More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0415 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_0415  small-conductance mechanosensitive channel  100 
 
 		 371 aa  748    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.344204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2136  MscS Mechanosensitive ion channel  46.69 
 
 		 349 aa  278  1e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0637665 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2160  mechanosensitive ion channel family protein  48.22 
 
 		 394 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2114  MscS Mechanosensitive ion channel  40.06 
 
 		 361 aa  274  1.0000000000000001e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2275  mechanosensitive ion channel family protein  47.83 
 
 		 395 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1419  mechanosensitive ion channel family protein  47.83 
 
 		 395 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2436  mechanosensitive ion channel family protein  47.83 
 
 		 395 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1183  mechanosensitive ion channel family protein  47.83 
 
 		 395 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2314  mechanosensitive ion channel family protein  47.83 
 
 		 395 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3394  mechanosensitive ion channel family protein  47.83 
 
 		 395 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1910  mechanosensitive ion channel family protein  47.83 
 
 		 395 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593752  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2062  MscS mechanosensitive ion channel  47.39 
 
 		 352 aa  270  4e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02550  membrane protein  38.3 
 
 		 375 aa  268  2e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.290793  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1009  small-conductance mechanosensitive channel  42.43 
 
 		 331 aa  264  2e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1386  MscS mechanosensitive ion channel  43.97 
 
 		 391 aa  263  4e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.155035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1933  MscS Mechanosensitive ion channel  44.49 
 
 		 358 aa  262  6e-69  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2760  MscS Mechanosensitive ion channel  42.81 
 
 		 359 aa  262  8e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2268  MscS mechanosensitive ion channel  46.4 
 
 		 362 aa  262  8.999999999999999e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.528739  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3972  MscS Mechanosensitive ion channel  41.67 
 
 		 363 aa  261  1e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0682489  normal  0.528998 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0914  MscS mechanosensitive ion channel  41.96 
 
 		 411 aa  259  4e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1797  MscS mechanosensitive ion channel  44.03 
 
 		 390 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.986921 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1911  MscS mechanosensitive ion channel  44.03 
 
 		 390 aa  259  7e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801877 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5188  MscS mechanosensitive ion channel  44.78 
 
 		 390 aa  259  7e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6191  MscS mechanosensitive ion channel  44.03 
 
 		 390 aa  259  7e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.593763  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1888  MscS mechanosensitive ion channel  44.03 
 
 		 390 aa  259  7e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1945  MscS Mechanosensitive ion channel  46.09 
 
 		 407 aa  258  8e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415325  normal  0.454872 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3568  MscS Mechanosensitive ion channel  43.66 
 
 		 353 aa  258  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0292  hypothetical protein  38.38 
 
 		 360 aa  257  2e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.40096  hitchhiker  0.00233312 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1825  MscS mechanosensitive ion channel  43.66 
 
 		 390 aa  257  2e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0903923  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2257  small-conductance mechanosensitive ion channel  46.22 
 
 		 407 aa  256  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0990371  normal  0.811141 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0785  MscS Mechanosensitive ion channel  38.51 
 
 		 395 aa  254  2.0000000000000002e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0017606  normal  0.0299135 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2539  MscS Mechanosensitive ion channel  40.55 
 
 		 360 aa  253  3e-66  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.984511  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5044  mechanosensitive ion channel protein  42.8 
 
 		 357 aa  250  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2275  MscS mechanosensitive ion channel  46.94 
 
 		 376 aa  249  4e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.312032  normal  0.0129381 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3749  Small-conductance mechanosensitive ion channel  38.53 
 
 		 380 aa  248  1e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175296  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1241  mechanosensitive ion channel family protein  38.8 
 
 		 362 aa  247  2e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0123912  normal  0.116476 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4345  MscS mechanosensitive ion channel  39.93 
 
 		 361 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2855  MscS mechanosensitive ion channel  39.64 
 
 		 374 aa  240  2.9999999999999997e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154936 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1121  MscS mechanosensitive ion channel  37.17 
 
 		 374 aa  238  1e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5934  MscS Mechanosensitive ion channel  35.9 
 
 		 378 aa  237  2e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0118  MscS Mechanosensitive ion channel  41.7 
 
 		 358 aa  238  2e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.472344 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3940  MscS Mechanosensitive ion channel  44.49 
 
 		 393 aa  237  2e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0755374 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3654  MscS mechanosensitive ion channel  44.49 
 
 		 393 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33880  small-conductance mechanosensitive channel  39.45 
 
 		 727 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.415466  normal  0.49587 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3947  MscS Mechanosensitive ion channel  44.49 
 
 		 393 aa  232  6e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0285178  normal  0.460909 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0017  MscS Mechanosensitive ion channel  34.67 
 
 		 392 aa  229  4e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.305748 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0247  hypothetical protein  44 
 
 		 361 aa  229  7e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6267  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  42.61 
 
 		 365 aa  228  1e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0636  MscS mechanosensitive ion channel  43.78 
 
 		 364 aa  227  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3703  MscS mechanosensitive ion channel  42.16 
 
 		 373 aa  227  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0936689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1046  MscS mechanosensitive ion channel  39.51 
 
 		 398 aa  224  2e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5784  MscS mechanosensitive ion channel  37.57 
 
 		 394 aa  223  3e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0178  MscS mechanosensitive ion channel  42.75 
 
 		 545 aa  223  6e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.760917 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1758  MscS mechanosensitive ion channel  38.38 
 
 		 399 aa  222  9.999999999999999e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.010572 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0838  MscS Mechanosensitive ion channel  40.82 
 
 		 374 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0235  MscS mechanosensitive ion channel  44.54 
 
 		 368 aa  220  3e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1771  MscS mechanosensitive ion channel  42.31 
 
 		 400 aa  218  1e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3570  MscS mechanosensitive ion channel  42.68 
 
 		 368 aa  218  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3905  MscS mechanosensitive ion channel  37.1 
 
 		 373 aa  218  2e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2302  MscS mechanosensitive ion channel  35.91 
 
 		 399 aa  216  5.9999999999999996e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.47196 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2310  MscS mechanosensitive ion channel  35.91 
 
 		 399 aa  216  5.9999999999999996e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2263  MscS mechanosensitive ion channel  35.91 
 
 		 402 aa  216  7e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2161  MscS Mechanosensitive ion channel  41.04 
 
 		 365 aa  214  1.9999999999999998e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.307461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6897  MscS mechanosensitive ion channel  37.91 
 
 		 492 aa  212  7e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6211  MscS Mechanosensitive ion channel  45.28 
 
 		 391 aa  211  1e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3015  MscS Mechanosensitive ion channel  34.07 
 
 		 379 aa  209  5e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.58232 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2022  small-conductance mechanosensitive channel  37.21 
 
 		 379 aa  193  4e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1203  MscS Mechanosensitive ion channel  43.28 
 
 		 372 aa  189  7e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.950573  normal  0.0307534 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1861  MscS Mechanosensitive ion channel  35.71 
 
 		 402 aa  184  2.0000000000000003e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10518  MscS Mechanosensitive ion channel  36.04 
 
 		 591 aa  182  6e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.526339  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1004  MscS mechanosensitive ion channel  29.44 
 
 		 648 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1262  MscS mechanosensitive ion channel  31.97 
 
 		 627 aa  149  6e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.523793  normal  0.0747451 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0783  MscS mechanosensitive ion channel  26.62 
 
 		 571 aa  109  8.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2527  MscS mechanosensitive ion channel  31.16 
 
 		 566 aa  107  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.131998  normal  0.145786 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2331  MscS mechanosensitive ion channel  29.63 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0340157  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2985  hypothetical protein  34.44 
 
 		 351 aa  103  6e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0299284  normal  0.0305677 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0227  MscS mechanosensitive ion channel  28.24 
 
 		 268 aa  100  6e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1010  MscS mechanosensitive ion channel  28.17 
 
 		 308 aa  86.7  5e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.926579  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2942  MscS mechanosensitive ion channel  31.28 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.176096  normal  0.766616 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5898  MscS Mechanosensitive ion channel  33.61 
 
 		 268 aa  81.3  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.207523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3392  MscS Mechanosensitive ion channel  24.29 
 
 		 833 aa  69.7  0.00000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0042  MscS Mechanosensitive ion channel  32.32 
 
 		 375 aa  69.7  0.00000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.634821  normal  0.103785 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0104  MscS mechanosensitive ion channel  34.11 
 
 		 278 aa  68.6  0.0000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00989653  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  29.57 
 
 		 341 aa  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  26.06 
 
 		 322 aa  64.3  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  26.63 
 
 		 274 aa  64.3  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10253  hypothetical protein  29.85 
 
 		 307 aa  64.3  0.000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00229932  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  28.29 
 
 		 276 aa  63.5  0.000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 279 aa  63.2  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2627  MscS mechanosensitive ion channel  26.58 
 
 		 278 aa  63.5  0.000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.159228  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  39.81 
 
 		 551 aa  62.8  0.000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  39.81 
 
 		 550 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0561  MscS mechanosensitive ion channel  39.81 
 
 		 551 aa  62.8  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  34.86 
 
 		 540 aa  61.6  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2052  MscS Mechanosensitive ion channel  24.64 
 
 		 810 aa  60.8  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014249  Aazo_5329  mechanosensitive ion channel protein MscS  30.83 
 
 		 331 aa  60.5  0.00000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1411  MscS Mechanosensitive ion channel  28.1 
 
 		 373 aa  60.8  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  26.14 
 
 		 362 aa  60.8  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  39.33 
 
 		 544 aa  60.5  0.00000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  26.56 
 
 		 413 aa  60.8  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>