More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4182 on replicon NC_009959
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009959  Dshi_4182  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 324 aa  642    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.774704 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0015  MscS mechanosensitive ion channel  56.74 
 
 		 287 aa  323  4e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0108  MscS mechanosensitive ion channel  48.55 
 
 		 304 aa  265  5.999999999999999e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0890  MscS mechanosensitive ion channel  41.44 
 
 		 330 aa  194  1e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000201965 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00500  MscS Mechanosensitive ion channel  35.77 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1417  MscS Mechanosensitive ion channel  37.55 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0663  MscS Mechanosensitive ion channel  44.19 
 
 		 336 aa  169  6e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014249  Aazo_5329  mechanosensitive ion channel protein MscS  38.87 
 
 		 331 aa  166  5e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3168  MscS Mechanosensitive ion channel  32.62 
 
 		 311 aa  162  5.0000000000000005e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0116515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1853  MscS mechanosensitive ion channel  35.09 
 
 		 290 aa  160  3e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2771  MscS Mechanosensitive ion channel  34.38 
 
 		 296 aa  159  4e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01752  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  33.69 
 
 		 328 aa  153  5e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.249612  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0407  MscS mechanosensitive ion channel  40 
 
 		 315 aa  151  1e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.323817  normal  0.0164618 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4090  MscS mechanosensitive ion channel  34.08 
 
 		 349 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  30.86 
 
 		 544 aa  125  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  29.77 
 
 		 538 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  30.66 
 
 		 277 aa  120  4.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  27.99 
 
 		 273 aa  119  7e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  27.72 
 
 		 563 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  30.19 
 
 		 275 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  30.71 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  29.66 
 
 		 275 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  29.66 
 
 		 275 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  29.92 
 
 		 275 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  28.9 
 
 		 275 aa  116  6e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  30.95 
 
 		 298 aa  115  8.999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  32.17 
 
 		 494 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  29.2 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  27.17 
 
 		 276 aa  114  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1496  MscS Mechanosensitive ion channel  29.75 
 
 		 295 aa  114  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  27.74 
 
 		 280 aa  114  3e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1689  MscS mechanosensitive ion channel  34.55 
 
 		 356 aa  114  3e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  29.31 
 
 		 547 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  32.21 
 
 		 341 aa  113  5e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  27.31 
 
 		 286 aa  113  6e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  27.31 
 
 		 286 aa  113  6e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  28.06 
 
 		 291 aa  112  6e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  27.31 
 
 		 286 aa  113  6e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  27.31 
 
 		 286 aa  113  6e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  28.06 
 
 		 286 aa  112  6e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  28.42 
 
 		 532 aa  112  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  27.31 
 
 		 286 aa  113  6e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  27.31 
 
 		 286 aa  113  6e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  27.31 
 
 		 286 aa  113  6e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  29.67 
 
 		 534 aa  112  8.000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13183  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  26.92 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  28.52 
 
 		 275 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0014  MscS Mechanosensitive ion channel  23.49 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  28.02 
 
 		 270 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  28.52 
 
 		 275 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  28.52 
 
 		 275 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  26.48 
 
 		 550 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  29.6 
 
 		 288 aa  110  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  29.17 
 
 		 275 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  29.91 
 
 		 540 aa  109  5e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2065  MscS mechanosensitive ion channel  29.27 
 
 		 359 aa  109  6e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  28.14 
 
 		 275 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  31.31 
 
 		 547 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  26.48 
 
 		 549 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  26.48 
 
 		 549 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  26.48 
 
 		 549 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  36.46 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  28.32 
 
 		 275 aa  108  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  27.7 
 
 		 561 aa  108  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  26.48 
 
 		 551 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0561  MscS mechanosensitive ion channel  26.48 
 
 		 551 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3910  hypothetical protein  31.23 
 
 		 301 aa  108  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  24.92 
 
 		 533 aa  107  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  30.48 
 
 		 286 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0359  MscS mechanosensitive ion channel  31.36 
 
 		 360 aa  107  3e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.821631  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  28.84 
 
 		 362 aa  107  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  30.48 
 
 		 286 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  30.48 
 
 		 286 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  30.48 
 
 		 286 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  29.02 
 
 		 276 aa  107  3e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2696  MscS Mechanosensitive ion channel  32.81 
 
 		 369 aa  107  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.415509  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  30.48 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2000  MscS Mechanosensitive ion channel  29.59 
 
 		 302 aa  106  6e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.03582 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1146  MscS mechanosensitive ion channel  35.48 
 
 		 366 aa  106  6e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.779955  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1074  MscS mechanosensitive ion channel  31.34 
 
 		 360 aa  105  7e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.287098  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  28.4 
 
 		 288 aa  105  9e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1895  MscS Mechanosensitive ion channel  34.27 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.461855 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2128  MscS mechanosensitive ion channel  26.97 
 
 		 270 aa  105  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2355  MscS mechanosensitive ion channel  29.9 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0549147  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  29.57 
 
 		 806 aa  105  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1552  MscS mechanosensitive ion channel  30.91 
 
 		 359 aa  105  1e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.101944 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1647  MscS Mechanosensitive ion channel  36.46 
 
 		 429 aa  105  1e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0102  MscS mechanosensitive ion channel  29.68 
 
 		 537 aa  105  1e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.102568  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  28 
 
 		 283 aa  104  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2740  MscS mechanosensitive ion channel  26.42 
 
 		 288 aa  104  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  28.25 
 
 		 362 aa  104  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0104  MscS mechanosensitive ion channel  24.73 
 
 		 278 aa  103  3e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00989653  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10253  hypothetical protein  31 
 
 		 307 aa  103  3e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00229932  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  27.91 
 
 		 275 aa  103  4e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  26.2 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  25.56 
 
 		 274 aa  103  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3659  MscS mechanosensitive ion channel  31.63 
 
 		 439 aa  103  5e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.19276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  25.83 
 
 		 274 aa  102  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  28.99 
 
 		 286 aa  103  6e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  33.7 
 
 		 393 aa  102  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>