More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2539 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2539  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 360 aa  720    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.984511  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2114  MscS Mechanosensitive ion channel  66.2 
 
 		 361 aa  492  9.999999999999999e-139  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0292  hypothetical protein  64.61 
 
 		 360 aa  478  1e-134  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.40096  hitchhiker  0.00233312 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2268  MscS mechanosensitive ion channel  62.64 
 
 		 362 aa  434  1e-120  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.528739  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0247  hypothetical protein  61.61 
 
 		 361 aa  424  1e-117  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2136  MscS Mechanosensitive ion channel  55.84 
 
 		 349 aa  375  1e-103  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0637665 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1933  MscS Mechanosensitive ion channel  50.42 
 
 		 358 aa  367  1e-100  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1009  small-conductance mechanosensitive channel  49.83 
 
 		 331 aa  310  2e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1910  mechanosensitive ion channel family protein  48.04 
 
 		 395 aa  275  7e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593752  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1419  mechanosensitive ion channel family protein  48.04 
 
 		 395 aa  275  7e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1183  mechanosensitive ion channel family protein  48.04 
 
 		 395 aa  275  7e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3394  mechanosensitive ion channel family protein  48.04 
 
 		 395 aa  275  7e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2436  mechanosensitive ion channel family protein  48.04 
 
 		 395 aa  275  7e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2275  mechanosensitive ion channel family protein  48.04 
 
 		 395 aa  275  7e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2314  mechanosensitive ion channel family protein  48.04 
 
 		 395 aa  275  7e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2160  mechanosensitive ion channel family protein  50 
 
 		 394 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0415  small-conductance mechanosensitive channel  40.55 
 
 		 371 aa  272  8.000000000000001e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.344204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4345  MscS mechanosensitive ion channel  44.33 
 
 		 361 aa  271  9e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5044  mechanosensitive ion channel protein  41.89 
 
 		 357 aa  269  5e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02550  membrane protein  43.1 
 
 		 375 aa  266  4e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.290793  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2062  MscS mechanosensitive ion channel  43.24 
 
 		 352 aa  266  5e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3972  MscS Mechanosensitive ion channel  43.99 
 
 		 363 aa  266  5.999999999999999e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0682489  normal  0.528998 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1911  MscS mechanosensitive ion channel  45.39 
 
 		 390 aa  264  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801877 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6191  MscS mechanosensitive ion channel  45.39 
 
 		 390 aa  264  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.593763  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1888  MscS mechanosensitive ion channel  45.39 
 
 		 390 aa  264  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2760  MscS Mechanosensitive ion channel  50.2 
 
 		 359 aa  263  3e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5188  MscS mechanosensitive ion channel  45.76 
 
 		 390 aa  263  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1945  MscS Mechanosensitive ion channel  47.27 
 
 		 407 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415325  normal  0.454872 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1797  MscS mechanosensitive ion channel  44.49 
 
 		 390 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.986921 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3749  Small-conductance mechanosensitive ion channel  41.91 
 
 		 380 aa  262  6e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175296  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2855  MscS mechanosensitive ion channel  44.09 
 
 		 374 aa  261  1e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154936 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2257  small-conductance mechanosensitive ion channel  47.96 
 
 		 407 aa  260  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0990371  normal  0.811141 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2275  MscS mechanosensitive ion channel  42.32 
 
 		 376 aa  260  3e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.312032  normal  0.0129381 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1825  MscS mechanosensitive ion channel  44.12 
 
 		 390 aa  260  3e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0903923  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0118  MscS Mechanosensitive ion channel  42.82 
 
 		 358 aa  259  4e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.472344 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1386  MscS mechanosensitive ion channel  44.65 
 
 		 391 aa  258  1e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.155035  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3568  MscS Mechanosensitive ion channel  44.89 
 
 		 353 aa  257  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0914  MscS mechanosensitive ion channel  44.98 
 
 		 411 aa  256  3e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3905  MscS mechanosensitive ion channel  43.29 
 
 		 373 aa  253  3e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0785  MscS Mechanosensitive ion channel  40.52 
 
 		 395 aa  251  1e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0017606  normal  0.0299135 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1241  mechanosensitive ion channel family protein  43.45 
 
 		 362 aa  250  3e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0123912  normal  0.116476 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1121  MscS mechanosensitive ion channel  39.63 
 
 		 374 aa  246  3e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3947  MscS Mechanosensitive ion channel  41.87 
 
 		 393 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0285178  normal  0.460909 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3654  MscS mechanosensitive ion channel  41.52 
 
 		 393 aa  243  3e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33880  small-conductance mechanosensitive channel  44.36 
 
 		 727 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.415466  normal  0.49587 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1046  MscS mechanosensitive ion channel  41.47 
 
 		 398 aa  242  7e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3940  MscS Mechanosensitive ion channel  42.91 
 
 		 393 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0755374 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0838  MscS Mechanosensitive ion channel  39.94 
 
 		 374 aa  235  8e-61  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5934  MscS Mechanosensitive ion channel  39.8 
 
 		 378 aa  234  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0636  MscS mechanosensitive ion channel  41.1 
 
 		 364 aa  231  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0235  MscS mechanosensitive ion channel  40.45 
 
 		 368 aa  230  4e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2263  MscS mechanosensitive ion channel  38.72 
 
 		 402 aa  229  7e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2302  MscS mechanosensitive ion channel  38.72 
 
 		 399 aa  229  7e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.47196 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2310  MscS mechanosensitive ion channel  38.72 
 
 		 399 aa  229  7e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3703  MscS mechanosensitive ion channel  44.08 
 
 		 373 aa  228  9e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0936689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0017  MscS Mechanosensitive ion channel  38.36 
 
 		 392 aa  228  1e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.305748 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0178  MscS mechanosensitive ion channel  45.1 
 
 		 545 aa  224  1e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.760917 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1758  MscS mechanosensitive ion channel  42.01 
 
 		 399 aa  221  9.999999999999999e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.010572 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5784  MscS mechanosensitive ion channel  41.64 
 
 		 394 aa  218  1e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6897  MscS mechanosensitive ion channel  44.04 
 
 		 492 aa  217  2.9999999999999998e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6267  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  39.26 
 
 		 365 aa  216  5.9999999999999996e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1771  MscS mechanosensitive ion channel  40.51 
 
 		 400 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3570  MscS mechanosensitive ion channel  41.22 
 
 		 368 aa  213  3.9999999999999995e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6211  MscS Mechanosensitive ion channel  43.1 
 
 		 391 aa  213  4.9999999999999996e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2022  small-conductance mechanosensitive channel  39.85 
 
 		 379 aa  209  8e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2161  MscS Mechanosensitive ion channel  35.22 
 
 		 365 aa  207  2e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.307461  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10518  MscS Mechanosensitive ion channel  36.84 
 
 		 591 aa  195  1e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.526339  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3015  MscS Mechanosensitive ion channel  35.64 
 
 		 379 aa  191  2e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.58232 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1861  MscS Mechanosensitive ion channel  35.8 
 
 		 402 aa  188  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1203  MscS Mechanosensitive ion channel  47.62 
 
 		 372 aa  179  8e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.950573  normal  0.0307534 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1004  MscS mechanosensitive ion channel  30.14 
 
 		 648 aa  159  8e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1262  MscS mechanosensitive ion channel  28.98 
 
 		 627 aa  149  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.523793  normal  0.0747451 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0783  MscS mechanosensitive ion channel  25.53 
 
 		 571 aa  122  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2527  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 566 aa  106  7e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.131998  normal  0.145786 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2331  MscS mechanosensitive ion channel  32.03 
 
 		 307 aa  94.4  3e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0340157  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5898  MscS Mechanosensitive ion channel  34.96 
 
 		 268 aa  92.4  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.207523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0227  MscS mechanosensitive ion channel  30.13 
 
 		 268 aa  90.1  5e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2985  hypothetical protein  33.33 
 
 		 351 aa  88.2  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0299284  normal  0.0305677 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1010  MscS mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.926579  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  24.03 
 
 		 362 aa  73.2  0.000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  25.95 
 
 		 362 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  37.61 
 
 		 547 aa  65.9  0.0000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2627  MscS mechanosensitive ion channel  22.48 
 
 		 278 aa  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.159228  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  26.19 
 
 		 806 aa  65.5  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0579  MscS mechanosensitive ion channel  28.38 
 
 		 440 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0872803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  27.22 
 
 		 360 aa  64.3  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0156  MscS mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 437 aa  63.9  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0421972  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1633  hypothetical protein  27.32 
 
 		 364 aa  63.2  0.000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246622  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  35.78 
 
 		 538 aa  61.2  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2396  MscS mechanosensitive ion channel  32.89 
 
 		 283 aa  61.2  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000120764  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  35.78 
 
 		 544 aa  61.6  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1177  mechanosensitive ion channel  25.48 
 
 		 383 aa  60.8  0.00000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  25.48 
 
 		 383 aa  60.5  0.00000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4521  MscS Mechanosensitive ion channel  25.85 
 
 		 291 aa  60.8  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.958869 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0571  MscS Mechanosensitive ion channel  23.08 
 
 		 260 aa  60.5  0.00000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000639441  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  33.03 
 
 		 540 aa  59.7  0.00000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2942  MscS mechanosensitive ion channel  21.95 
 
 		 304 aa  60.1  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.176096  normal  0.766616 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  39.73 
 
 		 551 aa  60.1  0.00000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0561  MscS mechanosensitive ion channel  39.73 
 
 		 551 aa  59.7  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  39.73 
 
 		 550 aa  59.3  0.00000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>