More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2275 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2275  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 376 aa  748    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.312032  normal  0.0129381 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1241  mechanosensitive ion channel family protein  57.76 
 
 		 362 aa  372  1e-102  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0123912  normal  0.116476 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1945  MscS Mechanosensitive ion channel  53.2 
 
 		 407 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415325  normal  0.454872 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2257  small-conductance mechanosensitive ion channel  53.93 
 
 		 407 aa  368  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0990371  normal  0.811141 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1797  MscS mechanosensitive ion channel  53.75 
 
 		 390 aa  347  1e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.986921 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1825  MscS mechanosensitive ion channel  53.45 
 
 		 390 aa  345  7e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0903923  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2160  mechanosensitive ion channel family protein  53.76 
 
 		 394 aa  342  4e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4345  MscS mechanosensitive ion channel  53.82 
 
 		 361 aa  342  9e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1911  MscS mechanosensitive ion channel  53.75 
 
 		 390 aa  341  2e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801877 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6191  MscS mechanosensitive ion channel  53.75 
 
 		 390 aa  341  2e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.593763  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1386  MscS mechanosensitive ion channel  51.97 
 
 		 391 aa  340  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.155035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1888  MscS mechanosensitive ion channel  53.75 
 
 		 390 aa  341  2e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2275  mechanosensitive ion channel family protein  61.62 
 
 		 395 aa  339  4e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1419  mechanosensitive ion channel family protein  61.62 
 
 		 395 aa  339  5e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2436  mechanosensitive ion channel family protein  61.62 
 
 		 395 aa  339  5e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1183  mechanosensitive ion channel family protein  61.62 
 
 		 395 aa  339  5e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5188  MscS mechanosensitive ion channel  55.76 
 
 		 390 aa  339  5e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3394  mechanosensitive ion channel family protein  61.62 
 
 		 395 aa  339  5e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2314  mechanosensitive ion channel family protein  61.62 
 
 		 395 aa  339  5e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1910  mechanosensitive ion channel family protein  61.62 
 
 		 395 aa  339  5e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593752  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2062  MscS mechanosensitive ion channel  54.17 
 
 		 352 aa  336  3.9999999999999995e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0636  MscS mechanosensitive ion channel  55.66 
 
 		 364 aa  328  1.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5044  mechanosensitive ion channel protein  53.05 
 
 		 357 aa  323  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02550  membrane protein  52.08 
 
 		 375 aa  322  5e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.290793  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0785  MscS Mechanosensitive ion channel  52.08 
 
 		 395 aa  321  9.999999999999999e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0017606  normal  0.0299135 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3568  MscS Mechanosensitive ion channel  48.69 
 
 		 353 aa  317  2e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3570  MscS mechanosensitive ion channel  50.98 
 
 		 368 aa  317  2e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1009  small-conductance mechanosensitive channel  51.8 
 
 		 331 aa  300  2e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2855  MscS mechanosensitive ion channel  44.25 
 
 		 374 aa  280  4e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154936 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0292  hypothetical protein  46.49 
 
 		 360 aa  272  8.000000000000001e-72  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.40096  hitchhiker  0.00233312 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2114  MscS Mechanosensitive ion channel  39.88 
 
 		 361 aa  271  1e-71  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2136  MscS Mechanosensitive ion channel  50.58 
 
 		 349 aa  270  4e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0637665 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1933  MscS Mechanosensitive ion channel  44.07 
 
 		 358 aa  270  4e-71  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3654  MscS mechanosensitive ion channel  45.09 
 
 		 393 aa  265  8e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1121  MscS mechanosensitive ion channel  42.78 
 
 		 374 aa  264  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3947  MscS Mechanosensitive ion channel  45.09 
 
 		 393 aa  264  2e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0285178  normal  0.460909 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2268  MscS mechanosensitive ion channel  44.93 
 
 		 362 aa  262  8e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.528739  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3905  MscS mechanosensitive ion channel  53.04 
 
 		 373 aa  262  8e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3940  MscS Mechanosensitive ion channel  43.05 
 
 		 393 aa  261  2e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0755374 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2760  MscS Mechanosensitive ion channel  49.22 
 
 		 359 aa  258  1e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3749  Small-conductance mechanosensitive ion channel  41.64 
 
 		 380 aa  256  4e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175296  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0838  MscS Mechanosensitive ion channel  43.67 
 
 		 374 aa  253  6e-66  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0415  small-conductance mechanosensitive channel  40.06 
 
 		 371 aa  251  1e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.344204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0914  MscS mechanosensitive ion channel  39.83 
 
 		 411 aa  248  2e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2539  MscS Mechanosensitive ion channel  41.72 
 
 		 360 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.984511  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33880  small-conductance mechanosensitive channel  44.71 
 
 		 727 aa  239  4e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.415466  normal  0.49587 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6267  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  47.97 
 
 		 365 aa  239  6.999999999999999e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0235  MscS mechanosensitive ion channel  50.63 
 
 		 368 aa  238  1e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3703  MscS mechanosensitive ion channel  46.99 
 
 		 373 aa  234  2.0000000000000002e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0936689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0118  MscS Mechanosensitive ion channel  46.07 
 
 		 358 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.472344 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0017  MscS Mechanosensitive ion channel  36.81 
 
 		 392 aa  230  3e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.305748 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3972  MscS Mechanosensitive ion channel  36.98 
 
 		 363 aa  230  4e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0682489  normal  0.528998 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0247  hypothetical protein  40 
 
 		 361 aa  229  5e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2302  MscS mechanosensitive ion channel  39.63 
 
 		 399 aa  224  3e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.47196 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2310  MscS mechanosensitive ion channel  39.63 
 
 		 399 aa  224  3e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2263  MscS mechanosensitive ion channel  39.63 
 
 		 402 aa  223  3e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5934  MscS Mechanosensitive ion channel  43.02 
 
 		 378 aa  222  9e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0178  MscS mechanosensitive ion channel  45.35 
 
 		 545 aa  222  9e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.760917 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6897  MscS mechanosensitive ion channel  41.57 
 
 		 492 aa  215  9.999999999999999e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1758  MscS mechanosensitive ion channel  46.44 
 
 		 399 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.010572 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2022  small-conductance mechanosensitive channel  40.64 
 
 		 379 aa  212  7.999999999999999e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3015  MscS Mechanosensitive ion channel  41.29 
 
 		 379 aa  211  2e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.58232 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1771  MscS mechanosensitive ion channel  45.61 
 
 		 400 aa  211  2e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2161  MscS Mechanosensitive ion channel  40.36 
 
 		 365 aa  211  2e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.307461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6211  MscS Mechanosensitive ion channel  47.74 
 
 		 391 aa  209  8e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1861  MscS Mechanosensitive ion channel  36.07 
 
 		 402 aa  208  1e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1046  MscS mechanosensitive ion channel  37.65 
 
 		 398 aa  206  7e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5784  MscS mechanosensitive ion channel  37.92 
 
 		 394 aa  204  3e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10518  MscS Mechanosensitive ion channel  33.43 
 
 		 591 aa  188  1e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.526339  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1203  MscS Mechanosensitive ion channel  46.93 
 
 		 372 aa  178  1e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.950573  normal  0.0307534 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1262  MscS mechanosensitive ion channel  31.54 
 
 		 627 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.523793  normal  0.0747451 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1004  MscS mechanosensitive ion channel  35.45 
 
 		 648 aa  155  1e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0783  MscS mechanosensitive ion channel  26.96 
 
 		 571 aa  116  6.9999999999999995e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2527  MscS mechanosensitive ion channel  32.72 
 
 		 566 aa  115  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.131998  normal  0.145786 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0227  MscS mechanosensitive ion channel  31.8 
 
 		 268 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2331  MscS mechanosensitive ion channel  30.73 
 
 		 307 aa  97.1  4e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0340157  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2985  hypothetical protein  28.57 
 
 		 351 aa  90.5  4e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0299284  normal  0.0305677 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1010  MscS mechanosensitive ion channel  29.29 
 
 		 308 aa  89.7  6e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.926579  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5898  MscS Mechanosensitive ion channel  35.54 
 
 		 268 aa  87  5e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.207523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2627  MscS mechanosensitive ion channel  22.37 
 
 		 278 aa  68.6  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.159228  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  23.96 
 
 		 806 aa  66.6  0.0000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1059  MscS mechanosensitive ion channel  26.14 
 
 		 384 aa  66.6  0.0000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.196377 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  27.03 
 
 		 393 aa  66.2  0.0000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0014  MscS Mechanosensitive ion channel  27.81 
 
 		 289 aa  65.9  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  29.1 
 
 		 341 aa  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3168  MscS Mechanosensitive ion channel  24.72 
 
 		 311 aa  64.3  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0116515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2942  MscS mechanosensitive ion channel  22.84 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.176096  normal  0.766616 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2989  Ricin B lectin  30.43 
 
 		 474 aa  63.2  0.000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000129425 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  24.08 
 
 		 435 aa  62.8  0.000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  27.33 
 
 		 277 aa  62  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3392  MscS Mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 833 aa  62.4  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0308  MscS mechanosensitive ion channel  26.96 
 
 		 459 aa  62.8  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  28.67 
 
 		 279 aa  62  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0663  MscS Mechanosensitive ion channel  23.85 
 
 		 336 aa  61.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0890  MscS mechanosensitive ion channel  26.45 
 
 		 330 aa  61.2  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000201965 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  29.9 
 
 		 266 aa  60.8  0.00000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  25.77 
 
 		 270 aa  60.5  0.00000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4382  MscS mechanosensitive ion channel  25.37 
 
 		 262 aa  60.8  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.496887  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  26.63 
 
 		 322 aa  60.5  0.00000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_014249  Aazo_5329  mechanosensitive ion channel protein MscS  30.1 
 
 		 331 aa  60.5  0.00000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>