More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1945 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007951  Bxe_A2257  small-conductance mechanosensitive ion channel  94.59 
 
 		 407 aa  763    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0990371  normal  0.811141 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1945  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 407 aa  806    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415325  normal  0.454872 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1386  MscS mechanosensitive ion channel  69.41 
 
 		 391 aa  525  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.155035  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1419  mechanosensitive ion channel family protein  73.22 
 
 		 395 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2436  mechanosensitive ion channel family protein  73.22 
 
 		 395 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2314  mechanosensitive ion channel family protein  73.22 
 
 		 395 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2160  mechanosensitive ion channel family protein  74.07 
 
 		 394 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3394  mechanosensitive ion channel family protein  73.22 
 
 		 395 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1183  mechanosensitive ion channel family protein  73.22 
 
 		 395 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2275  mechanosensitive ion channel family protein  73.22 
 
 		 395 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1910  mechanosensitive ion channel family protein  73.22 
 
 		 395 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593752  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1825  MscS mechanosensitive ion channel  71.88 
 
 		 390 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0903923  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1797  MscS mechanosensitive ion channel  71.59 
 
 		 390 aa  503  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.986921 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6191  MscS mechanosensitive ion channel  72.16 
 
 		 390 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.593763  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1888  MscS mechanosensitive ion channel  72.16 
 
 		 390 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1911  MscS mechanosensitive ion channel  72.16 
 
 		 390 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801877 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5188  MscS mechanosensitive ion channel  72.16 
 
 		 390 aa  487  1e-136  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4345  MscS mechanosensitive ion channel  55.85 
 
 		 361 aa  394  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3568  MscS Mechanosensitive ion channel  55.36 
 
 		 353 aa  384  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1241  mechanosensitive ion channel family protein  59.75 
 
 		 362 aa  382  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0123912  normal  0.116476 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5044  mechanosensitive ion channel protein  53.18 
 
 		 357 aa  382  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0636  MscS mechanosensitive ion channel  59.38 
 
 		 364 aa  379  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2062  MscS mechanosensitive ion channel  56.29 
 
 		 352 aa  369  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3570  MscS mechanosensitive ion channel  55.72 
 
 		 368 aa  363  3e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2275  MscS mechanosensitive ion channel  54.49 
 
 		 376 aa  360  3e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.312032  normal  0.0129381 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02550  membrane protein  52 
 
 		 375 aa  322  8e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.290793  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0785  MscS Mechanosensitive ion channel  56.47 
 
 		 395 aa  315  9.999999999999999e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0017606  normal  0.0299135 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1009  small-conductance mechanosensitive channel  55.68 
 
 		 331 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1933  MscS Mechanosensitive ion channel  52.81 
 
 		 358 aa  295  1e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2136  MscS Mechanosensitive ion channel  52.65 
 
 		 349 aa  289  7e-77  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0637665 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2855  MscS mechanosensitive ion channel  46.49 
 
 		 374 aa  283  6.000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154936 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3905  MscS mechanosensitive ion channel  51.94 
 
 		 373 aa  276  5e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2114  MscS Mechanosensitive ion channel  48.55 
 
 		 361 aa  276  7e-73  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2268  MscS mechanosensitive ion channel  48.01 
 
 		 362 aa  272  7e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.528739  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0838  MscS Mechanosensitive ion channel  49.64 
 
 		 374 aa  269  7e-71  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3749  Small-conductance mechanosensitive ion channel  42.18 
 
 		 380 aa  266  5.999999999999999e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175296  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1121  MscS mechanosensitive ion channel  43.32 
 
 		 374 aa  263  3e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0415  small-conductance mechanosensitive channel  46.09 
 
 		 371 aa  258  9e-68  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.344204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3940  MscS Mechanosensitive ion channel  50 
 
 		 393 aa  258  1e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0755374 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0292  hypothetical protein  41.12 
 
 		 360 aa  258  2e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.40096  hitchhiker  0.00233312 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3654  MscS mechanosensitive ion channel  45.67 
 
 		 393 aa  258  2e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3947  MscS Mechanosensitive ion channel  50 
 
 		 393 aa  256  5e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0285178  normal  0.460909 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2760  MscS Mechanosensitive ion channel  44.69 
 
 		 359 aa  253  3e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0235  MscS mechanosensitive ion channel  53.25 
 
 		 368 aa  247  3e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3972  MscS Mechanosensitive ion channel  42.43 
 
 		 363 aa  246  6.999999999999999e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0682489  normal  0.528998 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2539  MscS Mechanosensitive ion channel  46.15 
 
 		 360 aa  246  6.999999999999999e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.984511  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33880  small-conductance mechanosensitive channel  45.96 
 
 		 727 aa  245  8e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.415466  normal  0.49587 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6267  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  47.08 
 
 		 365 aa  243  5e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0247  hypothetical protein  43.82 
 
 		 361 aa  238  2e-61  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3703  MscS mechanosensitive ion channel  48.73 
 
 		 373 aa  237  3e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0936689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0914  MscS mechanosensitive ion channel  45.53 
 
 		 411 aa  236  5.0000000000000005e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0118  MscS Mechanosensitive ion channel  45.77 
 
 		 358 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.472344 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1046  MscS mechanosensitive ion channel  44.07 
 
 		 398 aa  235  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0017  MscS Mechanosensitive ion channel  49.34 
 
 		 392 aa  235  1.0000000000000001e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.305748 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5934  MscS Mechanosensitive ion channel  36.13 
 
 		 378 aa  228  1e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2022  small-conductance mechanosensitive channel  34.46 
 
 		 379 aa  226  4e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1771  MscS mechanosensitive ion channel  44 
 
 		 400 aa  226  5.0000000000000005e-58  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0178  MscS mechanosensitive ion channel  45.95 
 
 		 545 aa  225  9e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.760917 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1758  MscS mechanosensitive ion channel  43.71 
 
 		 399 aa  225  1e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.010572 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6897  MscS mechanosensitive ion channel  42.32 
 
 		 492 aa  219  8.999999999999998e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2302  MscS mechanosensitive ion channel  42.86 
 
 		 399 aa  219  1e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.47196 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2263  MscS mechanosensitive ion channel  42.86 
 
 		 402 aa  218  1e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2310  MscS mechanosensitive ion channel  42.86 
 
 		 399 aa  219  1e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6211  MscS Mechanosensitive ion channel  43.69 
 
 		 391 aa  217  2.9999999999999998e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1861  MscS Mechanosensitive ion channel  41.5 
 
 		 402 aa  210  4e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3015  MscS Mechanosensitive ion channel  39.77 
 
 		 379 aa  209  6e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.58232 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2161  MscS Mechanosensitive ion channel  46.96 
 
 		 365 aa  207  2e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.307461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5784  MscS mechanosensitive ion channel  45.32 
 
 		 394 aa  206  7e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10518  MscS Mechanosensitive ion channel  34.41 
 
 		 591 aa  200  5e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.526339  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1203  MscS Mechanosensitive ion channel  49.34 
 
 		 372 aa  184  3e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.950573  normal  0.0307534 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1004  MscS mechanosensitive ion channel  34.25 
 
 		 648 aa  169  7e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1262  MscS mechanosensitive ion channel  33.98 
 
 		 627 aa  163  4.0000000000000004e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.523793  normal  0.0747451 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0783  MscS mechanosensitive ion channel  30.74 
 
 		 571 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2527  MscS mechanosensitive ion channel  30.71 
 
 		 566 aa  110  6e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.131998  normal  0.145786 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2331  MscS mechanosensitive ion channel  38.02 
 
 		 307 aa  95.1  2e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0340157  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0227  MscS mechanosensitive ion channel  27.54 
 
 		 268 aa  95.1  2e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2985  hypothetical protein  33.86 
 
 		 351 aa  87.4  4e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0299284  normal  0.0305677 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1010  MscS mechanosensitive ion channel  25.89 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.926579  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5898  MscS Mechanosensitive ion channel  34.71 
 
 		 268 aa  79.7  0.00000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.207523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2942  MscS mechanosensitive ion channel  25.89 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.176096  normal  0.766616 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2627  MscS mechanosensitive ion channel  33.96 
 
 		 278 aa  72.4  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.159228  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  27.67 
 
 		 305 aa  68.6  0.0000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0014  MscS Mechanosensitive ion channel  24.62 
 
 		 289 aa  65.9  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  30.48 
 
 		 341 aa  64.7  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  29.1 
 
 		 322 aa  63.5  0.000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  25.49 
 
 		 286 aa  63.5  0.000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0890  MscS mechanosensitive ion channel  30.91 
 
 		 330 aa  62.8  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000201965 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0547  MscS mechanosensitive ion channel  27.31 
 
 		 305 aa  62.4  0.00000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.881892  n/a   
 
 
-
 
NC_014249  Aazo_5329  mechanosensitive ion channel protein MscS  31.82 
 
 		 331 aa  61.6  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  30.17 
 
 		 806 aa  61.2  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10253  hypothetical protein  22.22 
 
 		 307 aa  60.8  0.00000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00229932  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0345  hypothetical protein  33.01 
 
 		 1103 aa  59.7  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.742298  unclonable  0.00000473028 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2989  Ricin B lectin  30 
 
 		 474 aa  59.3  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000129425 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0663  MscS Mechanosensitive ion channel  30.91 
 
 		 336 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  22.86 
 
 		 864 aa  58.9  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  26.03 
 
 		 275 aa  58.9  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2257  MscS mechanosensitive ion channel  37.21 
 
 		 1110 aa  58.2  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371999  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0308  MscS mechanosensitive ion channel  24.35 
 
 		 459 aa  58.2  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  30.68 
 
 		 279 aa  58.2  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1320  MscS Mechanosensitive ion channel  30.43 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.23225 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>