More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3570 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3570  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 368 aa  733    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0636  MscS mechanosensitive ion channel  79.31 
 
 		 364 aa  498  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4345  MscS mechanosensitive ion channel  61.71 
 
 		 361 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2062  MscS mechanosensitive ion channel  63.32 
 
 		 352 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1945  MscS Mechanosensitive ion channel  55.72 
 
 		 407 aa  403  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415325  normal  0.454872 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2257  small-conductance mechanosensitive ion channel  56.93 
 
 		 407 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0990371  normal  0.811141 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1241  mechanosensitive ion channel family protein  60.24 
 
 		 362 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0123912  normal  0.116476 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3568  MscS Mechanosensitive ion channel  60.92 
 
 		 353 aa  400  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5044  mechanosensitive ion channel protein  60.76 
 
 		 357 aa  396  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2160  mechanosensitive ion channel family protein  53.16 
 
 		 394 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2275  MscS mechanosensitive ion channel  53.27 
 
 		 376 aa  351  8.999999999999999e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.312032  normal  0.0129381 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1825  MscS mechanosensitive ion channel  53.94 
 
 		 390 aa  349  6e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0903923  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1797  MscS mechanosensitive ion channel  53.63 
 
 		 390 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.986921 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3394  mechanosensitive ion channel family protein  53.1 
 
 		 395 aa  345  8e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1419  mechanosensitive ion channel family protein  53.1 
 
 		 395 aa  345  8e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2436  mechanosensitive ion channel family protein  53.1 
 
 		 395 aa  345  8e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2314  mechanosensitive ion channel family protein  53.1 
 
 		 395 aa  345  8e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1183  mechanosensitive ion channel family protein  53.1 
 
 		 395 aa  345  8e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1910  mechanosensitive ion channel family protein  53.1 
 
 		 395 aa  345  8e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593752  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2275  mechanosensitive ion channel family protein  51.59 
 
 		 395 aa  345  1e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1386  MscS mechanosensitive ion channel  53.09 
 
 		 391 aa  343  2e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.155035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6191  MscS mechanosensitive ion channel  53.63 
 
 		 390 aa  342  9e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.593763  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1911  MscS mechanosensitive ion channel  53.63 
 
 		 390 aa  342  9e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801877 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1888  MscS mechanosensitive ion channel  53.63 
 
 		 390 aa  342  9e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5188  MscS mechanosensitive ion channel  53.82 
 
 		 390 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0785  MscS Mechanosensitive ion channel  50 
 
 		 395 aa  309  5.9999999999999995e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0017606  normal  0.0299135 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02550  membrane protein  48.18 
 
 		 375 aa  308  1.0000000000000001e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.290793  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1009  small-conductance mechanosensitive channel  50.91 
 
 		 331 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1933  MscS Mechanosensitive ion channel  40.23 
 
 		 358 aa  254  2.0000000000000002e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2114  MscS Mechanosensitive ion channel  36.47 
 
 		 361 aa  253  3e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2136  MscS Mechanosensitive ion channel  44.53 
 
 		 349 aa  253  3e-66  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0637665 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3654  MscS mechanosensitive ion channel  41.03 
 
 		 393 aa  248  1e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3947  MscS Mechanosensitive ion channel  41.03 
 
 		 393 aa  248  2e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0285178  normal  0.460909 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2855  MscS mechanosensitive ion channel  44.84 
 
 		 374 aa  246  4e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154936 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3749  Small-conductance mechanosensitive ion channel  37.8 
 
 		 380 aa  246  4.9999999999999997e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175296  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1121  MscS mechanosensitive ion channel  49.57 
 
 		 374 aa  245  8e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0838  MscS Mechanosensitive ion channel  39.26 
 
 		 374 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3905  MscS mechanosensitive ion channel  49.15 
 
 		 373 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3940  MscS Mechanosensitive ion channel  48.93 
 
 		 393 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0755374 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2268  MscS mechanosensitive ion channel  39.69 
 
 		 362 aa  232  1e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.528739  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0914  MscS mechanosensitive ion channel  36.72 
 
 		 411 aa  230  3e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0292  hypothetical protein  37.05 
 
 		 360 aa  230  4e-59  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.40096  hitchhiker  0.00233312 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0415  small-conductance mechanosensitive channel  39.77 
 
 		 371 aa  229  6e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.344204  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33880  small-conductance mechanosensitive channel  42.86 
 
 		 727 aa  221  9.999999999999999e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.415466  normal  0.49587 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2539  MscS Mechanosensitive ion channel  36.53 
 
 		 360 aa  219  7.999999999999999e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.984511  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0235  MscS mechanosensitive ion channel  44.59 
 
 		 368 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6211  MscS Mechanosensitive ion channel  40.06 
 
 		 391 aa  216  4e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0178  MscS mechanosensitive ion channel  42.8 
 
 		 545 aa  214  9.999999999999999e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.760917 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3703  MscS mechanosensitive ion channel  42.74 
 
 		 373 aa  214  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0936689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0118  MscS Mechanosensitive ion channel  39.56 
 
 		 358 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.472344 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2161  MscS Mechanosensitive ion channel  36.95 
 
 		 365 aa  213  4.9999999999999996e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.307461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0247  hypothetical protein  37.59 
 
 		 361 aa  213  5.999999999999999e-54  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0017  MscS Mechanosensitive ion channel  34.37 
 
 		 392 aa  211  1e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.305748 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2760  MscS Mechanosensitive ion channel  36.36 
 
 		 359 aa  211  1e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5934  MscS Mechanosensitive ion channel  35.86 
 
 		 378 aa  206  4e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6897  MscS mechanosensitive ion channel  39.77 
 
 		 492 aa  206  5e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2310  MscS mechanosensitive ion channel  38.23 
 
 		 399 aa  206  6e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2302  MscS mechanosensitive ion channel  38.23 
 
 		 399 aa  206  6e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.47196 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2263  MscS mechanosensitive ion channel  38.38 
 
 		 402 aa  206  7e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3972  MscS Mechanosensitive ion channel  38.64 
 
 		 363 aa  204  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0682489  normal  0.528998 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1046  MscS mechanosensitive ion channel  36.64 
 
 		 398 aa  203  3e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6267  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  42.19 
 
 		 365 aa  203  4e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1758  MscS mechanosensitive ion channel  40.78 
 
 		 399 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.010572 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1771  MscS mechanosensitive ion channel  42.39 
 
 		 400 aa  196  6e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3015  MscS Mechanosensitive ion channel  33.83 
 
 		 379 aa  196  8.000000000000001e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.58232 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2022  small-conductance mechanosensitive channel  36.84 
 
 		 379 aa  194  2e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5784  MscS mechanosensitive ion channel  37.18 
 
 		 394 aa  191  2e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1861  MscS Mechanosensitive ion channel  38.4 
 
 		 402 aa  189  7e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1203  MscS Mechanosensitive ion channel  41.74 
 
 		 372 aa  172  6.999999999999999e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.950573  normal  0.0307534 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10518  MscS Mechanosensitive ion channel  33.07 
 
 		 591 aa  164  2.0000000000000002e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.526339  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1004  MscS mechanosensitive ion channel  31.27 
 
 		 648 aa  154  2e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1262  MscS mechanosensitive ion channel  32.58 
 
 		 627 aa  153  5.9999999999999996e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.523793  normal  0.0747451 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2527  MscS mechanosensitive ion channel  32.39 
 
 		 566 aa  102  8e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.131998  normal  0.145786 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2985  hypothetical protein  26.19 
 
 		 351 aa  102  9e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0299284  normal  0.0305677 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2331  MscS mechanosensitive ion channel  31.05 
 
 		 307 aa  99.8  6e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0340157  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0227  MscS mechanosensitive ion channel  28.7 
 
 		 268 aa  97.4  4e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0783  MscS mechanosensitive ion channel  26.75 
 
 		 571 aa  95.9  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1010  MscS mechanosensitive ion channel  29.73 
 
 		 308 aa  85.9  0.000000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.926579  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2627  MscS mechanosensitive ion channel  39.29 
 
 		 278 aa  81.3  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.159228  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5898  MscS Mechanosensitive ion channel  33.88 
 
 		 268 aa  80.5  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.207523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0308  MscS mechanosensitive ion channel  28.48 
 
 		 459 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4142  MscS mechanosensitive ion channel  27.15 
 
 		 384 aa  67.4  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.93898  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2422  MscS mechanosensitive ion channel  29.03 
 
 		 572 aa  65.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10253  hypothetical protein  27.61 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00229932  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1189  MscS Mechanosensitive ion channel  23.77 
 
 		 445 aa  63.5  0.000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2942  MscS mechanosensitive ion channel  27.34 
 
 		 304 aa  63.2  0.000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.176096  normal  0.766616 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  25.46 
 
 		 341 aa  62.8  0.000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2989  Ricin B lectin  30.53 
 
 		 474 aa  62.4  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000129425 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1076  MscS mechanosensitive ion channel  28.87 
 
 		 378 aa  62.4  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.119695  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  26.74 
 
 		 277 aa  60.8  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0102  MscS mechanosensitive ion channel  28.27 
 
 		 537 aa  60.5  0.00000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.102568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5759  potassium efflux protein KefA  30.12 
 
 		 1118 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.738971  n/a   
 
 
-
 
NC_014249  Aazo_5329  mechanosensitive ion channel protein MscS  31.09 
 
 		 331 aa  60.5  0.00000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66400  potassium efflux protein KefA  30.12 
 
 		 1118 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3168  MscS Mechanosensitive ion channel  27.5 
 
 		 311 aa  60.1  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0116515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0421  hypothetical protein  38.27 
 
 		 1115 aa  60.1  0.00000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.693078  hitchhiker  0.0000017841 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2511  MscS mechanosensitive ion channel  23.95 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.399769  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1853  MscS mechanosensitive ion channel  32.71 
 
 		 290 aa  60.1  0.00000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0890  MscS mechanosensitive ion channel  32.73 
 
 		 330 aa  59.7  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000201965 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01752  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  30.84 
 
 		 328 aa  59.3  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.249612  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>