More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3905 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009956  Dshi_3905  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 373 aa  749    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2855  MscS mechanosensitive ion channel  51.15 
 
 		 374 aa  355  5e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154936 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1121  MscS mechanosensitive ion channel  50.3 
 
 		 374 aa  347  2e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3947  MscS Mechanosensitive ion channel  49.58 
 
 		 393 aa  342  8e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0285178  normal  0.460909 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3654  MscS mechanosensitive ion channel  51.04 
 
 		 393 aa  338  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3940  MscS Mechanosensitive ion channel  51.15 
 
 		 393 aa  331  1e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0755374 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3749  Small-conductance mechanosensitive ion channel  46.87 
 
 		 380 aa  326  4.0000000000000003e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175296  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0017  MscS Mechanosensitive ion channel  46.15 
 
 		 392 aa  313  2.9999999999999996e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.305748 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3703  MscS mechanosensitive ion channel  54.25 
 
 		 373 aa  310  2.9999999999999997e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0936689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0235  MscS mechanosensitive ion channel  49.38 
 
 		 368 aa  309  5.9999999999999995e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1009  small-conductance mechanosensitive channel  50.85 
 
 		 331 aa  302  7.000000000000001e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4345  MscS mechanosensitive ion channel  45.71 
 
 		 361 aa  294  1e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2160  mechanosensitive ion channel family protein  55.73 
 
 		 394 aa  292  8e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1419  mechanosensitive ion channel family protein  55.73 
 
 		 395 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1183  mechanosensitive ion channel family protein  55.73 
 
 		 395 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2436  mechanosensitive ion channel family protein  55.73 
 
 		 395 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2275  mechanosensitive ion channel family protein  55.73 
 
 		 395 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3394  mechanosensitive ion channel family protein  55.73 
 
 		 395 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1910  mechanosensitive ion channel family protein  55.73 
 
 		 395 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593752  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2314  mechanosensitive ion channel family protein  55.73 
 
 		 395 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5044  mechanosensitive ion channel protein  46.03 
 
 		 357 aa  291  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1933  MscS Mechanosensitive ion channel  44.97 
 
 		 358 aa  290  3e-77  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1911  MscS mechanosensitive ion channel  55.12 
 
 		 390 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801877 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6191  MscS mechanosensitive ion channel  55.12 
 
 		 390 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.593763  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1888  MscS mechanosensitive ion channel  55.12 
 
 		 390 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5188  MscS mechanosensitive ion channel  54.72 
 
 		 390 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2136  MscS Mechanosensitive ion channel  48.08 
 
 		 349 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0637665 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1825  MscS mechanosensitive ion channel  54.33 
 
 		 390 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0903923  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1386  MscS mechanosensitive ion channel  53.23 
 
 		 391 aa  281  2e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.155035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0292  hypothetical protein  42.44 
 
 		 360 aa  280  3e-74  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.40096  hitchhiker  0.00233312 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1797  MscS mechanosensitive ion channel  53.94 
 
 		 390 aa  280  3e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.986921 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1241  mechanosensitive ion channel family protein  51.74 
 
 		 362 aa  280  4e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0123912  normal  0.116476 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3568  MscS Mechanosensitive ion channel  43.94 
 
 		 353 aa  279  5e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1945  MscS Mechanosensitive ion channel  51.13 
 
 		 407 aa  278  1e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415325  normal  0.454872 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2257  small-conductance mechanosensitive ion channel  50.94 
 
 		 407 aa  277  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0990371  normal  0.811141 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02550  membrane protein  47.7 
 
 		 375 aa  270  2.9999999999999997e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.290793  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0785  MscS Mechanosensitive ion channel  49.25 
 
 		 395 aa  266  5.999999999999999e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0017606  normal  0.0299135 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2062  MscS mechanosensitive ion channel  47.97 
 
 		 352 aa  265  8.999999999999999e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2760  MscS Mechanosensitive ion channel  52.99 
 
 		 359 aa  263  4.999999999999999e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2275  MscS mechanosensitive ion channel  53.04 
 
 		 376 aa  262  6e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.312032  normal  0.0129381 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2268  MscS mechanosensitive ion channel  42.3 
 
 		 362 aa  261  1e-68  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.528739  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2114  MscS Mechanosensitive ion channel  38.59 
 
 		 361 aa  260  3e-68  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0838  MscS Mechanosensitive ion channel  44.82 
 
 		 374 aa  256  5e-67  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5934  MscS Mechanosensitive ion channel  47.01 
 
 		 378 aa  253  4.0000000000000004e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1861  MscS Mechanosensitive ion channel  43.73 
 
 		 402 aa  251  2e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0636  MscS mechanosensitive ion channel  49.19 
 
 		 364 aa  251  2e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3570  MscS mechanosensitive ion channel  47.84 
 
 		 368 aa  241  1e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0178  MscS mechanosensitive ion channel  43.27 
 
 		 545 aa  240  2e-62  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.760917 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0118  MscS Mechanosensitive ion channel  39.83 
 
 		 358 aa  241  2e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.472344 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2539  MscS Mechanosensitive ion channel  40.39 
 
 		 360 aa  241  2e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.984511  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3972  MscS Mechanosensitive ion channel  38.46 
 
 		 363 aa  238  9e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0682489  normal  0.528998 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6897  MscS mechanosensitive ion channel  41.16 
 
 		 492 aa  237  3e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0914  MscS mechanosensitive ion channel  38.76 
 
 		 411 aa  230  4e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1046  MscS mechanosensitive ion channel  41.16 
 
 		 398 aa  228  1e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6267  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  47.23 
 
 		 365 aa  227  2e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0415  small-conductance mechanosensitive channel  35.42 
 
 		 371 aa  226  4e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.344204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0247  hypothetical protein  38.83 
 
 		 361 aa  226  7e-58  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33880  small-conductance mechanosensitive channel  43.94 
 
 		 727 aa  222  9e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.415466  normal  0.49587 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6211  MscS Mechanosensitive ion channel  41.89 
 
 		 391 aa  217  2e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1758  MscS mechanosensitive ion channel  38.11 
 
 		 399 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.010572 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2310  MscS mechanosensitive ion channel  38.37 
 
 		 399 aa  211  2e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2302  MscS mechanosensitive ion channel  38.37 
 
 		 399 aa  211  2e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.47196 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2263  MscS mechanosensitive ion channel  38.37 
 
 		 402 aa  211  2e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1771  MscS mechanosensitive ion channel  39.2 
 
 		 400 aa  210  4e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2161  MscS Mechanosensitive ion channel  36 
 
 		 365 aa  210  4e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.307461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2022  small-conductance mechanosensitive channel  36.42 
 
 		 379 aa  209  5e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5784  MscS mechanosensitive ion channel  37.02 
 
 		 394 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3015  MscS Mechanosensitive ion channel  38.11 
 
 		 379 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.58232 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1203  MscS Mechanosensitive ion channel  41.2 
 
 		 372 aa  185  1.0000000000000001e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.950573  normal  0.0307534 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10518  MscS Mechanosensitive ion channel  31.94 
 
 		 591 aa  183  5.0000000000000004e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.526339  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1262  MscS mechanosensitive ion channel  32.34 
 
 		 627 aa  158  2e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.523793  normal  0.0747451 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1004  MscS mechanosensitive ion channel  28.85 
 
 		 648 aa  148  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0783  MscS mechanosensitive ion channel  27.41 
 
 		 571 aa  119  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2527  MscS mechanosensitive ion channel  29.37 
 
 		 566 aa  114  3e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.131998  normal  0.145786 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0227  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 268 aa  95.9  1e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1010  MscS mechanosensitive ion channel  26.36 
 
 		 308 aa  89.4  1e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.926579  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2985  hypothetical protein  27.36 
 
 		 351 aa  88.6  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0299284  normal  0.0305677 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2331  MscS mechanosensitive ion channel  26.87 
 
 		 307 aa  87.4  3e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0340157  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5898  MscS Mechanosensitive ion channel  36.07 
 
 		 268 aa  80.1  0.00000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.207523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4142  MscS mechanosensitive ion channel  24.81 
 
 		 384 aa  63.5  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.93898  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  29.41 
 
 		 341 aa  63.2  0.000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014249  Aazo_5329  mechanosensitive ion channel protein MscS  33.05 
 
 		 331 aa  62.8  0.000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2257  MscS mechanosensitive ion channel  35.44 
 
 		 1110 aa  62.4  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371999  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  26.82 
 
 		 281 aa  61.6  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  28.46 
 
 		 276 aa  61.6  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  30.09 
 
 		 637 aa  62  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0890  MscS mechanosensitive ion channel  38.24 
 
 		 330 aa  61.2  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000201965 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  24.84 
 
 		 806 aa  61.2  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0308  MscS mechanosensitive ion channel  26.09 
 
 		 459 aa  60.8  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  32.14 
 
 		 305 aa  60.8  0.00000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  30.71 
 
 		 322 aa  60.1  0.00000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0547  MscS mechanosensitive ion channel  32.14 
 
 		 305 aa  60.1  0.00000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.881892  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0663  MscS Mechanosensitive ion channel  29.66 
 
 		 336 aa  59.7  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10253  hypothetical protein  25.83 
 
 		 307 aa  59.3  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00229932  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  37.36 
 
 		 279 aa  58.9  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  25.3 
 
 		 276 aa  58.5  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0950  MscS mechanosensitive ion channel  28.82 
 
 		 787 aa  58.2  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67630  hypothetical protein  24.19 
 
 		 735 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5854  hypothetical protein  23.93 
 
 		 735 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0757  MscS mechanosensitive ion channel  27.56 
 
 		 479 aa  57.4  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>