More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0949 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 
273 aa  552  1e-156  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  41.51 
 
 
280 aa  230  2e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  39.62 
 
 
275 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  42.04 
 
 
270 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  43.63 
 
 
275 aa  217  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  39.41 
 
 
280 aa  216  4e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  37.5 
 
 
287 aa  212  5.999999999999999e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  40.32 
 
 
270 aa  209  6e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  36.96 
 
 
286 aa  207  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  42.31 
 
 
278 aa  206  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  39.6 
 
 
270 aa  203  2e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  40.08 
 
 
276 aa  202  5e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  41.9 
 
 
274 aa  202  5e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  40 
 
 
269 aa  201  8e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  35.04 
 
 
288 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  40.44 
 
 
279 aa  199  3e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  35.36 
 
 
288 aa  199  3.9999999999999996e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  39.29 
 
 
273 aa  198  9e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  38.32 
 
 
279 aa  197  2.0000000000000003e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  37.36 
 
 
275 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  39.02 
 
 
276 aa  196  3e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  36.98 
 
 
275 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  36.98 
 
 
275 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  35.85 
 
 
275 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  36.6 
 
 
275 aa  195  7e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  36.6 
 
 
275 aa  195  7e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4420  MscS mechanosensitive ion channel  40.23 
 
 
279 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0689552  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  36.98 
 
 
275 aa  194  9e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  38.95 
 
 
277 aa  193  3e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  37.3 
 
 
274 aa  192  5e-48  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  35.85 
 
 
275 aa  191  1e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  39.33 
 
 
279 aa  191  1e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  39.13 
 
 
298 aa  189  5e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1584  MscS mechanosensitive ion channel  35.8 
 
 
279 aa  189  5.999999999999999e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00518641  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  35.09 
 
 
274 aa  187  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  38.1 
 
 
275 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  36.6 
 
 
275 aa  187  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4496  MscS mechanosensitive ion channel  40.38 
 
 
280 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.737667  normal  0.727724 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  36.67 
 
 
266 aa  187  2e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  34.72 
 
 
275 aa  187  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  35.98 
 
 
277 aa  186  4e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  35.85 
 
 
274 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  33.7 
 
 
286 aa  183  3e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  33.7 
 
 
286 aa  183  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  33.7 
 
 
286 aa  183  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  33.7 
 
 
286 aa  183  3e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  33.7 
 
 
286 aa  183  3e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  33.7 
 
 
286 aa  183  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  33.7 
 
 
291 aa  183  3e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  33.7 
 
 
286 aa  183  3e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  34.72 
 
 
274 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  33.33 
 
 
286 aa  181  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  36.06 
 
 
297 aa  180  2e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0625  small-conductance mechanosensitive ion channel  37.08 
 
 
291 aa  179  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.286405  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57110  hypothetical protein  38.82 
 
 
278 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  32.61 
 
 
292 aa  179  5.999999999999999e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4965  hypothetical protein  38.04 
 
 
278 aa  178  8e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  34.94 
 
 
283 aa  178  9e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  36.36 
 
 
274 aa  177  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0960  MscS mechanosensitive ion channel  39.85 
 
 
280 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  35.25 
 
 
277 aa  178  1e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0589  MscS mechanosensitive ion channel  36.51 
 
 
291 aa  177  1e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.516163  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  33.21 
 
 
275 aa  177  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  38.21 
 
 
268 aa  177  2e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  38.27 
 
 
275 aa  176  3e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4086  MscS mechanosensitive ion channel  38.04 
 
 
276 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3375  MscS mechanosensitive ion channel  38.1 
 
 
302 aa  176  4e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.190462  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  39.43 
 
 
271 aa  176  4e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1353  MscS mechanosensitive ion channel  39.85 
 
 
282 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.512703  normal  0.132094 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  32.61 
 
 
293 aa  175  6e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  39.59 
 
 
271 aa  175  6e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  37.02 
 
 
531 aa  175  8e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4392  mechanosensitive ion channel family protein  38.04 
 
 
276 aa  175  9e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4371  MscS mechanosensitive ion channel  40 
 
 
280 aa  175  9e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.053495 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1034  MscS mechanosensitive ion channel  38.68 
 
 
288 aa  174  9.999999999999999e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  36.18 
 
 
322 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  35.93 
 
 
288 aa  172  3.9999999999999995e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  34.72 
 
 
285 aa  171  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  34.72 
 
 
285 aa  171  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  34.72 
 
 
285 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  34.34 
 
 
285 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1966  hypothetical protein  37.24 
 
 
268 aa  169  3e-41  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  35.55 
 
 
289 aa  169  3e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  36.36 
 
 
286 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  35.43 
 
 
288 aa  169  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  35.55 
 
 
289 aa  169  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  36.36 
 
 
286 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  36.36 
 
 
286 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  35.55 
 
 
289 aa  169  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  36.36 
 
 
286 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  36.36 
 
 
286 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  34.11 
 
 
305 aa  166  4e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  34.25 
 
 
268 aa  165  9e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0547  MscS mechanosensitive ion channel  35.02 
 
 
305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.881892  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1199  mechanosensitive ion channel component  35.18 
 
 
281 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00000786613  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  31.35 
 
 
283 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3896  MscS Mechanosensitive ion channel  31.35 
 
 
283 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  34.26 
 
 
277 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  38.6 
 
 
276 aa  162  6e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  34.66 
 
 
534 aa  160  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>