142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5533 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5533  nitroreductase  100 
 
 
230 aa  470  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1690  nitroreductase  57.08 
 
 
230 aa  278  6e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2199  nitroreductase  58.59 
 
 
231 aa  277  8e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.396094  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1911  nitroreductase  60.81 
 
 
232 aa  272  3e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3603  nitroreductase  57.66 
 
 
232 aa  271  6e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0181645  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7115  hypothetical protein  58.88 
 
 
215 aa  267  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1036  nitroreductase  54.85 
 
 
241 aa  265  2.9999999999999995e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0710283 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3698  nitroreductase  56.88 
 
 
231 aa  254  6e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1973  nitroreductase  58.11 
 
 
244 aa  253  2.0000000000000002e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4839  nitroreductase  47.49 
 
 
238 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0536307  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7293  nitroreductase  45.62 
 
 
228 aa  204  7e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.367017 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6296  nitroreductase  45.66 
 
 
228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.214758  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2041  nitroreductase  37.61 
 
 
220 aa  159  4e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.505491  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0573  nitroreductase family protein  34.56 
 
 
228 aa  142  6e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3737  NADH dehydrogenase  34.42 
 
 
221 aa  139  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6222  nitroreductase  36.07 
 
 
246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3141  nitroreductase  34.88 
 
 
237 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0408  nitroreductase  32.56 
 
 
223 aa  132  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.341785  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2908  nitroreductase  35.32 
 
 
239 aa  132  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3352  nitroreductase  35.45 
 
 
233 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1615  nitroreductase  31.47 
 
 
257 aa  128  6e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00251246  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2073  nitroreductase  33.49 
 
 
242 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4604  nitroreductase  35.02 
 
 
241 aa  128  7.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.278026  normal  0.441291 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0222  putative nitroreductase  32.89 
 
 
229 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1481  nitroreductase  33.95 
 
 
236 aa  126  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3657  nitrobenzoate reductase, putative  33.49 
 
 
224 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.583331  normal  0.143139 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1938  nitroreductase  34.86 
 
 
235 aa  125  5e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.255877  hitchhiker  0.00446173 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3085  nitroreductase  31.44 
 
 
258 aa  124  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000834764  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6397  nitroreductase  33.06 
 
 
242 aa  122  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0682  nitroreductase  34.04 
 
 
249 aa  123  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00504715  normal  0.337771 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1610  nitroreductase  33.63 
 
 
235 aa  123  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.367755  normal  0.918275 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47250  Nitroreductase  35.41 
 
 
224 aa  121  9e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6027  nitroreductase  33.65 
 
 
254 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3069  nitroreductase  32.58 
 
 
242 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.394271 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5940  nitroreductase  34.58 
 
 
237 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.118292  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6301  nitroreductase  32.44 
 
 
245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540366  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2436  nitroreductase  32.13 
 
 
242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3050  nitroreductase  32.13 
 
 
242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.908871  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2473  nitroreductase  32.17 
 
 
235 aa  120  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0563773  normal  0.616707 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3047  nitroreductase  33.05 
 
 
239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.496767  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1203  nitroreductase  33.04 
 
 
231 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000186245  normal  0.254827 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2316  nitroreductase  37.44 
 
 
232 aa  118  9e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4912  nitroreductase  32.85 
 
 
247 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7105  nitroreductase  31.58 
 
 
229 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1543  nitroreductase  37.44 
 
 
232 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.973718  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0345  nitroreductase  35.9 
 
 
228 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2012  nitroreductase  34.72 
 
 
223 aa  115  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.142493  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5783  nitroreductase  32.69 
 
 
254 aa  115  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2142  nitroreductase  29.13 
 
 
236 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000000385966  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3982  nitroreductase  33.48 
 
 
233 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2263  nitroreductase  34.69 
 
 
224 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00513133 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4473  nitroreductase  34.1 
 
 
225 aa  115  7.999999999999999e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3607  nitroreductase  32.24 
 
 
223 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.127181  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0966  nitroreductase  35.61 
 
 
219 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1048  nitroreductase  35.61 
 
 
219 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.043093 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0170  nitroreductase  29.44 
 
 
221 aa  113  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.834926  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1410  nitroreductase  28.96 
 
 
231 aa  112  4.0000000000000004e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2388  nitroreductase  31.31 
 
 
226 aa  112  7.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2312  nitroreductase  33.02 
 
 
220 aa  111  9e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.501363  normal  0.270967 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1608  oxidoreductase protein  31.19 
 
 
235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000515625  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01216  putative oxidoreductase  29.63 
 
 
223 aa  107  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.711869  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1796  nitroreductase  30.09 
 
 
227 aa  105  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.539857  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0926  nitroreductase  31.6 
 
 
223 aa  105  6e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3999  nitroreductase  30.56 
 
 
223 aa  105  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0519  nitroreductase  29.57 
 
 
225 aa  105  7e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000999564  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2168  nitroreductase  28.05 
 
 
224 aa  104  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1917  nitroreductase  31.63 
 
 
225 aa  101  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.805688  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3631  nitroreductase  28.9 
 
 
225 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0024  hypothetical protein  30.04 
 
 
225 aa  101  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.369937  normal  0.267873 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2325  nitroreductase  28.84 
 
 
234 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278176  normal  0.241368 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6984  nitroreductase  30.33 
 
 
229 aa  99.8  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795076  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3154  nitroreductase  31.67 
 
 
225 aa  98.6  8e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.297718  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5984  nitroreductase  29.78 
 
 
228 aa  96.3  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0282838  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0723  p-nitrobenzoate reductase  27.52 
 
 
221 aa  94  2e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0055643  normal  0.275976 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5454  nitroreductase  32.26 
 
 
221 aa  92  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.111331  normal  0.0192138 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5185  nitroreductase  31.48 
 
 
221 aa  91.7  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0863183  normal  0.13215 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1205  nitroreductase  27.48 
 
 
229 aa  90.5  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5417  nitroreductase  30.05 
 
 
226 aa  90.1  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2969  nitroreductase  27.96 
 
 
235 aa  90.1  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.788882  normal  0.0360376 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0563  p-nitrobenzoate reductase  24.43 
 
 
218 aa  88.2  1e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000325568  hitchhiker  0.0000528283 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1213  nitroreductase  28.37 
 
 
221 aa  87.4  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.718567 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1408  nitroreductase  29.7 
 
 
217 aa  86.7  3e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4924  nitroreductase  29.68 
 
 
222 aa  85.5  6e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5013  nitroreductase  29.68 
 
 
222 aa  85.5  6e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5306  nitroreductase  29.22 
 
 
222 aa  83.2  0.000000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8469  nitroreductase  27.41 
 
 
240 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1327  nitroreductase family protein  26.09 
 
 
270 aa  80.1  0.00000000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0200  nitroreductase  29.85 
 
 
225 aa  80.1  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.878675  normal  0.802011 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0893  nitroreductase  27.44 
 
 
187 aa  64.7  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0202115  hitchhiker  0.00000963559 
 
 
-
 
NC_002950  PG0734  nitroreductase family protein  28.9 
 
 
183 aa  62  0.000000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0182  NADH dehydrogenase  26.34 
 
 
206 aa  59.7  0.00000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000000263837  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1045  nitroreductase  27.03 
 
 
174 aa  55.1  0.0000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.644951  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4153  nitroreductase  29.08 
 
 
273 aa  53.1  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000365143  normal  0.488904 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3290  putative nitroreductase family protein  32.31 
 
 
284 aa  52.4  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.106702 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1845  nitroreductase  24.29 
 
 
278 aa  52  0.000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000200158  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1356  nitroreductase  24.3 
 
 
194 aa  51.6  0.000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3098  nitroreductase  29.65 
 
 
304 aa  51.6  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1720  nitroreductase  25 
 
 
196 aa  50.8  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2365  nitroreductase  27 
 
 
273 aa  50.1  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1568  nitroreductase  21.18 
 
 
191 aa  49.3  0.00005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>