More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2760 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2760  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 359 aa  723    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5934  MscS Mechanosensitive ion channel  44.51 
 
 		 378 aa  310  2e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02550  membrane protein  45.16 
 
 		 375 aa  282  6.000000000000001e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.290793  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0292  hypothetical protein  52.19 
 
 		 360 aa  280  2e-74  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.40096  hitchhiker  0.00233312 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1933  MscS Mechanosensitive ion channel  44.88 
 
 		 358 aa  280  3e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1009  small-conductance mechanosensitive channel  48.63 
 
 		 331 aa  276  4e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2114  MscS Mechanosensitive ion channel  49.4 
 
 		 361 aa  272  7e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2136  MscS Mechanosensitive ion channel  42.15 
 
 		 349 aa  271  1e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0637665 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3972  MscS Mechanosensitive ion channel  40.06 
 
 		 363 aa  270  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0682489  normal  0.528998 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2268  MscS mechanosensitive ion channel  49.6 
 
 		 362 aa  271  2e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.528739  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1121  MscS mechanosensitive ion channel  48.63 
 
 		 374 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0785  MscS Mechanosensitive ion channel  42.76 
 
 		 395 aa  268  1e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0017606  normal  0.0299135 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2160  mechanosensitive ion channel family protein  46.82 
 
 		 394 aa  267  2e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0415  small-conductance mechanosensitive channel  40.66 
 
 		 371 aa  266  4e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.344204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2855  MscS mechanosensitive ion channel  41.33 
 
 		 374 aa  266  5.999999999999999e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154936 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3703  MscS mechanosensitive ion channel  49.39 
 
 		 373 aa  265  7e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0936689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3654  MscS mechanosensitive ion channel  47.45 
 
 		 393 aa  265  1e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3905  MscS mechanosensitive ion channel  52.99 
 
 		 373 aa  263  4e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3947  MscS Mechanosensitive ion channel  47.45 
 
 		 393 aa  263  4e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0285178  normal  0.460909 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3394  mechanosensitive ion channel family protein  47.1 
 
 		 395 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2314  mechanosensitive ion channel family protein  47.1 
 
 		 395 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2275  mechanosensitive ion channel family protein  46.95 
 
 		 395 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1419  mechanosensitive ion channel family protein  47.1 
 
 		 395 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2436  mechanosensitive ion channel family protein  47.1 
 
 		 395 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1183  mechanosensitive ion channel family protein  47.1 
 
 		 395 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1910  mechanosensitive ion channel family protein  47.1 
 
 		 395 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593752  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3940  MscS Mechanosensitive ion channel  47.06 
 
 		 393 aa  261  1e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0755374 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5044  mechanosensitive ion channel protein  42.36 
 
 		 357 aa  260  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3749  Small-conductance mechanosensitive ion channel  48.74 
 
 		 380 aa  260  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175296  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0914  MscS mechanosensitive ion channel  47.06 
 
 		 411 aa  260  2e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2275  MscS mechanosensitive ion channel  49.22 
 
 		 376 aa  258  1e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.312032  normal  0.0129381 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4345  MscS mechanosensitive ion channel  42.96 
 
 		 361 aa  255  8e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1945  MscS Mechanosensitive ion channel  44.69 
 
 		 407 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415325  normal  0.454872 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2257  small-conductance mechanosensitive ion channel  44.32 
 
 		 407 aa  253  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0990371  normal  0.811141 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2062  MscS mechanosensitive ion channel  41.06 
 
 		 352 aa  253  4.0000000000000004e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1241  mechanosensitive ion channel family protein  47.51 
 
 		 362 aa  252  8.000000000000001e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0123912  normal  0.116476 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2539  MscS Mechanosensitive ion channel  49.8 
 
 		 360 aa  251  2e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.984511  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33880  small-conductance mechanosensitive channel  46.03 
 
 		 727 aa  251  2e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.415466  normal  0.49587 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3568  MscS Mechanosensitive ion channel  44.49 
 
 		 353 aa  249  7e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5188  MscS mechanosensitive ion channel  45.38 
 
 		 390 aa  248  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6191  MscS mechanosensitive ion channel  45.38 
 
 		 390 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.593763  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1911  MscS mechanosensitive ion channel  45.38 
 
 		 390 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801877 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1888  MscS mechanosensitive ion channel  45.38 
 
 		 390 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1797  MscS mechanosensitive ion channel  44.98 
 
 		 390 aa  245  9e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.986921 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1386  MscS mechanosensitive ion channel  45.38 
 
 		 391 aa  245  9e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.155035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0017  MscS Mechanosensitive ion channel  44.13 
 
 		 392 aa  245  9.999999999999999e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.305748 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0118  MscS Mechanosensitive ion channel  48.21 
 
 		 358 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.472344 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0838  MscS Mechanosensitive ion channel  38.34 
 
 		 374 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1825  MscS mechanosensitive ion channel  44.98 
 
 		 390 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0903923  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6267  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  45.74 
 
 		 365 aa  243  3e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1758  MscS mechanosensitive ion channel  42.75 
 
 		 399 aa  241  2e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.010572 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1046  MscS mechanosensitive ion channel  45.42 
 
 		 398 aa  241  2e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0247  hypothetical protein  45.49 
 
 		 361 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0178  MscS mechanosensitive ion channel  45.59 
 
 		 545 aa  235  7e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.760917 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0235  MscS mechanosensitive ion channel  41.95 
 
 		 368 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1771  MscS mechanosensitive ion channel  42.35 
 
 		 400 aa  228  8e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2263  MscS mechanosensitive ion channel  40.13 
 
 		 402 aa  227  3e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2310  MscS mechanosensitive ion channel  40.13 
 
 		 399 aa  227  3e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2302  MscS mechanosensitive ion channel  40.13 
 
 		 399 aa  227  3e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.47196 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6897  MscS mechanosensitive ion channel  40 
 
 		 492 aa  224  2e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5784  MscS mechanosensitive ion channel  44.53 
 
 		 394 aa  218  1e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2022  small-conductance mechanosensitive channel  38.55 
 
 		 379 aa  218  2e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6211  MscS Mechanosensitive ion channel  43.23 
 
 		 391 aa  216  4e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0636  MscS mechanosensitive ion channel  43.56 
 
 		 364 aa  216  7e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3015  MscS Mechanosensitive ion channel  39.13 
 
 		 379 aa  206  4e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.58232 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2161  MscS Mechanosensitive ion channel  36.72 
 
 		 365 aa  204  3e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.307461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1861  MscS Mechanosensitive ion channel  42.67 
 
 		 402 aa  202  9e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10518  MscS Mechanosensitive ion channel  33.63 
 
 		 591 aa  202  9.999999999999999e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.526339  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3570  MscS mechanosensitive ion channel  40.89 
 
 		 368 aa  199  5e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1203  MscS Mechanosensitive ion channel  49.11 
 
 		 372 aa  198  1.0000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.950573  normal  0.0307534 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1004  MscS mechanosensitive ion channel  29.19 
 
 		 648 aa  145  8.000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1262  MscS mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 627 aa  141  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.523793  normal  0.0747451 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0783  MscS mechanosensitive ion channel  30.13 
 
 		 571 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2527  MscS mechanosensitive ion channel  31.69 
 
 		 566 aa  110  5e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.131998  normal  0.145786 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2985  hypothetical protein  31.82 
 
 		 351 aa  100  4e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0299284  normal  0.0305677 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2331  MscS mechanosensitive ion channel  30.77 
 
 		 307 aa  97.4  4e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0340157  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0227  MscS mechanosensitive ion channel  29.38 
 
 		 268 aa  95.5  1e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1010  MscS mechanosensitive ion channel  29.17 
 
 		 308 aa  91.7  2e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.926579  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5898  MscS Mechanosensitive ion channel  31.93 
 
 		 268 aa  86.3  8e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.207523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 		 277 aa  72.8  0.000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2627  MscS mechanosensitive ion channel  24.36 
 
 		 278 aa  70.5  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.159228  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2942  MscS mechanosensitive ion channel  24.42 
 
 		 304 aa  70.5  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.176096  normal  0.766616 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10253  hypothetical protein  26.27 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00229932  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  27.33 
 
 		 279 aa  62.8  0.000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  26.14 
 
 		 360 aa  62.4  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0014  MscS Mechanosensitive ion channel  32.58 
 
 		 289 aa  62.8  0.00000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00500  MscS Mechanosensitive ion channel  28.17 
 
 		 334 aa  60.5  0.00000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2257  MscS mechanosensitive ion channel  31.09 
 
 		 1110 aa  60.1  0.00000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371999  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3934  hypothetical protein  29.11 
 
 		 1107 aa  59.7  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  23.49 
 
 		 806 aa  59.7  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04029  predicted mechanosensitive channel  27.85 
 
 		 1107 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.475668  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3831  MscS Mechanosensitive ion channel  27.85 
 
 		 1107 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.915765  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5675  hypothetical protein  27.85 
 
 		 1107 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00234961  normal  0.548719 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  26.88 
 
 		 276 aa  58.9  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0421  hypothetical protein  25.13 
 
 		 1115 aa  59.3  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.693078  hitchhiker  0.0000017841 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4630  hypothetical protein  27.85 
 
 		 1107 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.250026  normal  0.0442574 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0345  hypothetical protein  36.25 
 
 		 1103 aa  58.9  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.742298  unclonable  0.00000473028 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03991  hypothetical protein  27.85 
 
 		 1107 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.391275  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4401  hypothetical protein  27.85 
 
 		 1107 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.199255  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3851  hypothetical protein  27.85 
 
 		 1107 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00332968 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>