More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0014 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_0014  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 289 aa  585  1e-166  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13183  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  44.52 
 
 		 316 aa  249  3e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3168  MscS Mechanosensitive ion channel  32 
 
 		 311 aa  159  5e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0116515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1496  MscS Mechanosensitive ion channel  31.64 
 
 		 295 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4521  MscS Mechanosensitive ion channel  32.25 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.958869 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  32.23 
 
 		 275 aa  139  7e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1486  MscS Mechanosensitive ion channel  35.55 
 
 		 272 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 275 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01752  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  29.39 
 
 		 328 aa  135  7.000000000000001e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.249612  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  34.9 
 
 		 274 aa  135  9e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  33.46 
 
 		 274 aa  133  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  32.55 
 
 		 275 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  32.55 
 
 		 275 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  33.98 
 
 		 275 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  31.25 
 
 		 274 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  31.37 
 
 		 275 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4090  MscS mechanosensitive ion channel  31.49 
 
 		 349 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  31.37 
 
 		 275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  31.37 
 
 		 275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  31.37 
 
 		 275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  32.42 
 
 		 269 aa  127  3e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  31.58 
 
 		 274 aa  125  9e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  31.35 
 
 		 275 aa  122  5e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0015  MscS mechanosensitive ion channel  27.63 
 
 		 287 aa  122  5e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  31.35 
 
 		 277 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00500  MscS Mechanosensitive ion channel  29.78 
 
 		 334 aa  120  1.9999999999999998e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  28.63 
 
 		 270 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  29.09 
 
 		 288 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  29.3 
 
 		 274 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  28.52 
 
 		 287 aa  119  7.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  30.71 
 
 		 275 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1417  MscS Mechanosensitive ion channel  29.39 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  29 
 
 		 288 aa  117  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  30.71 
 
 		 273 aa  115  1.0000000000000001e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  28.68 
 
 		 291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  28.68 
 
 		 286 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  28.68 
 
 		 286 aa  113  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  28.68 
 
 		 286 aa  113  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  28.68 
 
 		 286 aa  113  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  28.68 
 
 		 286 aa  113  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  28.68 
 
 		 286 aa  113  5e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  28.68 
 
 		 286 aa  113  5e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  28.68 
 
 		 286 aa  113  5e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  28.09 
 
 		 276 aa  112  6e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2627  MscS mechanosensitive ion channel  31.13 
 
 		 278 aa  110  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.159228  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2331  MscS mechanosensitive ion channel  30.22 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0340157  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  27.17 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2771  MscS Mechanosensitive ion channel  28.02 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  30.53 
 
 		 275 aa  108  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  29.08 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2641  MscS Mechanosensitive ion channel  31.27 
 
 		 280 aa  107  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0890  MscS mechanosensitive ion channel  27.24 
 
 		 330 aa  107  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000201965 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  29.15 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  29.92 
 
 		 360 aa  107  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  29.1 
 
 		 276 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4182  MscS mechanosensitive ion channel  23.49 
 
 		 324 aa  107  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.774704 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  27.92 
 
 		 286 aa  107  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  29.34 
 
 		 286 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  29.34 
 
 		 286 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  29.34 
 
 		 286 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  29.34 
 
 		 286 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1320  MscS Mechanosensitive ion channel  32.11 
 
 		 300 aa  105  9e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.23225 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  29.34 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  27.52 
 
 		 275 aa  104  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  28.52 
 
 		 285 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.72 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  27.72 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.72 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  28.52 
 
 		 285 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1689  MscS mechanosensitive ion channel  28.93 
 
 		 356 aa  103  3e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1280  MscS Mechanosensitive ion channel  27.17 
 
 		 269 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.138834  normal  0.117258 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2568  MscS mechanosensitive ion channel  35.2 
 
 		 358 aa  103  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  27.11 
 
 		 283 aa  103  4e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3896  MscS Mechanosensitive ion channel  26.79 
 
 		 283 aa  103  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  27.69 
 
 		 280 aa  103  4e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  28.4 
 
 		 285 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  30.74 
 
 		 277 aa  103  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  28.4 
 
 		 285 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1153  MscS Mechanosensitive ion channel  34.05 
 
 		 352 aa  102  6e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  24.73 
 
 		 275 aa  102  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  27.44 
 
 		 273 aa  102  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5331  MscS mechanosensitive ion channel  27.24 
 
 		 301 aa  102  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0306  small-conductance mechanosensitive channel  26.28 
 
 		 284 aa  102  8e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000279081  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  26.59 
 
 		 279 aa  102  9e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3024  MscS Mechanosensitive ion channel  27.84 
 
 		 282 aa  102  9e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000332583  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  30.61 
 
 		 533 aa  101  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  25.36 
 
 		 293 aa  101  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  27.9 
 
 		 278 aa  100  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  25.84 
 
 		 322 aa  100  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  30.59 
 
 		 270 aa  100  2e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  30.99 
 
 		 362 aa  100  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1074  MscS mechanosensitive ion channel  28.68 
 
 		 360 aa  100  2e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.287098  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  27.8 
 
 		 292 aa  100  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  29.71 
 
 		 279 aa  100  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2357  hypothetical protein  31.72 
 
 		 348 aa  100  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.116724  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3271  putative small conductance mechanosensitive ion channel  27.16 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  28.28 
 
 		 547 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  29.06 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  26.59 
 
 		 297 aa  100  4e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03115  MscS Mechanosensitive ion channel  36.08 
 
 		 378 aa  100  4e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>