187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2041 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2041  nitroreductase  100 
 
 
220 aa  462  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.505491  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0408  nitroreductase  36.82 
 
 
223 aa  168  7e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.341785  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3737  NADH dehydrogenase  33.03 
 
 
221 aa  155  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4604  nitroreductase  37.14 
 
 
241 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.278026  normal  0.441291 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5533  nitroreductase  37.61 
 
 
230 aa  150  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4839  nitroreductase  34.86 
 
 
238 aa  150  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0536307  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0573  nitroreductase family protein  36.11 
 
 
228 aa  149  3e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3141  nitroreductase  36.2 
 
 
237 aa  149  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0926  nitroreductase  34.82 
 
 
223 aa  148  7e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1690  nitroreductase  34.86 
 
 
230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3603  nitroreductase  34.86 
 
 
232 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0181645  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3999  nitroreductase  34.39 
 
 
223 aa  145  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1911  nitroreductase  34.86 
 
 
232 aa  144  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4473  nitroreductase  36.11 
 
 
225 aa  141  9e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1543  nitroreductase  36.45 
 
 
232 aa  140  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.973718  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1036  nitroreductase  33.48 
 
 
241 aa  140  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0710283 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0170  nitroreductase  33.64 
 
 
221 aa  139  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.834926  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2969  nitroreductase  33.03 
 
 
235 aa  138  4.999999999999999e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.788882  normal  0.0360376 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2316  nitroreductase  36.45 
 
 
232 aa  138  6e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2199  nitroreductase  34.72 
 
 
231 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.396094  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2012  nitroreductase  34.25 
 
 
223 aa  137  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.142493  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5185  nitroreductase  34.39 
 
 
221 aa  136  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0863183  normal  0.13215 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5454  nitroreductase  35.14 
 
 
221 aa  135  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.111331  normal  0.0192138 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3607  nitroreductase  33.18 
 
 
223 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.127181  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3352  nitroreductase  31.36 
 
 
233 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2388  nitroreductase  31.82 
 
 
226 aa  134  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4924  nitroreductase  36.04 
 
 
222 aa  133  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5013  nitroreductase  36.04 
 
 
222 aa  133  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7105  nitroreductase  32.16 
 
 
229 aa  132  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3698  nitroreductase  32.88 
 
 
231 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0222  putative nitroreductase  32.16 
 
 
229 aa  132  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5306  nitroreductase  35.59 
 
 
222 aa  130  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3982  nitroreductase  34.84 
 
 
233 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2473  nitroreductase  32.73 
 
 
235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0563773  normal  0.616707 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4912  nitroreductase  31.08 
 
 
247 aa  129  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1203  nitroreductase  32.59 
 
 
231 aa  128  6e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000186245  normal  0.254827 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6222  nitroreductase  32.6 
 
 
246 aa  127  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7115  hypothetical protein  33.18 
 
 
215 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1973  nitroreductase  34.12 
 
 
244 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7293  nitroreductase  30.28 
 
 
228 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.367017 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1938  nitroreductase  31.42 
 
 
235 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.255877  hitchhiker  0.00446173 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2168  nitroreductase  29.63 
 
 
224 aa  125  4.0000000000000003e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2312  nitroreductase  32.09 
 
 
220 aa  125  6e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.501363  normal  0.270967 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5940  nitroreductase  30.04 
 
 
237 aa  123  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.118292  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1610  nitroreductase  30.97 
 
 
235 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.367755  normal  0.918275 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1048  nitroreductase  32.24 
 
 
219 aa  123  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.043093 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2908  nitroreductase  30.45 
 
 
239 aa  123  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1481  nitroreductase  30.7 
 
 
236 aa  123  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6296  nitroreductase  30.56 
 
 
228 aa  122  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.214758  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01216  putative oxidoreductase  30 
 
 
223 aa  122  3e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.711869  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0345  nitroreductase  30.33 
 
 
228 aa  122  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0966  nitroreductase  31.78 
 
 
219 aa  122  5e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6397  nitroreductase  31.56 
 
 
242 aa  121  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3069  nitroreductase  31.08 
 
 
242 aa  121  8e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.394271 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2436  nitroreductase  31.08 
 
 
242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3050  nitroreductase  31.08 
 
 
242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.908871  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1213  nitroreductase  31.39 
 
 
221 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.718567 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2263  nitroreductase  28.5 
 
 
224 aa  119  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00513133 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1608  oxidoreductase protein  30.09 
 
 
235 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000515625  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0200  nitroreductase  32.41 
 
 
225 aa  119  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.878675  normal  0.802011 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0519  nitroreductase  32.29 
 
 
225 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000999564  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6027  nitroreductase  28.95 
 
 
254 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2073  nitroreductase  30.8 
 
 
242 aa  118  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3047  nitroreductase  31.08 
 
 
239 aa  118  9e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.496767  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3657  nitrobenzoate reductase, putative  30.8 
 
 
224 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.583331  normal  0.143139 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47250  Nitroreductase  30.4 
 
 
224 aa  116  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3085  nitroreductase  29.95 
 
 
258 aa  115  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000834764  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5783  nitroreductase  28.51 
 
 
254 aa  115  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1796  nitroreductase  30.91 
 
 
227 aa  113  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.539857  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2142  nitroreductase  27.85 
 
 
236 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000000385966  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2325  nitroreductase  29.41 
 
 
234 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278176  normal  0.241368 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1615  nitroreductase  29.03 
 
 
257 aa  112  6e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00251246  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1917  nitroreductase  30.32 
 
 
225 aa  111  8.000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.805688  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5417  nitroreductase  29.36 
 
 
226 aa  111  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8469  nitroreductase  26.48 
 
 
240 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1205  nitroreductase  31.19 
 
 
229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6984  nitroreductase  28.83 
 
 
229 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795076  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6301  nitroreductase  28.83 
 
 
245 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540366  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0682  nitroreductase  29.15 
 
 
249 aa  107  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00504715  normal  0.337771 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3154  nitroreductase  31.08 
 
 
225 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.297718  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5984  nitroreductase  30 
 
 
228 aa  104  9e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0282838  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1327  nitroreductase family protein  29.18 
 
 
270 aa  102  5e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3631  nitroreductase  26.2 
 
 
225 aa  101  7e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0024  hypothetical protein  27.48 
 
 
225 aa  99.8  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.369937  normal  0.267873 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0723  p-nitrobenzoate reductase  27.43 
 
 
221 aa  96.7  3e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0055643  normal  0.275976 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1410  nitroreductase  27.78 
 
 
231 aa  96.3  4e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0563  p-nitrobenzoate reductase  27.78 
 
 
218 aa  95.9  4e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000325568  hitchhiker  0.0000528283 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1408  nitroreductase  25.45 
 
 
217 aa  87.8  1e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7190  Nitroreductase  26.21 
 
 
253 aa  65.9  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.561189  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0509  nitroreductase  23.98 
 
 
181 aa  58.2  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0734  nitroreductase family protein  26.02 
 
 
183 aa  57  0.0000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2354  nitroreductase  23.53 
 
 
190 aa  54.7  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0174097  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1856  nitroreductase  24.45 
 
 
350 aa  52.4  0.000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1513  nitroreductase  25.77 
 
 
180 aa  51.6  0.000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000744029 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0182  NADH dehydrogenase  24.38 
 
 
206 aa  50.4  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000000263837  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2684  nitroreductase  26.82 
 
 
178 aa  50.4  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0372  nitroreductase  26.02 
 
 
178 aa  50.1  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1165  nitroreductase family protein  20.75 
 
 
181 aa  49.3  0.00004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000313764  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0997  nitroreductase family protein  20.75 
 
 
181 aa  49.3  0.00004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0119809  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3079  nitroreductase family protein  25.66 
 
 
199 aa  49.7  0.00004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>