222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_4801 on replicon NC_012848
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011368  Rleg2_4890  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  96.54 
 
 
434 aa  833    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.669186 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4801  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  100 
 
 
439 aa  892    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.409444  normal  0.455184 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7438  ABC transporter substrate-binding protein  40.74 
 
 
464 aa  326  5e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6133  putative substrate-binding component of ABC transporter  41.06 
 
 
417 aa  314  1.9999999999999998e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.32554  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5539  ABC transporter substrate-binding protein  40.46 
 
 
426 aa  311  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0803518  hitchhiker  0.00000350864 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5245  ABC transporter substrate-binding protein  37.65 
 
 
420 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0563455 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5994  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  36.16 
 
 
506 aa  244  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0598696  normal  0.080695 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7087  ABC transporter substrate-binding protein  35.27 
 
 
435 aa  244  1.9999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0640  twin-arginine translocation pathway signal  33.33 
 
 
473 aa  215  9.999999999999999e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.35602  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4869  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  37.74 
 
 
236 aa  98.2  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.350641 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0643  Extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
395 aa  77  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.49 
 
 
380 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  25.16 
 
 
406 aa  68.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  22.79 
 
 
375 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  23.02 
 
 
397 aa  61.2  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 
379 aa  60.5  0.00000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
379 aa  59.7  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3414  extracellular ligand-binding receptor  29.22 
 
 
378 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0938732  normal  0.686919 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  26.1 
 
 
397 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 
392 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6014  extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 
387 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00769519 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 
392 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  22.67 
 
 
395 aa  58.5  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
406 aa  57.8  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.59 
 
 
399 aa  57.8  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4960  extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 
392 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00971777 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  25.72 
 
 
376 aa  57.8  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6489  extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
387 aa  57.4  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.225285  normal  0.518138 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.98 
 
 
428 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5197  extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 
378 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308157  normal  0.258081 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4669  extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 
378 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.969731 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  21.57 
 
 
373 aa  57  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.74 
 
 
374 aa  56.6  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
380 aa  56.6  0.0000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 
379 aa  56.6  0.0000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6587  Extracellular ligand-binding receptor  26.52 
 
 
388 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  24.71 
 
 
379 aa  55.8  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25 
 
 
378 aa  55.1  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
379 aa  55.8  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  22.44 
 
 
374 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  22.53 
 
 
371 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  23.03 
 
 
412 aa  55.5  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  22.61 
 
 
403 aa  55.1  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  20.78 
 
 
373 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6455  hypothetical protein  24.53 
 
 
397 aa  54.7  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000370315  hitchhiker  0.00000000486051 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  24.24 
 
 
387 aa  55.1  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3105  extracellular ligand-binding receptor  25.7 
 
 
389 aa  54.3  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.64702 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  22.13 
 
 
371 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.44 
 
 
403 aa  53.5  0.000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4276  extracellular ligand-binding receptor  22.13 
 
 
371 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  24.08 
 
 
387 aa  53.5  0.000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 
373 aa  53.1  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1695  extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 
381 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 
391 aa  52.8  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  23.49 
 
 
411 aa  53.1  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
411 aa  53.1  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
382 aa  52.4  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2606  Extracellular ligand-binding receptor  24.7 
 
 
373 aa  52.4  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0170435  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
390 aa  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  21.29 
 
 
394 aa  52.4  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3253  extracellular ligand-binding receptor  24.7 
 
 
373 aa  52.4  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.363046 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 
379 aa  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  33.08 
 
 
382 aa  51.2  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1158  extracellular ligand-binding receptor  21.74 
 
 
371 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0616664  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0228  extracellular ligand-binding receptor  24.02 
 
 
371 aa  51.6  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.701374 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  25.22 
 
 
380 aa  51.2  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  23.6 
 
 
382 aa  51.2  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3740  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  22.9 
 
 
369 aa  50.8  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  22.15 
 
 
405 aa  51.2  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
392 aa  50.4  0.00005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  33.08 
 
 
461 aa  50.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  33.08 
 
 
461 aa  50.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1166  Extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 
387 aa  50.4  0.00006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.428965 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  21.26 
 
 
389 aa  50.4  0.00006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4775  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  23.28 
 
 
369 aa  50.4  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 
400 aa  50.4  0.00006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0257  Extracellular ligand-binding receptor  23.28 
 
 
369 aa  50.4  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3864  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  23.28 
 
 
369 aa  50.4  0.00007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3937  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  23.28 
 
 
369 aa  50.4  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3656  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  23.28 
 
 
369 aa  50.4  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0258  extracellular ligand-binding receptor  23.28 
 
 
369 aa  50.4  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  32.03 
 
 
382 aa  50.1  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.545009 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0942  twin-arginine translocation pathway signal  20.94 
 
 
407 aa  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3766  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  22.9 
 
 
369 aa  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  32.03 
 
 
382 aa  50.1  0.00009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3755  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  22.9 
 
 
369 aa  49.7  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0552  extracellular ligand-binding receptor  24.91 
 
 
377 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0988947  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.25 
 
 
515 aa  49.3  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  24.88 
 
 
388 aa  49.7  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  32.74 
 
 
411 aa  49.7  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3935  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  22.9 
 
 
369 aa  49.7  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1045  twin-arginine translocation pathway signal  21.82 
 
 
407 aa  49.7  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.457214  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0522  Extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 
387 aa  49.3  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  25.09 
 
 
396 aa  49.7  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2140  extracellular ligand-binding receptor  32.31 
 
 
382 aa  49.7  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.250679  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3833  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  22.9 
 
 
369 aa  49.7  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7597  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  21.94 
 
 
395 aa  48.9  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3876  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  22.9 
 
 
369 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  36.46 
 
 
390 aa  48.5  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  26.47 
 
 
393 aa  49.3  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>