protein  36.07 
 
 		 1107 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00421616  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5675  hypothetical protein  36.07 
 
 		 1107 aa  518  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00234961  normal  0.548719 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03991  hypothetical protein  36.07 
 
 		 1107 aa  518  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.391275  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3851  hypothetical protein  36.69 
 
 		 1107 aa  518  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00332968 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0384  hypothetical protein  36.46 
 
 		 1107 aa  515  1e-144  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0345  hypothetical protein  33.36 
 
 		 1103 aa  513  1e-144  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.742298  unclonable  0.00000473028 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4625  hypothetical protein  36.53 
 
 		 1108 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.288253  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4616  hypothetical protein  36.53 
 
 		 1108 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.115019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4744  hypothetical protein  36.53 
 
 		 1108 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4765  hypothetical protein  36.53 
 
 		 1108 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514219  normal  0.17769 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4708  hypothetical protein  36.53 
 
 		 1108 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0711  hypothetical protein  36.64 
 
 		 1113 aa  488  1e-136  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.871081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3811  hypothetical protein  36.64 
 
 		 1113 aa  488  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.408276  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3664  hypothetical protein  36.64 
 
 		 1113 aa  488  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.907056  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0445  potassium efflux protein KefA  31.81 
 
 		 1117 aa  395  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2257  MscS mechanosensitive ion channel  29.42 
 
 		 1110 aa  390  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371999  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2151  MscS mechanosensitive ion channel  31.07 
 
 		 1158 aa  385  1e-105  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0501  potassium efflux protein KefA  30.42 
 
 		 1134 aa  381  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  31.59 
 
 		 1111 aa  380  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3390  MscS mechanosensitive ion channel  30.11 
 
 		 861 aa  380  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5024  potassium efflux system protein KefA, putative  31.89 
 
 		 1134 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5117  potassium efflux protein KefA  30.75 
 
 		 1102 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0399  potassium efflux protein KefA  31.31 
 
 		 1102 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5067  potassium efflux protein KefA  30.88 
 
 		 1102 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4940  potassium efflux protein KefA  30.87 
 
 		 1102 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.310149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  31.18 
 
 		 1120 aa  366  1e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0528  potassium efflux protein KefA  31.18 
 
 		 1120 aa  366  1e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0581  potassium efflux protein KefA  31.18 
 
 		 1118 aa  366  1e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.467495  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00416  fused conserved protein  29.82 
 
 		 1120 aa  365  2e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  29.82 
 
 		 1120 aa  365  2e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0538  potassium efflux protein KefA  31.18 
 
 		 1118 aa  366  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  29.82 
 
 		 1120 aa  365  2e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  29.13 
 
 		 1120 aa  365  2e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00421  hypothetical protein  29.82 
 
 		 1120 aa  365  2e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  31.18 
 
 		 1118 aa  365  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  29.82 
 
 		 1120 aa  365  2e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  30.1 
 
 		 1120 aa  365  3e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3045  potassium efflux protein KefA  29.62 
 
 		 1133 aa  365  3e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0945  potassium efflux protein KefA  27.82 
 
 		 1115 aa  364  4e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.612496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  29.22 
 
 		 1120 aa  364  4e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  29.13 
 
 		 1118 aa  363  7.0000000000000005e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  29.73 
 
 		 1120 aa  360  5e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  29.73 
 
 		 1120 aa  360  5e-98  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0991479 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3204  potassium efflux protein KefA  29.73 
 
 		 1120 aa  360  5e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45100  potassium efflux protein KefA  30.67 
 
 		 1117 aa  357  5e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534635  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1447  MscS mechanosensitive ion channel  29.28 
 
 		 1166 aa  356  1e-96  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1130  potassium efflux protein KefA  31.36 
 
 		 1130 aa  347  8.999999999999999e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000811569 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0168  potassium efflux protein KefA  29.52 
 
 		 1110 aa  344  7e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5759  potassium efflux protein KefA  31.35 
 
 		 1118 aa  342  2e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.738971  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66400  potassium efflux protein KefA  30.93 
 
 		 1118 aa  339  9.999999999999999e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1013  potassium efflux protein KefA  31.09 
 
 		 1128 aa  338  1.9999999999999998e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2326  MscS mechanosensitive ion channel  29.81 
 
 		 1127 aa  337  5e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  26.7 
 
 		 1144 aa  325  2e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1206  potassium efflux protein KefA  27.33 
 
 		 1098 aa  322  1.9999999999999998e-86  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  27.04 
 
 		 1235 aa  319  2e-85  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1453  MscS mechanosensitive ion channel  26.19 
 
 		 1105 aa  270  7e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  28.71 
 
 		 840 aa  179  4e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  33.59 
 
 		 806 aa  175  5e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  36.4 
 
 		 842 aa  172  3e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  36.84 
 
 		 299 aa  166  2.0000000000000002e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 844 aa  158  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  34.35 
 
 		 843 aa  157  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  34.8 
 
 		 637 aa  154  7e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  29.17 
 
 		 825 aa  153  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  30.12 
 
 		 685 aa  151  7e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  31.76 
 
 		 796 aa  150  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  33.44 
 
 		 879 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  37.14 
 
 		 909 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  37.14 
 
 		 947 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  32.32 
 
 		 847 aa  148  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  32.32 
 
 		 847 aa  148  5e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  30.72 
 
 		 859 aa  147  7.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  33.76 
 
 		 636 aa  147  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  33.85 
 
 		 291 aa  146  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  33.76 
 
 		 636 aa  146  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5378  MscS Mechanosensitive ion channel  34.18 
 
 		 909 aa  146  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287309  normal  0.723398 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>