169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_4890 on replicon NC_011368
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012848  Rleg_4801  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  96.54 
 
 
439 aa  856    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.409444  normal  0.455184 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4890  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  100 
 
 
434 aa  880    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.669186 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7438  ABC transporter substrate-binding protein  40.51 
 
 
464 aa  325  7e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6133  putative substrate-binding component of ABC transporter  41.52 
 
 
417 aa  314  1.9999999999999998e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.32554  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5539  ABC transporter substrate-binding protein  40.23 
 
 
426 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0803518  hitchhiker  0.00000350864 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5245  ABC transporter substrate-binding protein  36.93 
 
 
420 aa  271  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0563455 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7087  ABC transporter substrate-binding protein  34.43 
 
 
435 aa  246  6.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5994  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  35.88 
 
 
506 aa  240  4e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0598696  normal  0.080695 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0640  twin-arginine translocation pathway signal  32.83 
 
 
473 aa  211  2e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.35602  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4869  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  36.48 
 
 
236 aa  95.5  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.350641 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0643  Extracellular ligand-binding receptor  24.38 
 
 
395 aa  75.1  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.49 
 
 
380 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 
406 aa  67  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 
379 aa  60.8  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 
397 aa  57.8  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  23.18 
 
 
395 aa  57.4  0.0000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6014  extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 
387 aa  57  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00769519 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6489  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
387 aa  57  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.225285  normal  0.518138 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  24.15 
 
 
379 aa  57  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  21.83 
 
 
375 aa  57  0.0000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6587  Extracellular ligand-binding receptor  26.64 
 
 
388 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  24.58 
 
 
387 aa  56.2  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  23.25 
 
 
403 aa  55.8  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.33 
 
 
399 aa  55.1  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3414  extracellular ligand-binding receptor  27.83 
 
 
378 aa  55.5  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0938732  normal  0.686919 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  25.1 
 
 
379 aa  55.1  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  24.48 
 
 
397 aa  54.3  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  24.58 
 
 
380 aa  53.9  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 
392 aa  54.3  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 
392 aa  54.3  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 
379 aa  53.5  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4960  extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 
392 aa  53.9  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00971777 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 
376 aa  53.5  0.000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  24.58 
 
 
387 aa  53.1  0.000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.65 
 
 
374 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.52 
 
 
428 aa  53.1  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6455  hypothetical protein  25.9 
 
 
397 aa  52.8  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000370315  hitchhiker  0.00000000486051 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1695  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
381 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1045  twin-arginine translocation pathway signal  22.55 
 
 
407 aa  52.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.457214  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 
411 aa  53.1  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4669  extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 
378 aa  53.1  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.969731 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  27.39 
 
 
400 aa  52.8  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5197  extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 
378 aa  53.1  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308157  normal  0.258081 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 
379 aa  53.1  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  22.78 
 
 
405 aa  53.1  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.53 
 
 
403 aa  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  21.65 
 
 
374 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  22.09 
 
 
383 aa  52.4  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  21.74 
 
 
371 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  21.71 
 
 
373 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  26 
 
 
406 aa  52.4  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3105  extracellular ligand-binding receptor  24.9 
 
 
389 aa  51.2  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.64702 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25 
 
 
378 aa  50.8  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  22.73 
 
 
412 aa  51.2  0.00004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 
379 aa  51.2  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  24.17 
 
 
411 aa  51.2  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  21.8 
 
 
383 aa  51.2  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  21.8 
 
 
383 aa  50.8  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
380 aa  50.8  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  23.66 
 
 
405 aa  50.4  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0228  extracellular ligand-binding receptor  24.11 
 
 
371 aa  50.4  0.00006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.701374 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  23.66 
 
 
405 aa  50.4  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  20.93 
 
 
373 aa  50.4  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2606  Extracellular ligand-binding receptor  24.3 
 
 
373 aa  50.4  0.00007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0170435  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3253  extracellular ligand-binding receptor  24.3 
 
 
373 aa  50.4  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.363046 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6618  extracellular ligand-binding receptor  22.11 
 
 
382 aa  50.4  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.868668 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7597  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.25 
 
 
395 aa  50.1  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  21.46 
 
 
394 aa  49.7  0.00009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3740  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  23.17 
 
 
369 aa  49.7  0.00009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0257  Extracellular ligand-binding receptor  23.55 
 
 
369 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  21.34 
 
 
371 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4775  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  23.55 
 
 
369 aa  49.7  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  24.9 
 
 
399 aa  49.3  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4276  extracellular ligand-binding receptor  21.34 
 
 
371 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0258  extracellular ligand-binding receptor  23.55 
 
 
369 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3757  ABC transporter substrate-binding protein  22.48 
 
 
409 aa  49.3  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3656  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  23.55 
 
 
369 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3937  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  23.55 
 
 
369 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  24 
 
 
373 aa  49.7  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3864  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  23.55 
 
 
369 aa  49.3  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 
390 aa  48.5  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0942  twin-arginine translocation pathway signal  20.94 
 
 
407 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3935  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  23.17 
 
 
369 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0480  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  20.77 
 
 
391 aa  48.9  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.199357  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 
382 aa  48.9  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  21.26 
 
 
389 aa  48.9  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3833  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  23.17 
 
 
369 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3766  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  23.17 
 
 
369 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3755  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  23.17 
 
 
369 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  24.88 
 
 
388 aa  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 
391 aa  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  23.32 
 
 
382 aa  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 
382 aa  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0561  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.2 
 
 
394 aa  47.8  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000134991  normal  0.482298 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 
461 aa  47.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1158  extracellular ligand-binding receptor  20.95 
 
 
371 aa  47.8  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0616664  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 
382 aa  47.8  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 
461 aa  47.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  24.59 
 
 
389 aa  47.8  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 
382 aa  47.8  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.545009 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>