More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3699 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 283 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3896  MscS Mechanosensitive ion channel  95.76 
 
 		 283 aa  540  1e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  80.29 
 
 		 293 aa  455  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  78.45 
 
 		 292 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  75.53 
 
 		 289 aa  434  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  75.53 
 
 		 289 aa  434  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  75.53 
 
 		 289 aa  434  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  69.47 
 
 		 291 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  69.86 
 
 		 286 aa  397  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  69.86 
 
 		 286 aa  397  1e-109  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  69.86 
 
 		 286 aa  397  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  69.86 
 
 		 286 aa  397  1e-109  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  69.86 
 
 		 286 aa  397  1e-109  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  69.5 
 
 		 286 aa  394  1e-109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  69.86 
 
 		 286 aa  397  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  69.86 
 
 		 286 aa  397  1e-109  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  73.12 
 
 		 288 aa  389  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  67.61 
 
 		 286 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  67.61 
 
 		 286 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  67.61 
 
 		 286 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  67.61 
 
 		 286 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  67.25 
 
 		 286 aa  356  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3337  mechanosensitive channel MscS  65.6 
 
 		 284 aa  351  8.999999999999999e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3397  MscS mechanosensitive ion channel  53.82 
 
 		 291 aa  298  8e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  52.35 
 
 		 285 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  52.35 
 
 		 285 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  51.99 
 
 		 285 aa  287  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  51.62 
 
 		 285 aa  286  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  49.45 
 
 		 288 aa  285  5.999999999999999e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  47.62 
 
 		 287 aa  278  9e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  48.55 
 
 		 288 aa  273  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  49.62 
 
 		 286 aa  268  7e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  44.6 
 
 		 275 aa  251  1e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  45.13 
 
 		 274 aa  248  6e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  44.29 
 
 		 275 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  45 
 
 		 275 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  45 
 
 		 275 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  44.64 
 
 		 275 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  43.12 
 
 		 269 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  44.29 
 
 		 275 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  43.57 
 
 		 276 aa  243  3.9999999999999997e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  44.4 
 
 		 274 aa  241  1e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  44.24 
 
 		 275 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  44.24 
 
 		 275 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  43.87 
 
 		 270 aa  239  4e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  43.88 
 
 		 275 aa  239  5e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  44.24 
 
 		 275 aa  238  8e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  43.32 
 
 		 274 aa  237  2e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  43.77 
 
 		 277 aa  236  2e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  41.88 
 
 		 274 aa  236  4e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  42.03 
 
 		 275 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  43.01 
 
 		 277 aa  232  6e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  43.8 
 
 		 275 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  41.96 
 
 		 280 aa  228  1e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  39.76 
 
 		 270 aa  215  5e-55  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  40.52 
 
 		 276 aa  214  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  40.23 
 
 		 279 aa  207  2e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  41.57 
 
 		 275 aa  205  6e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  42.41 
 
 		 268 aa  205  7e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  41.57 
 
 		 275 aa  204  1e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  37.23 
 
 		 274 aa  204  1e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  39.37 
 
 		 280 aa  203  2e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1584  MscS mechanosensitive ion channel  39.49 
 
 		 279 aa  198  7.999999999999999e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00518641  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  38.27 
 
 		 278 aa  195  8.000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  39.93 
 
 		 277 aa  194  1e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0625  small-conductance mechanosensitive ion channel  38.21 
 
 		 291 aa  192  5e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.286405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  39.93 
 
 		 279 aa  191  1e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  39.44 
 
 		 275 aa  191  1e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  39.38 
 
 		 279 aa  188  8e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  37.74 
 
 		 276 aa  188  9e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  34.1 
 
 		 270 aa  187  1e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  36.09 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  37.45 
 
 		 271 aa  187  1e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  34.9 
 
 		 273 aa  187  2e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0589  MscS mechanosensitive ion channel  36.43 
 
 		 291 aa  186  3e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.516163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  37.09 
 
 		 271 aa  186  4e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  37.13 
 
 		 322 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  40.15 
 
 		 276 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  34.5 
 
 		 274 aa  181  1e-44  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  35.69 
 
 		 268 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  38.43 
 
 		 283 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  37.01 
 
 		 277 aa  178  9e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  34.93 
 
 		 531 aa  178  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1034  MscS mechanosensitive ion channel  40.16 
 
 		 288 aa  176  3e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  35.79 
 
 		 288 aa  175  7e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  37.45 
 
 		 305 aa  175  7e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1162  MscS Mechanosensitive ion channel  37.45 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.102088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  32.72 
 
 		 533 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  31.87 
 
 		 538 aa  170  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  35.27 
 
 		 297 aa  169  4e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  33.2 
 
 		 544 aa  169  4e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  40.53 
 
 		 283 aa  167  1e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  31.92 
 
 		 563 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0547  MscS mechanosensitive ion channel  37.05 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.881892  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  37.77 
 
 		 266 aa  166  4e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  30.51 
 
 		 549 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  30.51 
 
 		 549 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  30.51 
 
 		 549 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2641  MscS Mechanosensitive ion channel  33.2 
 
 		 280 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  31.35 
 
 		 273 aa  163  2.0000000000000002e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>