291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5417 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5417  nitroreductase  100 
 
 		 226 aa  473  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5984  nitroreductase  69.6 
 
 		 228 aa  338  4e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0282838  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1610  nitroreductase  43.44 
 
 		 235 aa  188  7e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.367755  normal  0.918275 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1938  nitroreductase  43.69 
 
 		 235 aa  186  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.255877  hitchhiker  0.00446173 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1203  nitroreductase  42.6 
 
 		 231 aa  186  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000186245  normal  0.254827 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3352  nitroreductase  43.58 
 
 		 233 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3982  nitroreductase  42.06 
 
 		 233 aa  181  8.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1608  oxidoreductase protein  41.89 
 
 		 235 aa  180  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000515625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1481  nitroreductase  41.4 
 
 		 236 aa  177  8e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0222  putative nitroreductase  42.27 
 
 		 229 aa  176  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2263  nitroreductase  42.66 
 
 		 224 aa  176  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513133 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47250  Nitroreductase  40.37 
 
 		 224 aa  175  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0345  nitroreductase  43.12 
 
 		 228 aa  174  7e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8469  nitroreductase  42.2 
 
 		 240 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2012  nitroreductase  40.83 
 
 		 223 aa  174  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.142493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6984  nitroreductase  42.48 
 
 		 229 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7105  nitroreductase  40.91 
 
 		 229 aa  169  4e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0573  nitroreductase family protein  38.5 
 
 		 228 aa  168  6e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0926  nitroreductase  39.64 
 
 		 223 aa  164  9e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6397  nitroreductase  41.36 
 
 		 242 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2073  nitroreductase  37.78 
 
 		 242 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6027  nitroreductase  38.5 
 
 		 254 aa  159  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3657  nitrobenzoate reductase, putative  38.74 
 
 		 224 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.583331  normal  0.143139 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2908  nitroreductase  39.56 
 
 		 239 aa  158  5e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5783  nitroreductase  38.46 
 
 		 254 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3047  nitroreductase  40.45 
 
 		 239 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.496767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3069  nitroreductase  39.55 
 
 		 242 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.394271 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5940  nitroreductase  38.01 
 
 		 237 aa  154  8e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.118292  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3085  nitroreductase  39.11 
 
 		 258 aa  154  9e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000834764  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2436  nitroreductase  39.55 
 
 		 242 aa  154  9e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3050  nitroreductase  39.55 
 
 		 242 aa  154  9e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.908871  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4912  nitroreductase  38.46 
 
 		 247 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2142  nitroreductase  37.44 
 
 		 236 aa  151  7e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000000385966  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0682  nitroreductase  36.94 
 
 		 249 aa  151  7e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00504715  normal  0.337771 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6222  nitroreductase  38.64 
 
 		 246 aa  151  8e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0408  nitroreductase  35.32 
 
 		 223 aa  145  6e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.341785  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1615  nitroreductase  34.38 
 
 		 257 aa  143  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00251246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1917  nitroreductase  34.4 
 
 		 225 aa  142  4e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.805688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3737  NADH dehydrogenase  35.29 
 
 		 221 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0170  nitroreductase  34.68 
 
 		 221 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.834926  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2316  nitroreductase  36.45 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3999  nitroreductase  33.48 
 
 		 223 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1410  nitroreductase  32.88 
 
 		 231 aa  132  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6301  nitroreductase  37.39 
 
 		 245 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540366  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1543  nitroreductase  36.45 
 
 		 232 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.973718  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3607  nitroreductase  33.03 
 
 		 223 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.127181  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4924  nitroreductase  34.88 
 
 		 222 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5013  nitroreductase  34.88 
 
 		 222 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5306  nitroreductase  34.42 
 
 		 222 aa  121  7e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2969  nitroreductase  31.31 
 
 		 235 aa  121  7e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.788882  normal  0.0360376 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1796  nitroreductase  34.51 
 
 		 227 aa  120  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.539857  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1213  nitroreductase  34.93 
 
 		 221 aa  120  9.999999999999999e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.718567 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3631  nitroreductase  37.27 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5454  nitroreductase  32.72 
 
 		 221 aa  118  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.111331  normal  0.0192138 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5185  nitroreductase  31.31 
 
 		 221 aa  118  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0863183  normal  0.13215 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2325  nitroreductase  36.36 
 
 		 234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278176  normal  0.241368 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1048  nitroreductase  33.03 
 
 		 219 aa  116  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.043093 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0966  nitroreductase  33.65 
 
 		 219 aa  115  6e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4604  nitroreductase  31.39 
 
 		 241 aa  114  7.999999999999999e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.278026  normal  0.441291 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3141  nitroreductase  30.88 
 
 		 237 aa  112  5e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2041  nitroreductase  29.36 
 
 		 220 aa  111  9e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.505491  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2388  nitroreductase  29.82 
 
 		 226 aa  110  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2312  nitroreductase  31.65 
 
 		 220 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.501363  normal  0.270967 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0024  hypothetical protein  34.7 
 
 		 225 aa  109  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.369937  normal  0.267873 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3154  nitroreductase  34.25 
 
 		 225 aa  109  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.297718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0200  nitroreductase  31.98 
 
 		 225 aa  108  6e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.878675  normal  0.802011 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1205  nitroreductase  32.74 
 
 		 229 aa  106  3e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4473  nitroreductase  31.28 
 
 		 225 aa  102  6e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4839  nitroreductase  31.22 
 
 		 238 aa  98.6  7e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0536307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2473  nitroreductase  30.8 
 
 		 235 aa  98.2  9e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0563773  normal  0.616707 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01216  putative oxidoreductase  31.14 
 
 		 223 aa  98.2  9e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.711869  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1973  nitroreductase  28.57 
 
 		 244 aa  97.1  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1690  nitroreductase  28.64 
 
 		 230 aa  97.1  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2168  nitroreductase  28.57 
 
 		 224 aa  96.7  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3603  nitroreductase  28.18 
 
 		 232 aa  95.9  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0181645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1911  nitroreductase  29.82 
 
 		 232 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2199  nitroreductase  27.52 
 
 		 231 aa  89  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.396094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0563  p-nitrobenzoate reductase  28.19 
 
 		 218 aa  88.6  6e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000325568  hitchhiker  0.0000528283 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3698  nitroreductase  28.51 
 
 		 231 aa  88.6  8e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1036  nitroreductase  33.01 
 
 		 241 aa  87  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0710283 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7115  hypothetical protein  27.49 
 
 		 215 aa  84.3  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5533  nitroreductase  30.05 
 
 		 230 aa  84.3  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1327  nitroreductase family protein  30.7 
 
 		 270 aa  83.6  0.000000000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7293  nitroreductase  26.82 
 
 		 228 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.367017 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0519  nitroreductase  28.91 
 
 		 225 aa  81.3  0.00000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000999564  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6296  nitroreductase  28.36 
 
 		 228 aa  76.6  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.214758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1408  nitroreductase  27.06 
 
 		 217 aa  72  0.000000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0723  p-nitrobenzoate reductase  25.11 
 
 		 221 aa  65.9  0.0000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0055643  normal  0.275976 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0556  nitroreductase  27.8 
 
 		 345 aa  64.7  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2354  nitroreductase  25.23 
 
 		 190 aa  63.9  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0174097  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1474  nitroreductase  27.59 
 
 		 334 aa  60.8  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1140  cob(II)yrinic acid a,c-diamide reductase  27.27 
 
 		 269 aa  55.8  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0290509  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1013  nitroreductase family protein  27.88 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0019  nitroreductase  27.04 
 
 		 196 aa  55.5  0.0000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2855  nitroreductase  28.22 
 
 		 191 aa  54.7  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.151785 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4232  nitroreductase  28.36 
 
 		 214 aa  54.7  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.502325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1863  cob(II)yrinic acid a,c-diamide reductase  28.78 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000280674 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0821  nitroreductase family protein  34.29 
 
 		 186 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0116  nitroreductase  27.84 
 
 		 252 aa  54.7  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1657  nitroreductase  25.66 
 
 		 215 aa  54.7  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0325303  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>