162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3657 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3657  nitrobenzoate reductase, putative  100 
 
 
224 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.583331  normal  0.143139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2073  nitroreductase  97.32 
 
 
242 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6222  nitroreductase  73.76 
 
 
246 aa  352  2.9999999999999997e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4912  nitroreductase  69.96 
 
 
247 aa  345  4e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6027  nitroreductase  70.4 
 
 
254 aa  344  7e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5783  nitroreductase  69.51 
 
 
254 aa  337  8e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0682  nitroreductase  64.25 
 
 
249 aa  313  9.999999999999999e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00504715  normal  0.337771 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5940  nitroreductase  61.88 
 
 
237 aa  308  5.9999999999999995e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.118292  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0222  putative nitroreductase  61.36 
 
 
229 aa  293  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1610  nitroreductase  59.73 
 
 
235 aa  291  7e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.367755  normal  0.918275 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1938  nitroreductase  60 
 
 
235 aa  287  7e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.255877  hitchhiker  0.00446173 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7105  nitroreductase  60.91 
 
 
229 aa  287  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1203  nitroreductase  58.74 
 
 
231 aa  286  2.9999999999999996e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000186245  normal  0.254827 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1608  oxidoreductase protein  59.09 
 
 
235 aa  280  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000515625  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6397  nitroreductase  58.56 
 
 
242 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3047  nitroreductase  57.27 
 
 
239 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.496767  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2436  nitroreductase  57.73 
 
 
242 aa  264  7e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3050  nitroreductase  57.73 
 
 
242 aa  264  7e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.908871  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3069  nitroreductase  57.73 
 
 
242 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.394271 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3085  nitroreductase  54.02 
 
 
258 aa  246  3e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000834764  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1615  nitroreductase  52.68 
 
 
257 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00251246  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2142  nitroreductase  52.47 
 
 
236 aa  240  1e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000000385966  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2908  nitroreductase  53.18 
 
 
239 aa  228  5e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1481  nitroreductase  51.39 
 
 
236 aa  226  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6301  nitroreductase  50.91 
 
 
245 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540366  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1410  nitroreductase  47.51 
 
 
231 aa  220  9.999999999999999e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2263  nitroreductase  52.29 
 
 
224 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00513133 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0345  nitroreductase  50.92 
 
 
228 aa  216  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0573  nitroreductase family protein  46.08 
 
 
228 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3982  nitroreductase  47.49 
 
 
233 aa  207  8e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2012  nitroreductase  46.43 
 
 
223 aa  206  2e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.142493  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47250  Nitroreductase  44.8 
 
 
224 aa  203  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3352  nitroreductase  45 
 
 
233 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0408  nitroreductase  45.41 
 
 
223 aa  191  8e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.341785  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3737  NADH dehydrogenase  43.24 
 
 
221 aa  185  6e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6984  nitroreductase  42.99 
 
 
229 aa  184  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795076  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0926  nitroreductase  41.94 
 
 
223 aa  182  3e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3607  nitroreductase  41.18 
 
 
223 aa  165  5.9999999999999996e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.127181  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5984  nitroreductase  40.27 
 
 
228 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0282838  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8469  nitroreductase  39.19 
 
 
240 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0170  nitroreductase  40.54 
 
 
221 aa  163  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.834926  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3999  nitroreductase  39.91 
 
 
223 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5417  nitroreductase  38.74 
 
 
226 aa  159  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5454  nitroreductase  40.83 
 
 
221 aa  150  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.111331  normal  0.0192138 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5185  nitroreductase  40.37 
 
 
221 aa  148  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0863183  normal  0.13215 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1917  nitroreductase  37.73 
 
 
225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.805688  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2388  nitroreductase  38.53 
 
 
226 aa  146  3e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1543  nitroreductase  40.91 
 
 
232 aa  144  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.973718  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2316  nitroreductase  41.36 
 
 
232 aa  144  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1213  nitroreductase  38.81 
 
 
221 aa  143  3e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.718567 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4924  nitroreductase  38.81 
 
 
222 aa  141  8e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5013  nitroreductase  38.81 
 
 
222 aa  141  8e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5306  nitroreductase  38.81 
 
 
222 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1690  nitroreductase  34.39 
 
 
230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3603  nitroreductase  35.65 
 
 
232 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0181645  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1973  nitroreductase  35.14 
 
 
244 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1048  nitroreductase  36.19 
 
 
219 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.043093 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4839  nitroreductase  35.81 
 
 
238 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0536307  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2312  nitroreductase  36.92 
 
 
220 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.501363  normal  0.270967 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0200  nitroreductase  36.36 
 
 
225 aa  133  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.878675  normal  0.802011 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4604  nitroreductase  36.32 
 
 
241 aa  132  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.278026  normal  0.441291 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0966  nitroreductase  35.71 
 
 
219 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1911  nitroreductase  34.25 
 
 
232 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2168  nitroreductase  34.98 
 
 
224 aa  126  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0519  nitroreductase  31.19 
 
 
225 aa  122  4e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000999564  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2969  nitroreductase  34.43 
 
 
235 aa  122  4e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.788882  normal  0.0360376 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1036  nitroreductase  32.7 
 
 
241 aa  122  6e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0710283 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2199  nitroreductase  31.08 
 
 
231 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.396094  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4473  nitroreductase  34.98 
 
 
225 aa  119  3e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7293  nitroreductase  31.98 
 
 
228 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.367017 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7115  hypothetical protein  32.57 
 
 
215 aa  118  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3698  nitroreductase  32.38 
 
 
231 aa  117  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2041  nitroreductase  30.8 
 
 
220 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.505491  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5533  nitroreductase  33.49 
 
 
230 aa  116  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6296  nitroreductase  33.17 
 
 
228 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.214758  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3141  nitroreductase  32.42 
 
 
237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0024  hypothetical protein  32.14 
 
 
225 aa  105  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.369937  normal  0.267873 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3631  nitroreductase  31.56 
 
 
225 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2325  nitroreductase  31.11 
 
 
234 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278176  normal  0.241368 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2473  nitroreductase  30.7 
 
 
235 aa  100  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0563773  normal  0.616707 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01216  putative oxidoreductase  26.67 
 
 
223 aa  100  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.711869  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1796  nitroreductase  30.8 
 
 
227 aa  99  6e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.539857  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3154  nitroreductase  32.14 
 
 
225 aa  94  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.297718  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1408  nitroreductase  27.06 
 
 
217 aa  91.3  1e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1327  nitroreductase family protein  30.09 
 
 
270 aa  90.5  2e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0723  p-nitrobenzoate reductase  28.57 
 
 
221 aa  89  5e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0055643  normal  0.275976 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1205  nitroreductase  28.96 
 
 
229 aa  85.9  4e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0563  p-nitrobenzoate reductase  27.14 
 
 
218 aa  79  0.00000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000325568  hitchhiker  0.0000528283 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0182  NADH dehydrogenase  27.27 
 
 
206 aa  62  0.000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000000263837  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0019  nitroreductase  26.67 
 
 
196 aa  60.5  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1834  nitroreductase  24.5 
 
 
190 aa  57.8  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000154259  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2164  nitroreductase  25.13 
 
 
190 aa  57.4  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0372  nitroreductase  25.52 
 
 
178 aa  55.5  0.0000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0694  nitroreductase  23.76 
 
 
183 aa  55.1  0.0000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.402157  unclonable  1.19991e-19 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1045  nitroreductase  25 
 
 
174 aa  52.8  0.000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.644951  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1872  nitroreductase  45.21 
 
 
232 aa  52  0.000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08360  conserved hypothetical protein  23.42 
 
 
285 aa  50.4  0.00002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.811217  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1474  nitroreductase  23.83 
 
 
334 aa  49.7  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1641  nitroreductase  40 
 
 
272 aa  50.1  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0116  nitroreductase  27.01 
 
 
252 aa  49.3  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>