More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3568 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3568  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 353 aa  707    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4345  MscS mechanosensitive ion channel  71.55 
 
 		 361 aa  513  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5044  mechanosensitive ion channel protein  71.85 
 
 		 357 aa  502  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2062  MscS mechanosensitive ion channel  64.65 
 
 		 352 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2257  small-conductance mechanosensitive ion channel  56.25 
 
 		 407 aa  394  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0990371  normal  0.811141 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1945  MscS Mechanosensitive ion channel  55.36 
 
 		 407 aa  391  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415325  normal  0.454872 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1241  mechanosensitive ion channel family protein  58.31 
 
 		 362 aa  385  1e-106  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0123912  normal  0.116476 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0636  MscS mechanosensitive ion channel  61.09 
 
 		 364 aa  372  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3570  MscS mechanosensitive ion channel  60.49 
 
 		 368 aa  363  2e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1386  MscS mechanosensitive ion channel  52.19 
 
 		 391 aa  361  9e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.155035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1825  MscS mechanosensitive ion channel  51.45 
 
 		 390 aa  360  2e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0903923  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1797  MscS mechanosensitive ion channel  51.16 
 
 		 390 aa  358  5e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.986921 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1911  MscS mechanosensitive ion channel  52.02 
 
 		 390 aa  358  6e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801877 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6191  MscS mechanosensitive ion channel  52.02 
 
 		 390 aa  358  6e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.593763  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1888  MscS mechanosensitive ion channel  52.02 
 
 		 390 aa  358  6e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1419  mechanosensitive ion channel family protein  52.82 
 
 		 395 aa  358  8e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2314  mechanosensitive ion channel family protein  52.82 
 
 		 395 aa  358  8e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2436  mechanosensitive ion channel family protein  52.82 
 
 		 395 aa  358  8e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3394  mechanosensitive ion channel family protein  52.82 
 
 		 395 aa  358  8e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1910  mechanosensitive ion channel family protein  52.82 
 
 		 395 aa  358  8e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593752  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1183  mechanosensitive ion channel family protein  52.82 
 
 		 395 aa  358  8e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2275  mechanosensitive ion channel family protein  53.82 
 
 		 395 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2160  mechanosensitive ion channel family protein  54.33 
 
 		 394 aa  353  2e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5188  MscS mechanosensitive ion channel  52.31 
 
 		 390 aa  351  8e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2275  MscS mechanosensitive ion channel  49.84 
 
 		 376 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.312032  normal  0.0129381 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0785  MscS Mechanosensitive ion channel  53.74 
 
 		 395 aa  324  2e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0017606  normal  0.0299135 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02550  membrane protein  51.56 
 
 		 375 aa  319  5e-86  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.290793  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3749  Small-conductance mechanosensitive ion channel  44.02 
 
 		 380 aa  299  5e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175296  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1009  small-conductance mechanosensitive channel  49.46 
 
 		 331 aa  290  2e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2855  MscS mechanosensitive ion channel  42.94 
 
 		 374 aa  279  7e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154936 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3905  MscS mechanosensitive ion channel  44.03 
 
 		 373 aa  278  1e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1933  MscS Mechanosensitive ion channel  48.53 
 
 		 358 aa  277  2e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0292  hypothetical protein  43.49 
 
 		 360 aa  273  3e-72  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.40096  hitchhiker  0.00233312 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2114  MscS Mechanosensitive ion channel  45.15 
 
 		 361 aa  272  5.000000000000001e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2136  MscS Mechanosensitive ion channel  46.21 
 
 		 349 aa  271  2e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0637665 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1121  MscS mechanosensitive ion channel  42.57 
 
 		 374 aa  270  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3947  MscS Mechanosensitive ion channel  45.87 
 
 		 393 aa  265  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0285178  normal  0.460909 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3654  MscS mechanosensitive ion channel  45.54 
 
 		 393 aa  265  1e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2268  MscS mechanosensitive ion channel  47.67 
 
 		 362 aa  263  3e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.528739  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3940  MscS Mechanosensitive ion channel  48.85 
 
 		 393 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0755374 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0415  small-conductance mechanosensitive channel  43.66 
 
 		 371 aa  258  1e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.344204  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0838  MscS Mechanosensitive ion channel  42.15 
 
 		 374 aa  257  3e-67  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33880  small-conductance mechanosensitive channel  52.54 
 
 		 727 aa  256  4e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.415466  normal  0.49587 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3703  MscS mechanosensitive ion channel  47.86 
 
 		 373 aa  255  9e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0936689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0914  MscS mechanosensitive ion channel  40.23 
 
 		 411 aa  254  2.0000000000000002e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2539  MscS Mechanosensitive ion channel  43 
 
 		 360 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.984511  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2760  MscS Mechanosensitive ion channel  44.49 
 
 		 359 aa  248  1e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0118  MscS Mechanosensitive ion channel  47.53 
 
 		 358 aa  247  2e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.472344 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0235  MscS mechanosensitive ion channel  41.98 
 
 		 368 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0247  hypothetical protein  42.32 
 
 		 361 aa  243  5e-63  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3972  MscS Mechanosensitive ion channel  52.32 
 
 		 363 aa  242  7e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0682489  normal  0.528998 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6897  MscS mechanosensitive ion channel  44.97 
 
 		 492 aa  241  9e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5934  MscS Mechanosensitive ion channel  37.84 
 
 		 378 aa  241  2e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1046  MscS mechanosensitive ion channel  40.06 
 
 		 398 aa  241  2e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0178  MscS mechanosensitive ion channel  46.27 
 
 		 545 aa  237  2e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.760917 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2302  MscS mechanosensitive ion channel  40.47 
 
 		 399 aa  234  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.47196 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2310  MscS mechanosensitive ion channel  40.47 
 
 		 399 aa  234  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2263  MscS mechanosensitive ion channel  40.47 
 
 		 402 aa  233  3e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0017  MscS Mechanosensitive ion channel  38.89 
 
 		 392 aa  227  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.305748 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2022  small-conductance mechanosensitive channel  37.39 
 
 		 379 aa  226  3e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1758  MscS mechanosensitive ion channel  41.61 
 
 		 399 aa  223  4.9999999999999996e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.010572 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6267  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  38.69 
 
 		 365 aa  223  6e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2161  MscS Mechanosensitive ion channel  37.54 
 
 		 365 aa  220  3e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.307461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5784  MscS mechanosensitive ion channel  40.13 
 
 		 394 aa  217  2e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6211  MscS Mechanosensitive ion channel  42.9 
 
 		 391 aa  216  4e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1771  MscS mechanosensitive ion channel  45.32 
 
 		 400 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3015  MscS Mechanosensitive ion channel  37.46 
 
 		 379 aa  211  2e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.58232 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1203  MscS Mechanosensitive ion channel  48.48 
 
 		 372 aa  201  9.999999999999999e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.950573  normal  0.0307534 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1861  MscS Mechanosensitive ion channel  39.19 
 
 		 402 aa  196  4.0000000000000005e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10518  MscS Mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 591 aa  174  1.9999999999999998e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.526339  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1262  MscS mechanosensitive ion channel  32.22 
 
 		 627 aa  162  6e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.523793  normal  0.0747451 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1004  MscS mechanosensitive ion channel  32.06 
 
 		 648 aa  160  4e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0783  MscS mechanosensitive ion channel  27.3 
 
 		 571 aa  118  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0227  MscS mechanosensitive ion channel  26.85 
 
 		 268 aa  93.6  5e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1010  MscS mechanosensitive ion channel  30.1 
 
 		 308 aa  90.9  3e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.926579  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2527  MscS mechanosensitive ion channel  33.12 
 
 		 566 aa  90.1  5e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.131998  normal  0.145786 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2331  MscS mechanosensitive ion channel  37.19 
 
 		 307 aa  89.4  9e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0340157  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2985  hypothetical protein  27.72 
 
 		 351 aa  87.4  4e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0299284  normal  0.0305677 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2627  MscS mechanosensitive ion channel  31.11 
 
 		 278 aa  76.3  0.0000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.159228  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5898  MscS Mechanosensitive ion channel  34.71 
 
 		 268 aa  72.8  0.000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.207523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  25.12 
 
 		 806 aa  67.4  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2942  MscS mechanosensitive ion channel  24.54 
 
 		 304 aa  67.8  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.176096  normal  0.766616 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0308  MscS mechanosensitive ion channel  26.72 
 
 		 459 aa  63.5  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  33.58 
 
 		 637 aa  62.8  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  28.33 
 
 		 843 aa  62.4  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1496  MscS Mechanosensitive ion channel  31.75 
 
 		 295 aa  61.2  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01752  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  27.27 
 
 		 328 aa  59.3  0.00000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.249612  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4521  MscS Mechanosensitive ion channel  31.93 
 
 		 291 aa  58.5  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.958869 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0102  MscS mechanosensitive ion channel  31.68 
 
 		 537 aa  58.2  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.102568  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  27.78 
 
 		 341 aa  58.2  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2989  Ricin B lectin  25.62 
 
 		 474 aa  58.5  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000129425 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2422  MscS mechanosensitive ion channel  28.81 
 
 		 572 aa  58.5  0.0000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  28.93 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0014  MscS Mechanosensitive ion channel  25.38 
 
 		 289 aa  58.2  0.0000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1853  MscS mechanosensitive ion channel  36.36 
 
 		 290 aa  57.8  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1729  MscS Mechanosensitive ion channel  27.97 
 
 		 272 aa  57.4  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.356127  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  30.51 
 
 		 279 aa  57.4  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  25.73 
 
 		 864 aa  57  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3910  hypothetical protein  28.18 
 
 		 301 aa  57  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0421  hypothetical protein  28.83 
 
 		 1115 aa  57  0.0000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.693078  hitchhiker  0.0000017841 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>