More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5117 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00416  fused conserved protein  40.98 
 
 		 1120 aa  770    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5117  potassium efflux protein KefA  100 
 
 		 1102 aa  2215    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666166  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  40.98 
 
 		 1120 aa  770    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5067  potassium efflux protein KefA  97.55 
 
 		 1102 aa  2086    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1013  potassium efflux protein KefA  42.64 
 
 		 1128 aa  764    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5024  potassium efflux system protein KefA, putative  77.41 
 
 		 1134 aa  1669    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  40.98 
 
 		 1118 aa  771    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  40.98 
 
 		 1120 aa  770    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3045  potassium efflux protein KefA  42.43 
 
 		 1133 aa  792    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0501  potassium efflux protein KefA  77.73 
 
 		 1134 aa  1671    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0399  potassium efflux protein KefA  94.27 
 
 		 1102 aa  1990    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  66.2 
 
 		 1111 aa  1372    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  40.98 
 
 		 1120 aa  770    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45100  potassium efflux protein KefA  59.69 
 
 		 1117 aa  1189    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534635  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0581  potassium efflux protein KefA  41.52 
 
 		 1118 aa  752    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.467495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0445  potassium efflux protein KefA  79.12 
 
 		 1117 aa  1697    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0528  potassium efflux protein KefA  41.52 
 
 		 1120 aa  752    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0945  potassium efflux protein KefA  41.77 
 
 		 1115 aa  763    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.612496  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00421  hypothetical protein  40.98 
 
 		 1120 aa  770    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  41.43 
 
 		 1118 aa  751    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  42.9 
 
 		 1120 aa  810    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  40.98 
 
 		 1120 aa  770    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1447  MscS mechanosensitive ion channel  43.42 
 
 		 1166 aa  711    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0168  potassium efflux protein KefA  55.71 
 
 		 1110 aa  1004    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  41.52 
 
 		 1120 aa  751    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  40.98 
 
 		 1120 aa  770    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1130  potassium efflux protein KefA  42.18 
 
 		 1130 aa  752    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000811569 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  40.89 
 
 		 1120 aa  770    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4940  potassium efflux protein KefA  97.55 
 
 		 1102 aa  2084    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.310149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1206  potassium efflux protein KefA  37.29 
 
 		 1098 aa  648    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  42.9 
 
 		 1120 aa  810    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0991479 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3204  potassium efflux protein KefA  42.9 
 
 		 1120 aa  810    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0538  potassium efflux protein KefA  41.43 
 
 		 1118 aa  750    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66400  potassium efflux protein KefA  64.31 
 
 		 1118 aa  1315    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5759  potassium efflux protein KefA  63.97 
 
 		 1118 aa  1312    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.738971  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2151  MscS mechanosensitive ion channel  30.6 
 
 		 1158 aa  437  1e-121  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0555  MscS mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 1060 aa  377  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0475901  normal  0.179203 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3036  transporter, putative  33.16 
 
 		 1080 aa  377  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0415629  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0588  transporter, putative  31.68 
 
 		 1067 aa  367  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0421  hypothetical protein  28.62 
 
 		 1115 aa  367  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.693078  hitchhiker  0.0000017841 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  32.41 
 
 		 1144 aa  366  1e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3390  MscS mechanosensitive ion channel  33.75 
 
 		 861 aa  365  3e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3321  MscS mechanosensitive ion channel  30.67 
 
 		 1078 aa  364  5.0000000000000005e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.660513  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4630  hypothetical protein  29.1 
 
 		 1107 aa  363  7.0000000000000005e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.250026  normal  0.0442574 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3851  hypothetical protein  29.19 
 
 		 1107 aa  363  7.0000000000000005e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00332968 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04029  predicted mechanosensitive channel  29.19 
 
 		 1107 aa  363  8e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.475668  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3831  MscS Mechanosensitive ion channel  29.19 
 
 		 1107 aa  363  8e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.915765  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4691  hypothetical protein  29.19 
 
 		 1107 aa  363  8e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00421616  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4716  hypothetical protein  29.19 
 
 		 1107 aa  363  8e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00612141  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03991  hypothetical protein  29.19 
 
 		 1107 aa  363  8e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.391275  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4401  hypothetical protein  29.19 
 
 		 1107 aa  363  9e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.199255  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4182  MscS mechanosensitive ion channel  28.44 
 
 		 1070 aa  362  2e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5675  hypothetical protein  29.1 
 
 		 1107 aa  362  3e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00234961  normal  0.548719 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0587  MscS mechanosensitive ion channel  31.52 
 
 		 1067 aa  362  3e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0226105 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3443  MscS mechanosensitive ion channel  31.76 
 
 		 1067 aa  361  4e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0586  MscS mechanosensitive ion channel  31.78 
 
 		 1067 aa  360  6e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0875624 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2326  MscS mechanosensitive ion channel  30.39 
 
 		 1127 aa  357  1e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0547  MscS mechanosensitive ion channel  30.99 
 
 		 1067 aa  355  2e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3904  MscS mechanosensitive ion channel  30.99 
 
 		 1072 aa  355  2e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3721  MscS Mechanosensitive ion channel  30.99 
 
 		 1072 aa  356  2e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3778  MscS mechanosensitive ion channel  30.99 
 
 		 1072 aa  355  2e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0345  hypothetical protein  28.98 
 
 		 1103 aa  353  1e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.742298  unclonable  0.00000473028 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3934  hypothetical protein  28.75 
 
 		 1107 aa  351  4e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4625  hypothetical protein  29.2 
 
 		 1108 aa  347  8e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.288253  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4765  hypothetical protein  29.2 
 
 		 1108 aa  347  8e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514219  normal  0.17769 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4744  hypothetical protein  29.2 
 
 		 1108 aa  347  8e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4708  hypothetical protein  29.2 
 
 		 1108 aa  347  8e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4616  hypothetical protein  29.2 
 
 		 1108 aa  347  8e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.115019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3756  hypothetical protein  30.38 
 
 		 1107 aa  345  2e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0786  MscS mechanosensitive ion channel  30.82 
 
 		 1066 aa  344  7e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.213544  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3291  MscS mechanosensitive ion channel  29.67 
 
 		 1068 aa  343  1e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.563171  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0384  hypothetical protein  28.69 
 
 		 1107 aa  342  2e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0473  hypothetical protein  30.27 
 
 		 1104 aa  341  5.9999999999999996e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2257  MscS mechanosensitive ion channel  34.74 
 
 		 1110 aa  340  9.999999999999999e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371999  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3551  MscS mechanosensitive ion channel  31.01 
 
 		 1062 aa  338  2.9999999999999997e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  26.97 
 
 		 1235 aa  336  2e-90  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3811  hypothetical protein  28.4 
 
 		 1113 aa  332  3e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.408276  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3664  hypothetical protein  28.4 
 
 		 1113 aa  332  3e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.907056  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1453  MscS mechanosensitive ion channel  27.62 
 
 		 1105 aa  328  2.0000000000000001e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0711  hypothetical protein  28.22 
 
 		 1113 aa  328  3e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.871081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  39.16 
 
 		 864 aa  178  5e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  35.74 
 
 		 806 aa  178  5e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  38.89 
 
 		 843 aa  175  3.9999999999999995e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  37.21 
 
 		 291 aa  173  2e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  36.92 
 
 		 796 aa  172  4e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  36.26 
 
 		 299 aa  164  9e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  33.22 
 
 		 842 aa  164  1e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  36.77 
 
 		 637 aa  162  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  35.47 
 
 		 840 aa  162  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  37.9 
 
 		 298 aa  162  4e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3447  mechanosensitive ion channel family protein  36.67 
 
 		 816 aa  162  4e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.597927  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1587  MscS mechanosensitive ion channel  39.82 
 
 		 807 aa  160  2e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.370206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1632  MscS mechanosensitive ion channel  37.4 
 
 		 877 aa  159  3e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.253181  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2035  MscS Mechanosensitive ion channel  32.59 
 
 		 447 aa  157  9e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  36.32 
 
 		 685 aa  157  2e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  27.61 
 
 		 891 aa  157  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3826  MscS Mechanosensitive ion channel  36.26 
 
 		 444 aa  156  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  36.36 
 
 		 843 aa  155  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  35.91 
 
 		 844 aa  155  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  34.8 
 
 		 874 aa  155  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>