More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_3015 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_3015  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 
379 aa  761    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.58232 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2022  small-conductance mechanosensitive channel  54.62 
 
 
379 aa  418  9.999999999999999e-116  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6267  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  50 
 
 
365 aa  311  2e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0914  MscS mechanosensitive ion channel  46.15 
 
 
411 aa  254  1.0000000000000001e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1046  MscS mechanosensitive ion channel  37.71 
 
 
398 aa  243  6e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2302  MscS mechanosensitive ion channel  46.44 
 
 
399 aa  239  4e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.47196 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2263  MscS mechanosensitive ion channel  46.44 
 
 
402 aa  239  4e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2310  MscS mechanosensitive ion channel  46.44 
 
 
399 aa  239  4e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1771  MscS mechanosensitive ion channel  47.96 
 
 
400 aa  238  2e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1758  MscS mechanosensitive ion channel  47.23 
 
 
399 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.010572 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0178  MscS mechanosensitive ion channel  46.27 
 
 
545 aa  233  5e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.760917 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33880  small-conductance mechanosensitive channel  46.09 
 
 
727 aa  232  9e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.415466  normal  0.49587 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1009  small-conductance mechanosensitive channel  45.28 
 
 
331 aa  229  5e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0118  MscS Mechanosensitive ion channel  43.17 
 
 
358 aa  222  8e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.472344 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5784  MscS mechanosensitive ion channel  41.21 
 
 
394 aa  219  7e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2275  MscS mechanosensitive ion channel  40.56 
 
 
376 aa  218  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.312032  normal  0.0129381 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5188  MscS mechanosensitive ion channel  41.89 
 
 
390 aa  216  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2160  mechanosensitive ion channel family protein  41.64 
 
 
394 aa  216  4e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1933  MscS Mechanosensitive ion channel  36.34 
 
 
358 aa  216  4e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6191  MscS mechanosensitive ion channel  41.51 
 
 
390 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.593763  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1888  MscS mechanosensitive ion channel  41.51 
 
 
390 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1911  MscS mechanosensitive ion channel  41.51 
 
 
390 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00801877 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2314  mechanosensitive ion channel family protein  40.57 
 
 
395 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2275  mechanosensitive ion channel family protein  40.57 
 
 
395 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1419  mechanosensitive ion channel family protein  40.57 
 
 
395 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2436  mechanosensitive ion channel family protein  40.57 
 
 
395 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6897  MscS mechanosensitive ion channel  40.91 
 
 
492 aa  214  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587185  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1910  mechanosensitive ion channel family protein  40.57 
 
 
395 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593752  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3394  mechanosensitive ion channel family protein  40.57 
 
 
395 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1183  mechanosensitive ion channel family protein  40.57 
 
 
395 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2136  MscS Mechanosensitive ion channel  39.07 
 
 
349 aa  214  2.9999999999999995e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0637665 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5044  mechanosensitive ion channel protein  39.42 
 
 
357 aa  213  5.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0838  MscS Mechanosensitive ion channel  38.12 
 
 
374 aa  212  9e-54  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3568  MscS Mechanosensitive ion channel  37.72 
 
 
353 aa  211  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1386  MscS mechanosensitive ion channel  41.29 
 
 
391 aa  211  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.155035  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1797  MscS mechanosensitive ion channel  40.75 
 
 
390 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.986921 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1945  MscS Mechanosensitive ion channel  37.38 
 
 
407 aa  211  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415325  normal  0.454872 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2257  small-conductance mechanosensitive ion channel  38.97 
 
 
407 aa  209  5e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0990371  normal  0.811141 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0415  small-conductance mechanosensitive channel  34.07 
 
 
371 aa  209  5e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.344204  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1825  MscS mechanosensitive ion channel  40.38 
 
 
390 aa  209  8e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0903923  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5934  MscS Mechanosensitive ion channel  37.93 
 
 
378 aa  208  1e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4345  MscS mechanosensitive ion channel  38.05 
 
 
361 aa  207  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2760  MscS Mechanosensitive ion channel  36.96 
 
 
359 aa  206  4e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2114  MscS Mechanosensitive ion channel  38.55 
 
 
361 aa  206  7e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6211  MscS Mechanosensitive ion channel  44.95 
 
 
391 aa  205  1e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0292  hypothetical protein  36.56 
 
 
360 aa  203  5e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.40096  hitchhiker  0.00233312 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2062  MscS mechanosensitive ion channel  39.16 
 
 
352 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02550  membrane protein  36.45 
 
 
375 aa  199  6e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.290793  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1241  mechanosensitive ion channel family protein  38.27 
 
 
362 aa  199  7e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0123912  normal  0.116476 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3654  MscS mechanosensitive ion channel  34.42 
 
 
393 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3947  MscS Mechanosensitive ion channel  34.72 
 
 
393 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0285178  normal  0.460909 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2855  MscS mechanosensitive ion channel  35.9 
 
 
374 aa  197  3e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.154936 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3940  MscS Mechanosensitive ion channel  36.63 
 
 
393 aa  197  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0755374 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3905  MscS mechanosensitive ion channel  41.3 
 
 
373 aa  197  3e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2161  MscS Mechanosensitive ion channel  35.22 
 
 
365 aa  196  8.000000000000001e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.307461  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0785  MscS Mechanosensitive ion channel  36.84 
 
 
395 aa  195  9e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0017606  normal  0.0299135 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2268  MscS mechanosensitive ion channel  36.88 
 
 
362 aa  192  7e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.528739  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1121  MscS mechanosensitive ion channel  31.82 
 
 
374 aa  191  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3749  Small-conductance mechanosensitive ion channel  42.08 
 
 
380 aa  189  8e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175296  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0636  MscS mechanosensitive ion channel  41.07 
 
 
364 aa  187  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0017  MscS Mechanosensitive ion channel  32.1 
 
 
392 aa  186  7e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.305748 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3972  MscS Mechanosensitive ion channel  37.69 
 
 
363 aa  180  4e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0682489  normal  0.528998 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3570  MscS mechanosensitive ion channel  39.73 
 
 
368 aa  180  4e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0247  hypothetical protein  39.35 
 
 
361 aa  175  9.999999999999999e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2539  MscS Mechanosensitive ion channel  37.66 
 
 
360 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.984511  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1861  MscS Mechanosensitive ion channel  32.01 
 
 
402 aa  173  5e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1203  MscS Mechanosensitive ion channel  44.4 
 
 
372 aa  171  2e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.950573  normal  0.0307534 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0235  MscS mechanosensitive ion channel  36.86 
 
 
368 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3703  MscS mechanosensitive ion channel  36.2 
 
 
373 aa  160  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0936689  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10518  MscS Mechanosensitive ion channel  26.7 
 
 
591 aa  152  1e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.526339  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1004  MscS mechanosensitive ion channel  32.48 
 
 
648 aa  134  3e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1262  MscS mechanosensitive ion channel  30.91 
 
 
627 aa  127  3e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.523793  normal  0.0747451 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0783  MscS mechanosensitive ion channel  26.14 
 
 
571 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2527  MscS mechanosensitive ion channel  25.89 
 
 
566 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.131998  normal  0.145786 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2985  hypothetical protein  33.33 
 
 
351 aa  101  2e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0299284  normal  0.0305677 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2331  MscS mechanosensitive ion channel  33.55 
 
 
307 aa  97.1  5e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0340157  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1010  MscS mechanosensitive ion channel  28.99 
 
 
308 aa  82.8  0.000000000000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.926579  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5898  MscS Mechanosensitive ion channel  38.02 
 
 
268 aa  82  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.207523  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0227  MscS mechanosensitive ion channel  27.81 
 
 
268 aa  78.6  0.0000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2627  MscS mechanosensitive ion channel  27.78 
 
 
278 aa  72.8  0.000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.159228  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0014  MscS Mechanosensitive ion channel  25.9 
 
 
289 aa  69.3  0.00000000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0427  MscS mechanosensitive ion channel  29 
 
 
288 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0918944  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1647  MscS Mechanosensitive ion channel  31.21 
 
 
429 aa  67.4  0.0000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  30.95 
 
 
400 aa  67.4  0.0000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1093  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 
389 aa  66.6  0.0000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.464677  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5311  MscS mechanosensitive ion channel  30.13 
 
 
858 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021896 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2942  MscS mechanosensitive ion channel  27.33 
 
 
304 aa  65.5  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.176096  normal  0.766616 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3550  MscS Mechanosensitive ion channel  27.16 
 
 
294 aa  64.7  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  24.42 
 
 
283 aa  64.7  0.000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  35 
 
 
806 aa  65.5  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0476  MscS mechanosensitive ion channel  34.62 
 
 
279 aa  64.7  0.000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.139506  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  27.81 
 
 
279 aa  64.3  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5420  MscS Mechanosensitive ion channel  27.49 
 
 
889 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1770  MscS mechanosensitive ion channel  28.93 
 
 
406 aa  63.5  0.000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1186  MscS mechanosensitive ion channel  35.63 
 
 
256 aa  62.4  0.00000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.757811 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  32 
 
 
322 aa  62.8  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1247  MscS Mechanosensitive ion channel  24.89 
 
 
370 aa  62  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0082  MscS mechanosensitive ion channel  25.37 
 
 
303 aa  62.4  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0423997  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  31.25 
 
 
393 aa  62.4  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3797  MscS mechanosensitive ion channel  25 
 
 
871 aa  62  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198076  normal  0.260408 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>