More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3154 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3154  nitroreductase  100 
 
 		 225 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.297718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0024  hypothetical protein  90.62 
 
 		 225 aa  427  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.369937  normal  0.267873 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2325  nitroreductase  90.18 
 
 		 234 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278176  normal  0.241368 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3631  nitroreductase  85.71 
 
 		 225 aa  401  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1796  nitroreductase  80.63 
 
 		 227 aa  370  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.539857  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1205  nitroreductase  73.42 
 
 		 229 aa  328  6e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01216  putative oxidoreductase  50.22 
 
 		 223 aa  226  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.711869  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2168  nitroreductase  42.48 
 
 		 224 aa  176  2e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1911  nitroreductase  34.7 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1690  nitroreductase  33.33 
 
 		 230 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47250  Nitroreductase  36.21 
 
 		 224 aa  127  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3603  nitroreductase  32.42 
 
 		 232 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0181645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4839  nitroreductase  32.08 
 
 		 238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0536307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1973  nitroreductase  34.4 
 
 		 244 aa  118  6e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2199  nitroreductase  32.27 
 
 		 231 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.396094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3982  nitroreductase  36.04 
 
 		 233 aa  114  7.999999999999999e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5417  nitroreductase  35.16 
 
 		 226 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2012  nitroreductase  32.9 
 
 		 223 aa  113  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.142493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0222  putative nitroreductase  31.98 
 
 		 229 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2263  nitroreductase  32.3 
 
 		 224 aa  113  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513133 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7115  hypothetical protein  31.16 
 
 		 215 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0170  nitroreductase  28.25 
 
 		 221 aa  111  8.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.834926  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1610  nitroreductase  31.86 
 
 		 235 aa  111  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.367755  normal  0.918275 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1938  nitroreductase  32.59 
 
 		 235 aa  111  9e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.255877  hitchhiker  0.00446173 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3047  nitroreductase  32.89 
 
 		 239 aa  111  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.496767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4604  nitroreductase  33.02 
 
 		 241 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.278026  normal  0.441291 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2041  nitroreductase  31.08 
 
 		 220 aa  109  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.505491  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0345  nitroreductase  32.89 
 
 		 228 aa  107  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2073  nitroreductase  33.04 
 
 		 242 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1203  nitroreductase  30.53 
 
 		 231 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000186245  normal  0.254827 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2969  nitroreductase  31.72 
 
 		 235 aa  107  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.788882  normal  0.0360376 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2436  nitroreductase  33.19 
 
 		 242 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3050  nitroreductase  33.19 
 
 		 242 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.908871  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2388  nitroreductase  31.88 
 
 		 226 aa  105  6e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3069  nitroreductase  33.19 
 
 		 242 aa  104  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.394271 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5984  nitroreductase  33.79 
 
 		 228 aa  104  9e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0282838  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6397  nitroreductase  32.74 
 
 		 242 aa  104  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1036  nitroreductase  31.25 
 
 		 241 aa  104  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0710283 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2316  nitroreductase  33.18 
 
 		 232 aa  103  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3141  nitroreductase  30.52 
 
 		 237 aa  101  8e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3085  nitroreductase  29.82 
 
 		 258 aa  101  9e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000834764  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3657  nitrobenzoate reductase, putative  32.14 
 
 		 224 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.583331  normal  0.143139 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0408  nitroreductase  29.22 
 
 		 223 aa  100  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.341785  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5533  nitroreductase  31.11 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1543  nitroreductase  33.18 
 
 		 232 aa  99.8  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.973718  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1481  nitroreductase  31.34 
 
 		 236 aa  99.8  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7105  nitroreductase  30.8 
 
 		 229 aa  98.6  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3698  nitroreductase  29.68 
 
 		 231 aa  97.8  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1608  oxidoreductase protein  30.63 
 
 		 235 aa  97.4  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000515625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2908  nitroreductase  30.49 
 
 		 239 aa  97.1  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1213  nitroreductase  28.7 
 
 		 221 aa  96.7  3e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.718567 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5013  nitroreductase  36.96 
 
 		 222 aa  95.9  4e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6222  nitroreductase  30.67 
 
 		 246 aa  95.9  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4924  nitroreductase  36.96 
 
 		 222 aa  95.9  4e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4473  nitroreductase  30.14 
 
 		 225 aa  94.7  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6027  nitroreductase  29.91 
 
 		 254 aa  94.4  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5306  nitroreductase  37.41 
 
 		 222 aa  93.6  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0926  nitroreductase  27.51 
 
 		 223 aa  94  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0573  nitroreductase family protein  30.18 
 
 		 228 aa  93.6  2e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7293  nitroreductase  27.03 
 
 		 228 aa  93.2  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.367017 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5783  nitroreductase  29.46 
 
 		 254 aa  91.7  9e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3999  nitroreductase  27.11 
 
 		 223 aa  91.3  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6296  nitroreductase  27.36 
 
 		 228 aa  91.3  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.214758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2473  nitroreductase  29.69 
 
 		 235 aa  91.3  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0563773  normal  0.616707 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1615  nitroreductase  28.32 
 
 		 257 aa  90.9  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00251246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5454  nitroreductase  34.06 
 
 		 221 aa  90.5  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.111331  normal  0.0192138 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3352  nitroreductase  31.14 
 
 		 233 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2142  nitroreductase  29.78 
 
 		 236 aa  89.4  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000000385966  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3737  NADH dehydrogenase  28.14 
 
 		 221 aa  86.3  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5185  nitroreductase  27.23 
 
 		 221 aa  85.9  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0863183  normal  0.13215 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1917  nitroreductase  30.8 
 
 		 225 aa  85.9  5e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.805688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0563  p-nitrobenzoate reductase  28 
 
 		 218 aa  85.9  5e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000325568  hitchhiker  0.0000528283 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4912  nitroreductase  28.51 
 
 		 247 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6984  nitroreductase  26.7 
 
 		 229 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8469  nitroreductase  30.36 
 
 		 240 aa  82.4  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2312  nitroreductase  27.43 
 
 		 220 aa  82  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.501363  normal  0.270967 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3607  nitroreductase  26.34 
 
 		 223 aa  82  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.127181  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5940  nitroreductase  26.58 
 
 		 237 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.118292  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1834  nitroreductase  32.3 
 
 		 190 aa  81.3  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000154259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1408  nitroreductase  26.58 
 
 		 217 aa  81.3  0.00000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0519  nitroreductase  26.24 
 
 		 225 aa  80.5  0.00000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000999564  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1410  nitroreductase  24.89 
 
 		 231 aa  79.3  0.00000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6301  nitroreductase  28.31 
 
 		 245 aa  79.3  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540366  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0682  nitroreductase  25.23 
 
 		 249 aa  78.6  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00504715  normal  0.337771 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0200  nitroreductase  29.17 
 
 		 225 aa  78.6  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.878675  normal  0.802011 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0966  nitroreductase  25.11 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0893  nitroreductase  27.67 
 
 		 187 aa  70.9  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0202115  hitchhiker  0.00000963559 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1048  nitroreductase  24.66 
 
 		 219 aa  70.1  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.043093 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0116  nitroreductase  28.78 
 
 		 252 aa  68.6  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0182  NADH dehydrogenase  45.21 
 
 		 206 aa  68.6  0.00000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000000263837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1720  nitroreductase  26.5 
 
 		 196 aa  67.4  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0723  p-nitrobenzoate reductase  25.57 
 
 		 221 aa  66.6  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0055643  normal  0.275976 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0556  nitroreductase  29.3 
 
 		 345 aa  65.1  0.0000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1474  nitroreductase  26.92 
 
 		 334 aa  62  0.000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2164  nitroreductase  26.73 
 
 		 190 aa  62  0.000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1590  nitroreductase  24.75 
 
 		 287 aa  61.6  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000230699  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2080  nitroreductase  28.02 
 
 		 215 aa  59.3  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.123305  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1379  NADPH-flavin oxidoreductase  26.73 
 
 		 174 aa  59.7  0.00000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2038  nitroreductase family protein  27.8 
 
 		 215 aa  58.9  0.00000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.119654  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2101  nitroreductase family protein  28.25 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.320716  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>