132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7438 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7438  ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 
464 aa  950    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5539  ABC transporter substrate-binding protein  78.87 
 
 
426 aa  682    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0803518  hitchhiker  0.00000350864 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6133  putative substrate-binding component of ABC transporter  52.79 
 
 
417 aa  435  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.32554  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4801  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  40.74 
 
 
439 aa  326  6e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.409444  normal  0.455184 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4890  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  40.51 
 
 
434 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.669186 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5245  ABC transporter substrate-binding protein  42.34 
 
 
420 aa  307  3e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0563455 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5994  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  38.54 
 
 
506 aa  283  5.000000000000001e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0598696  normal  0.080695 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0640  twin-arginine translocation pathway signal  37.41 
 
 
473 aa  258  1e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.35602  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7087  ABC transporter substrate-binding protein  33.72 
 
 
435 aa  250  5e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4869  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  48.13 
 
 
236 aa  144  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.350641 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0643  Extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 
395 aa  71.6  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  24.48 
 
 
376 aa  62.4  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2268  extracellular ligand-binding receptor  22.81 
 
 
413 aa  62  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0458822  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  25.38 
 
 
375 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  23.32 
 
 
406 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.74 
 
 
406 aa  57.4  0.0000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.74 
 
 
406 aa  57.4  0.0000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  23.94 
 
 
382 aa  56.6  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  23.92 
 
 
371 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  26.24 
 
 
386 aa  55.5  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1761  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  21.77 
 
 
467 aa  55.1  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  23.45 
 
 
371 aa  54.3  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  24.17 
 
 
390 aa  53.5  0.000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  22.47 
 
 
390 aa  53.5  0.000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4276  extracellular ligand-binding receptor  23.66 
 
 
371 aa  53.5  0.000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3645  extracellular ligand-binding receptor  23.43 
 
 
401 aa  53.1  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.218866  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  25.19 
 
 
381 aa  52  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.19 
 
 
402 aa  52.4  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 
381 aa  52.4  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  21.41 
 
 
397 aa  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 
390 aa  51.2  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 
386 aa  51.2  0.00004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  22.38 
 
 
391 aa  50.8  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1158  extracellular ligand-binding receptor  23.81 
 
 
371 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0616664  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2866  periplasmic ligand binding lipoprotein  21.05 
 
 
662 aa  50.8  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.691628  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  29.66 
 
 
379 aa  50.8  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
384 aa  50.4  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4471  extracellular ligand-binding receptor  24.19 
 
 
373 aa  50.1  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
382 aa  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  21.37 
 
 
374 aa  50.1  0.00009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  23.75 
 
 
417 aa  50.1  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  25.21 
 
 
380 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.59 
 
 
384 aa  49.3  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.38 
 
 
380 aa  49.3  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.21 
 
 
380 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.21 
 
 
380 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 
384 aa  48.9  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  22.26 
 
 
407 aa  48.9  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 
384 aa  48.9  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  24.55 
 
 
390 aa  48.9  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3808  Extracellular ligand-binding receptor  22.93 
 
 
434 aa  48.9  0.0002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 
380 aa  49.3  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0475  Extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 
372 aa  48.1  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000158967  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.05 
 
 
374 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0572  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  21.05 
 
 
382 aa  48.5  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.21 
 
 
376 aa  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  36 
 
 
388 aa  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.63 
 
 
380 aa  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  36 
 
 
388 aa  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
384 aa  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
384 aa  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2434  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.05 
 
 
382 aa  48.5  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00891241  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.21 
 
 
380 aa  48.5  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.21 
 
 
380 aa  48.5  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2846  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.05 
 
 
382 aa  48.5  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2747  putative periplasmic substrate-binding protein  21.05 
 
 
382 aa  48.5  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312608  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1756  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.05 
 
 
382 aa  48.5  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0548138  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.21 
 
 
380 aa  48.5  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  25.09 
 
 
382 aa  48.5  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  23.9 
 
 
386 aa  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  21.82 
 
 
396 aa  47.8  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  22.61 
 
 
387 aa  47.8  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  23.2 
 
 
453 aa  48.1  0.0004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
384 aa  47.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0942  twin-arginine translocation pathway signal  23.47 
 
 
407 aa  47.4  0.0005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  23.82 
 
 
391 aa  47.4  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  23.3 
 
 
382 aa  47.4  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  23.82 
 
 
391 aa  47.4  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  23.63 
 
 
386 aa  47.4  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  30.19 
 
 
395 aa  47.4  0.0005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  23.3 
 
 
382 aa  47.4  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.545009 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  23.82 
 
 
380 aa  47.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  25.19 
 
 
441 aa  47.4  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  22.87 
 
 
411 aa  47  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  22.31 
 
 
373 aa  47  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.4 
 
 
383 aa  46.6  0.0009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  23.82 
 
 
380 aa  46.6  0.0009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  21.05 
 
 
387 aa  46.6  0.0009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  24.8 
 
 
438 aa  46.2  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.72 
 
 
515 aa  46.2  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
390 aa  46.2  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1045  twin-arginine translocation pathway signal  23.83 
 
 
407 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.457214  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  28.93 
 
 
373 aa  45.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2807  putative periplasmic substrate-binding protein  21.05 
 
 
382 aa  46.6  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  28.24 
 
 
417 aa  46.2  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 
384 aa  46.2  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  24.21 
 
 
383 aa  46.2  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3805  extracellular ligand-binding receptor  31.82 
 
 
450 aa  46.6  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0795418  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  23.4 
 
 
383 aa  45.8  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  22.69 
 
 
389 aa  45.4  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>