141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_5539 on replicon NC_012853
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7438  ABC transporter substrate-binding protein  78.87 
 
 
464 aa  716    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5539  ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 
426 aa  865    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0803518  hitchhiker  0.00000350864 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6133  putative substrate-binding component of ABC transporter  54.88 
 
 
417 aa  454  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.32554  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4801  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  41.15 
 
 
439 aa  326  6e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.409444  normal  0.455184 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4890  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  40.92 
 
 
434 aa  313  4.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.669186 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5245  ABC transporter substrate-binding protein  42.52 
 
 
420 aa  311  1e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0563455 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5994  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  37.31 
 
 
506 aa  280  4e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0598696  normal  0.080695 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0640  twin-arginine translocation pathway signal  35.41 
 
 
473 aa  254  1.0000000000000001e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.35602  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7087  ABC transporter substrate-binding protein  33.79 
 
 
435 aa  253  6e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4869  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  52.54 
 
 
236 aa  157  5.0000000000000005e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.350641 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0643  Extracellular ligand-binding receptor  24.07 
 
 
395 aa  80.1  0.00000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2268  extracellular ligand-binding receptor  23.68 
 
 
413 aa  70.5  0.00000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0458822  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  24.75 
 
 
406 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  24.47 
 
 
376 aa  63.9  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  23.88 
 
 
387 aa  61.2  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.32 
 
 
406 aa  58.5  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  22.84 
 
 
387 aa  58.9  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.32 
 
 
406 aa  58.5  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  23 
 
 
412 aa  58.5  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  29.81 
 
 
379 aa  55.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 
418 aa  55.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  22.04 
 
 
397 aa  55.1  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3968  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.8 
 
 
417 aa  54.3  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  23.3 
 
 
381 aa  54.3  0.000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  23.26 
 
 
392 aa  53.9  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  23.68 
 
 
411 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  36.45 
 
 
415 aa  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  25.25 
 
 
405 aa  51.6  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3645  extracellular ligand-binding receptor  23.91 
 
 
401 aa  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.218866  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  22.08 
 
 
407 aa  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  21.86 
 
 
374 aa  51.6  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  22.4 
 
 
371 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.45 
 
 
380 aa  51.2  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  31.01 
 
 
379 aa  51.2  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  22.02 
 
 
399 aa  51.6  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  23.83 
 
 
415 aa  50.8  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.69 
 
 
376 aa  50.8  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  24.59 
 
 
417 aa  50.8  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
386 aa  50.8  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1490  Extracellular ligand-binding receptor  24.52 
 
 
372 aa  50.4  0.00006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000299787  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0475  Extracellular ligand-binding receptor  24.19 
 
 
372 aa  50.4  0.00006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000158967  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  24.45 
 
 
402 aa  50.4  0.00006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1559  Extracellular ligand-binding receptor  34.92 
 
 
386 aa  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.21 
 
 
381 aa  50.1  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  21.81 
 
 
392 aa  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  26.04 
 
 
390 aa  50.1  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4261  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.38 
 
 
392 aa  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000549497  hitchhiker  0.000239396 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4471  extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 
373 aa  49.7  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.97 
 
 
378 aa  49.3  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  22.13 
 
 
371 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  23.14 
 
 
390 aa  49.3  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  24.88 
 
 
379 aa  49.3  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  24.54 
 
 
441 aa  49.3  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  24.7 
 
 
434 aa  49.3  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  24.44 
 
 
397 aa  49.3  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  21.86 
 
 
375 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  35.23 
 
 
390 aa  48.9  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  31.53 
 
 
380 aa  48.5  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  35.51 
 
 
415 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  22.7 
 
 
407 aa  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  35.51 
 
 
415 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  23.6 
 
 
395 aa  48.5  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  35.51 
 
 
415 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  21.97 
 
 
392 aa  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 
380 aa  47.8  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  31.53 
 
 
379 aa  47.8  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  22.14 
 
 
382 aa  47.8  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  21.48 
 
 
389 aa  47.8  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  28.12 
 
 
402 aa  47.4  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  24.13 
 
 
383 aa  47.4  0.0005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  25.55 
 
 
382 aa  47.4  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2864  putative periplasmic binding ABC transporter protein  29.29 
 
 
401 aa  46.6  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.581336 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 
399 aa  46.6  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1717  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  28.79 
 
 
399 aa  46.6  0.0008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.620152  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  32.69 
 
 
413 aa  46.6  0.0008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  29.77 
 
 
417 aa  46.6  0.0008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  29.73 
 
 
379 aa  46.6  0.0009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.39 
 
 
396 aa  46.2  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  24.09 
 
 
378 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  31.07 
 
 
395 aa  46.2  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  23.68 
 
 
392 aa  46.2  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  22.39 
 
 
383 aa  46.2  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  22.6 
 
 
391 aa  46.2  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1045  twin-arginine translocation pathway signal  25.46 
 
 
407 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.457214  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  29.79 
 
 
391 aa  46.2  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  24.04 
 
 
390 aa  46.2  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  24.09 
 
 
378 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  21.02 
 
 
402 aa  45.8  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4276  extracellular ligand-binding receptor  22.13 
 
 
371 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  24.09 
 
 
378 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.71 
 
 
382 aa  45.1  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0942  twin-arginine translocation pathway signal  25.09 
 
 
407 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  22.68 
 
 
383 aa  45.8  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  21.49 
 
 
392 aa  45.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  34.09 
 
 
390 aa  45.1  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
389 aa  45.1  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2303  extracellular ligand-binding receptor  21.39 
 
 
432 aa  45.4  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.620777 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3805  extracellular ligand-binding receptor  32.04 
 
 
450 aa  45.8  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0795418  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  30.65 
 
 
382 aa  45.4  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 
378 aa  45.4  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>