More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1009 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_1009  small-conductance mechanosensitive channel  100 
 
 		 331 aa  656    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2136  MscS Mechanosensitive ion channel  55.75 
 
 		 349 aa  342  7e-93  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0637665 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1933  MscS Mechanosensitive ion channel  54.01 
 
 		 358 aa  327  1.0000000000000001e-88  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02550  membrane protein  48.77 
 
 		 375 aa  315  7e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.290793  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2114  MscS Mechanosensitive ion channel  47.47 
 
 		 361 aa  311  7.999999999999999e-84  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2257  small-conductance mechanosensitive ion channel  56.06 
 
 		 407 aa  310  2e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0990371  normal  0.811141 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0292  hypothetical protein  48.63 
 
 		 360 aa  308  1.0000000000000001e-82  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.40096  hitchhiker  0.00233312 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0785  MscS Mechanosensitive ion channel  53.14 
 
 		 395 aa  305  7e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0017606  normal  0.0299135 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1945  MscS Mechanosensitive ion channel  55.68 
 
 		 407 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415325  normal  0.454872 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1386  MscS mechanosensitive ion channel  55.39 
 
 		 391 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.155035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2160  mechanosensitive ion channel family protein  54.41 
 
 		 394 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2275  mechanosensitive ion channel family protein  53.57 
 
 		 395 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1183  mechanosensitive ion channel family protein  54.24 
 
 		 395 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1419  mechanosensitive ion channel family protein  54.24 
 
 		 395 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1910  mechanosensitive ion channel family protein  54.24 
 
 		 395 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593752  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2436  mechanosensitive ion channel family protein  54.24 
 
 		 395 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2314  mechanosensitive ion channel family protein  54.24 
 
 		 395 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3394  mechanosensitive ion channel family protein  54.24 
 
 		 395 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2268  MscS mechanosensitive ion channel  53.1 
 
 		 362 aa  303  4.0000000000000003e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.528739  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1911  MscS mechanosensitive ion channel  54.74 
 
 		 390 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801877 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6191  MscS mechanosensitive ion channel  54.74 
 
 		 390 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.593763  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1888  MscS mechanosensitive ion channel  54.74 
 
 		 390 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1241  mechanosensitive ion channel family protein  53.87 
 
 		 362 aa  301  1e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0123912  normal  0.116476 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5188  MscS mechanosensitive ion channel  54.74 
 
 		 390 aa  301  1e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2275  MscS mechanosensitive ion channel  51.8 
 
 		 376 aa  300  2e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.312032  normal  0.0129381 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3905  MscS mechanosensitive ion channel  50.85 
 
 		 373 aa  300  3e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4345  MscS mechanosensitive ion channel  47.94 
 
 		 361 aa  299  4e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2062  MscS mechanosensitive ion channel  52.6 
 
 		 352 aa  298  1e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1825  MscS mechanosensitive ion channel  54.38 
 
 		 390 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0903923  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1797  MscS mechanosensitive ion channel  54.01 
 
 		 390 aa  296  3e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.986921 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5044  mechanosensitive ion channel protein  52.69 
 
 		 357 aa  292  4e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3568  MscS Mechanosensitive ion channel  49.46 
 
 		 353 aa  290  2e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0118  MscS Mechanosensitive ion channel  55.51 
 
 		 358 aa  290  3e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.472344 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2855  MscS mechanosensitive ion channel  48.42 
 
 		 374 aa  288  1e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154936 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2539  MscS Mechanosensitive ion channel  49.83 
 
 		 360 aa  286  4e-76  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.984511  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0636  MscS mechanosensitive ion channel  55.14 
 
 		 364 aa  278  8e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3940  MscS Mechanosensitive ion channel  49.63 
 
 		 393 aa  278  9e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0755374 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3654  MscS mechanosensitive ion channel  47.04 
 
 		 393 aa  277  2e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2760  MscS Mechanosensitive ion channel  48.63 
 
 		 359 aa  276  4e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3947  MscS Mechanosensitive ion channel  49.26 
 
 		 393 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0285178  normal  0.460909 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3749  Small-conductance mechanosensitive ion channel  47.57 
 
 		 380 aa  274  1.0000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175296  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33880  small-conductance mechanosensitive channel  53.1 
 
 		 727 aa  272  6e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.415466  normal  0.49587 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0838  MscS Mechanosensitive ion channel  46.01 
 
 		 374 aa  270  2e-71  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3570  MscS mechanosensitive ion channel  55 
 
 		 368 aa  270  2.9999999999999997e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0247  hypothetical protein  43.99 
 
 		 361 aa  266  4e-70  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1121  MscS mechanosensitive ion channel  47.71 
 
 		 374 aa  266  5e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0415  small-conductance mechanosensitive channel  42.43 
 
 		 371 aa  264  1e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.344204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0914  MscS mechanosensitive ion channel  48.45 
 
 		 411 aa  260  3e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3972  MscS Mechanosensitive ion channel  44.18 
 
 		 363 aa  259  6e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0682489  normal  0.528998 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0178  MscS mechanosensitive ion channel  52.49 
 
 		 545 aa  255  9e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.760917 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6267  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  49.03 
 
 		 365 aa  252  7e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0235  MscS mechanosensitive ion channel  48.51 
 
 		 368 aa  249  3e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1758  MscS mechanosensitive ion channel  50.18 
 
 		 399 aa  249  4e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.010572 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3703  MscS mechanosensitive ion channel  48.78 
 
 		 373 aa  249  5e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0936689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1771  MscS mechanosensitive ion channel  48.58 
 
 		 400 aa  246  4.9999999999999997e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1046  MscS mechanosensitive ion channel  47.57 
 
 		 398 aa  244  9.999999999999999e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5934  MscS Mechanosensitive ion channel  45.16 
 
 		 378 aa  244  1.9999999999999999e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6897  MscS mechanosensitive ion channel  52.49 
 
 		 492 aa  241  1e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0017  MscS Mechanosensitive ion channel  40.58 
 
 		 392 aa  239  2.9999999999999997e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.305748 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2022  small-conductance mechanosensitive channel  42.47 
 
 		 379 aa  235  8e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2302  MscS mechanosensitive ion channel  46.44 
 
 		 399 aa  232  5e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.47196 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2310  MscS mechanosensitive ion channel  46.44 
 
 		 399 aa  232  5e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2263  MscS mechanosensitive ion channel  46.44 
 
 		 402 aa  232  6e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3015  MscS Mechanosensitive ion channel  45.28 
 
 		 379 aa  229  5e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.58232 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5784  MscS mechanosensitive ion channel  48.31 
 
 		 394 aa  229  6e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6211  MscS Mechanosensitive ion channel  46.94 
 
 		 391 aa  227  2e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2161  MscS Mechanosensitive ion channel  44.62 
 
 		 365 aa  226  4e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.307461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1203  MscS Mechanosensitive ion channel  52.61 
 
 		 372 aa  207  3e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.950573  normal  0.0307534 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1861  MscS Mechanosensitive ion channel  37.1 
 
 		 402 aa  204  2e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10518  MscS Mechanosensitive ion channel  39.63 
 
 		 591 aa  186  5e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.526339  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1004  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 648 aa  162  5.0000000000000005e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1262  MscS mechanosensitive ion channel  31.53 
 
 		 627 aa  145  1e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.523793  normal  0.0747451 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0783  MscS mechanosensitive ion channel  30.41 
 
 		 571 aa  119  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2527  MscS mechanosensitive ion channel  28.95 
 
 		 566 aa  106  5e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.131998  normal  0.145786 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2331  MscS mechanosensitive ion channel  28.9 
 
 		 307 aa  106  6e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0340157  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2985  hypothetical protein  27.62 
 
 		 351 aa  97.4  3e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0299284  normal  0.0305677 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1010  MscS mechanosensitive ion channel  29.74 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.926579  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0227  MscS mechanosensitive ion channel  27.64 
 
 		 268 aa  91.7  2e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5898  MscS Mechanosensitive ion channel  35.56 
 
 		 268 aa  87.8  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.207523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2942  MscS mechanosensitive ion channel  24.24 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.176096  normal  0.766616 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2627  MscS mechanosensitive ion channel  32.81 
 
 		 278 aa  74.3  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.159228  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  26.13 
 
 		 322 aa  73.6  0.000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  25.29 
 
 		 806 aa  65.1  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  22.69 
 
 		 305 aa  65.1  0.000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0547  MscS mechanosensitive ion channel  22.69 
 
 		 305 aa  64.7  0.000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.881892  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  31.51 
 
 		 341 aa  63.9  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  34.44 
 
 		 637 aa  63.2  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1277  MscS mechanosensitive ion channel  30.3 
 
 		 718 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.175782  normal  0.44534 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2829  MscS mechanosensitive ion channel  24.83 
 
 		 294 aa  62  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10253  hypothetical protein  24.84 
 
 		 307 aa  61.6  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00229932  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2257  MscS mechanosensitive ion channel  36.36 
 
 		 1110 aa  61.6  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371999  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0499  mechanosensitive ion channel  32.39 
 
 		 321 aa  60.8  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.979826 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1320  MscS Mechanosensitive ion channel  28.1 
 
 		 300 aa  60.8  0.00000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.23225 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  24.61 
 
 		 276 aa  60.8  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1688  MscS mechanosensitive ion channel  29.11 
 
 		 719 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.265093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  34.12 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1062  MscS Mechanosensitive ion channel  28.66 
 
 		 310 aa  59.7  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.771269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 843 aa  59.3  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  28.68 
 
 		 550 aa  59.3  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  30.77 
 
 		 393 aa  58.5  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>