More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3972 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_3972  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 
363 aa  736    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0682489  normal  0.528998 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2760  MscS Mechanosensitive ion channel  41.82 
 
 
359 aa  289  4e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2136  MscS Mechanosensitive ion channel  44.55 
 
 
349 aa  286  2.9999999999999996e-76  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0637665 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2062  MscS mechanosensitive ion channel  47.39 
 
 
352 aa  286  4e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02550  membrane protein  40 
 
 
375 aa  284  2.0000000000000002e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.290793  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0415  small-conductance mechanosensitive channel  41.67 
 
 
371 aa  281  1e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.344204  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2114  MscS Mechanosensitive ion channel  43.84 
 
 
361 aa  280  3e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2268  MscS mechanosensitive ion channel  42.37 
 
 
362 aa  280  4e-74  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.528739  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0292  hypothetical protein  41.3 
 
 
360 aa  279  5e-74  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.40096  hitchhiker  0.00233312 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1933  MscS Mechanosensitive ion channel  48.43 
 
 
358 aa  278  1e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0785  MscS Mechanosensitive ion channel  43.42 
 
 
395 aa  276  6e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0017606  normal  0.0299135 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1009  small-conductance mechanosensitive channel  44.18 
 
 
331 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3749  Small-conductance mechanosensitive ion channel  41.42 
 
 
380 aa  271  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175296  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1183  mechanosensitive ion channel family protein  45 
 
 
395 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1419  mechanosensitive ion channel family protein  45 
 
 
395 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2436  mechanosensitive ion channel family protein  45 
 
 
395 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2314  mechanosensitive ion channel family protein  45 
 
 
395 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2275  mechanosensitive ion channel family protein  45 
 
 
395 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1910  mechanosensitive ion channel family protein  45 
 
 
395 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593752  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3394  mechanosensitive ion channel family protein  45 
 
 
395 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2160  mechanosensitive ion channel family protein  44.83 
 
 
394 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2539  MscS Mechanosensitive ion channel  43.99 
 
 
360 aa  265  7e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.984511  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2257  small-conductance mechanosensitive ion channel  42.36 
 
 
407 aa  265  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0990371  normal  0.811141 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2855  MscS mechanosensitive ion channel  45.65 
 
 
374 aa  265  1e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.154936 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1945  MscS Mechanosensitive ion channel  42.43 
 
 
407 aa  263  3e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415325  normal  0.454872 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3568  MscS Mechanosensitive ion channel  52.32 
 
 
353 aa  258  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1797  MscS mechanosensitive ion channel  39.6 
 
 
390 aa  256  4e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.986921 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0838  MscS Mechanosensitive ion channel  36.61 
 
 
374 aa  256  4e-67  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5934  MscS Mechanosensitive ion channel  43.82 
 
 
378 aa  255  7e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4345  MscS mechanosensitive ion channel  40.27 
 
 
361 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1825  MscS mechanosensitive ion channel  39.6 
 
 
390 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0903923  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5044  mechanosensitive ion channel protein  43.73 
 
 
357 aa  254  2.0000000000000002e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1121  MscS mechanosensitive ion channel  36.12 
 
 
374 aa  253  5.000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1911  MscS mechanosensitive ion channel  38.71 
 
 
390 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00801877 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6191  MscS mechanosensitive ion channel  38.71 
 
 
390 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.593763  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1888  MscS mechanosensitive ion channel  38.71 
 
 
390 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3905  MscS mechanosensitive ion channel  38.46 
 
 
373 aa  251  2e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0914  MscS mechanosensitive ion channel  46.85 
 
 
411 aa  250  3e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1386  MscS mechanosensitive ion channel  39.6 
 
 
391 aa  249  5e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.155035  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5188  MscS mechanosensitive ion channel  42.13 
 
 
390 aa  249  6e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0178  MscS mechanosensitive ion channel  47.67 
 
 
545 aa  248  1e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.760917 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3654  MscS mechanosensitive ion channel  37.09 
 
 
393 aa  248  1e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3947  MscS Mechanosensitive ion channel  37.09 
 
 
393 aa  247  3e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0285178  normal  0.460909 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2275  MscS mechanosensitive ion channel  38.89 
 
 
376 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.312032  normal  0.0129381 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3940  MscS Mechanosensitive ion channel  41.98 
 
 
393 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0755374 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33880  small-conductance mechanosensitive channel  44.71 
 
 
727 aa  243  3e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.415466  normal  0.49587 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1241  mechanosensitive ion channel family protein  39.74 
 
 
362 aa  242  7e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0123912  normal  0.116476 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0247  hypothetical protein  40.26 
 
 
361 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3703  MscS mechanosensitive ion channel  44.84 
 
 
373 aa  239  5e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0936689  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6267  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  43.66 
 
 
365 aa  238  8e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1046  MscS mechanosensitive ion channel  42.28 
 
 
398 aa  238  1e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0118  MscS Mechanosensitive ion channel  41.61 
 
 
358 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.472344 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1771  MscS mechanosensitive ion channel  44.19 
 
 
400 aa  230  2e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0235  MscS mechanosensitive ion channel  43.04 
 
 
368 aa  230  3e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6897  MscS mechanosensitive ion channel  41.14 
 
 
492 aa  227  2e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587185  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1758  MscS mechanosensitive ion channel  42.8 
 
 
399 aa  225  7e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.010572 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0636  MscS mechanosensitive ion channel  44.17 
 
 
364 aa  221  9.999999999999999e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0017  MscS Mechanosensitive ion channel  32.1 
 
 
392 aa  221  1.9999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.305748 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2302  MscS mechanosensitive ion channel  41.73 
 
 
399 aa  219  7e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.47196 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2263  MscS mechanosensitive ion channel  41.73 
 
 
402 aa  219  7e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2310  MscS mechanosensitive ion channel  41.73 
 
 
399 aa  219  7e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2022  small-conductance mechanosensitive channel  40.7 
 
 
379 aa  217  2.9999999999999998e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5784  MscS mechanosensitive ion channel  43.8 
 
 
394 aa  216  5e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3570  MscS mechanosensitive ion channel  44.68 
 
 
368 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6211  MscS Mechanosensitive ion channel  44.92 
 
 
391 aa  207  2e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3015  MscS Mechanosensitive ion channel  37.69 
 
 
379 aa  199  7e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.58232 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10518  MscS Mechanosensitive ion channel  32.57 
 
 
591 aa  196  5.000000000000001e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.526339  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2161  MscS Mechanosensitive ion channel  35.93 
 
 
365 aa  193  4e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.307461  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1203  MscS Mechanosensitive ion channel  46.29 
 
 
372 aa  192  1e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.950573  normal  0.0307534 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1861  MscS Mechanosensitive ion channel  36.96 
 
 
402 aa  192  1e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1262  MscS mechanosensitive ion channel  34.02 
 
 
627 aa  160  4e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.523793  normal  0.0747451 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1004  MscS mechanosensitive ion channel  33.19 
 
 
648 aa  159  1e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2331  MscS mechanosensitive ion channel  29.73 
 
 
307 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0340157  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0783  MscS mechanosensitive ion channel  27.18 
 
 
571 aa  110  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2985  hypothetical protein  34.42 
 
 
351 aa  108  2e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0299284  normal  0.0305677 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0227  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 
268 aa  100  4e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2527  MscS mechanosensitive ion channel  26.54 
 
 
566 aa  92.4  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.131998  normal  0.145786 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1010  MscS mechanosensitive ion channel  26 
 
 
308 aa  84.3  0.000000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.926579  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2942  MscS mechanosensitive ion channel  25.94 
 
 
304 aa  82  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.176096  normal  0.766616 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5898  MscS Mechanosensitive ion channel  33.61 
 
 
268 aa  78.2  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.207523  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2627  MscS mechanosensitive ion channel  24.4 
 
 
278 aa  72  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.159228  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  28.99 
 
 
534 aa  67  0.0000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  31.93 
 
 
551 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  31.93 
 
 
550 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0561  MscS mechanosensitive ion channel  31.93 
 
 
551 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  31.09 
 
 
549 aa  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0014  MscS Mechanosensitive ion channel  27.48 
 
 
289 aa  65.5  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  31.09 
 
 
549 aa  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  31.09 
 
 
549 aa  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10253  hypothetical protein  26.53 
 
 
307 aa  65.9  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00229932  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  27.27 
 
 
276 aa  64.7  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0399  potassium efflux protein KefA  28.76 
 
 
1102 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  26.22 
 
 
806 aa  65.1  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2257  MscS mechanosensitive ion channel  35.71 
 
 
1110 aa  65.5  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371999  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5117  potassium efflux protein KefA  28.97 
 
 
1102 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666166  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5024  potassium efflux system protein KefA, putative  27.34 
 
 
1134 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0501  potassium efflux protein KefA  27.34 
 
 
1134 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0521  MscS mechanosensitive ion channel  30.08 
 
 
200 aa  63.2  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.108923  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3756  hypothetical protein  28.57 
 
 
1107 aa  63.2  0.000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  30.58 
 
 
533 aa  62.8  0.000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>