285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1608 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1608  oxidoreductase protein  100 
 
 
235 aa  482  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000515625  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1938  nitroreductase  84.26 
 
 
235 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.255877  hitchhiker  0.00446173 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1610  nitroreductase  83.83 
 
 
235 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.367755  normal  0.918275 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0222  putative nitroreductase  71.62 
 
 
229 aa  342  4e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1203  nitroreductase  68.86 
 
 
231 aa  336  1.9999999999999998e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000186245  normal  0.254827 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7105  nitroreductase  68.89 
 
 
229 aa  330  2e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3047  nitroreductase  66.96 
 
 
239 aa  312  2.9999999999999996e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.496767  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2436  nitroreductase  68 
 
 
242 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3050  nitroreductase  68 
 
 
242 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.908871  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6397  nitroreductase  68.3 
 
 
242 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3069  nitroreductase  68 
 
 
242 aa  310  1e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.394271 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6027  nitroreductase  62.67 
 
 
254 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0682  nitroreductase  62.61 
 
 
249 aa  296  2e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00504715  normal  0.337771 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5783  nitroreductase  61.78 
 
 
254 aa  295  5e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2073  nitroreductase  59.29 
 
 
242 aa  284  7e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6222  nitroreductase  61.82 
 
 
246 aa  284  1.0000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4912  nitroreductase  57.14 
 
 
247 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3657  nitrobenzoate reductase, putative  59.09 
 
 
224 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.583331  normal  0.143139 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2142  nitroreductase  56.65 
 
 
236 aa  271  9e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000000385966  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5940  nitroreductase  53.85 
 
 
237 aa  269  2.9999999999999997e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.118292  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1481  nitroreductase  60.37 
 
 
236 aa  266  1e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3085  nitroreductase  56.14 
 
 
258 aa  266  2e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000834764  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1615  nitroreductase  55.46 
 
 
257 aa  263  2e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00251246  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2908  nitroreductase  56.56 
 
 
239 aa  251  5.000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0345  nitroreductase  54.87 
 
 
228 aa  249  3e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2263  nitroreductase  55.36 
 
 
224 aa  247  9e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00513133 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0573  nitroreductase family protein  51.57 
 
 
228 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3352  nitroreductase  50.91 
 
 
233 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6301  nitroreductase  52.21 
 
 
245 aa  227  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540366  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1410  nitroreductase  46.64 
 
 
231 aa  216  2.9999999999999998e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47250  Nitroreductase  47.06 
 
 
224 aa  213  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3982  nitroreductase  46.82 
 
 
233 aa  203  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0408  nitroreductase  43.11 
 
 
223 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.341785  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8469  nitroreductase  45.33 
 
 
240 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0926  nitroreductase  44.34 
 
 
223 aa  194  1e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6984  nitroreductase  45.33 
 
 
229 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795076  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2012  nitroreductase  42.79 
 
 
223 aa  192  3e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.142493  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5417  nitroreductase  41.89 
 
 
226 aa  180  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3737  NADH dehydrogenase  40.36 
 
 
221 aa  180  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1917  nitroreductase  42.59 
 
 
225 aa  178  5.999999999999999e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.805688  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5984  nitroreductase  43.95 
 
 
228 aa  177  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0282838  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3607  nitroreductase  43.69 
 
 
223 aa  176  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.127181  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3999  nitroreductase  41.18 
 
 
223 aa  169  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2388  nitroreductase  40.45 
 
 
226 aa  164  8e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0170  nitroreductase  38.91 
 
 
221 aa  163  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.834926  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5454  nitroreductase  42.6 
 
 
221 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.111331  normal  0.0192138 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2312  nitroreductase  40.27 
 
 
220 aa  150  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.501363  normal  0.270967 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5185  nitroreductase  41.44 
 
 
221 aa  149  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0863183  normal  0.13215 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2316  nitroreductase  42.51 
 
 
232 aa  145  6e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1543  nitroreductase  42.03 
 
 
232 aa  144  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.973718  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1213  nitroreductase  39.91 
 
 
221 aa  142  3e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.718567 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4604  nitroreductase  37.44 
 
 
241 aa  143  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.278026  normal  0.441291 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1048  nitroreductase  38.71 
 
 
219 aa  141  9e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.043093 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0966  nitroreductase  38.25 
 
 
219 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0200  nitroreductase  37.73 
 
 
225 aa  139  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.878675  normal  0.802011 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1911  nitroreductase  35.02 
 
 
232 aa  138  6e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4924  nitroreductase  38.57 
 
 
222 aa  137  1e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5013  nitroreductase  38.57 
 
 
222 aa  137  1e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5306  nitroreductase  38.12 
 
 
222 aa  135  8e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2969  nitroreductase  36.49 
 
 
235 aa  134  9e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.788882  normal  0.0360376 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6296  nitroreductase  35.94 
 
 
228 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.214758  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4473  nitroreductase  37.1 
 
 
225 aa  130  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1690  nitroreductase  32.44 
 
 
230 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3603  nitroreductase  31.49 
 
 
232 aa  128  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0181645  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1036  nitroreductase  32.61 
 
 
241 aa  125  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0710283 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0519  nitroreductase  31.53 
 
 
225 aa  125  5e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000999564  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1973  nitroreductase  31.58 
 
 
244 aa  125  6e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4839  nitroreductase  33.92 
 
 
238 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0536307  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2041  nitroreductase  30.09 
 
 
220 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.505491  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7115  hypothetical protein  32.11 
 
 
215 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2199  nitroreductase  31.7 
 
 
231 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.396094  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3698  nitroreductase  32.11 
 
 
231 aa  115  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2168  nitroreductase  32.57 
 
 
224 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7293  nitroreductase  31.74 
 
 
228 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.367017 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3631  nitroreductase  31.98 
 
 
225 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1796  nitroreductase  31.25 
 
 
227 aa  106  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.539857  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0024  hypothetical protein  32.74 
 
 
225 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.369937  normal  0.267873 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2325  nitroreductase  31.53 
 
 
234 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278176  normal  0.241368 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1408  nitroreductase  31.96 
 
 
217 aa  103  3e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01216  putative oxidoreductase  27.78 
 
 
223 aa  102  6e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.711869  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5533  nitroreductase  31.19 
 
 
230 aa  101  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1205  nitroreductase  30.36 
 
 
229 aa  100  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2473  nitroreductase  31.34 
 
 
235 aa  100  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0563773  normal  0.616707 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3141  nitroreductase  29.44 
 
 
237 aa  100  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0723  p-nitrobenzoate reductase  28.19 
 
 
221 aa  96.7  3e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0055643  normal  0.275976 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1327  nitroreductase family protein  28.7 
 
 
270 aa  91.3  1e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3154  nitroreductase  30.63 
 
 
225 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.297718  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0563  p-nitrobenzoate reductase  26.27 
 
 
218 aa  86.7  3e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000325568  hitchhiker  0.0000528283 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0182  NADH dehydrogenase  26.94 
 
 
206 aa  66.2  0.0000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000000263837  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1474  nitroreductase  26.59 
 
 
334 aa  64.7  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0556  nitroreductase  24.03 
 
 
345 aa  62.8  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3085  nitroreductase family protein  25.24 
 
 
215 aa  56.6  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000156331 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0707  nitroreductase  46.15 
 
 
177 aa  56.2  0.0000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0221  nitroreductase  42.62 
 
 
180 aa  55.8  0.0000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.602782  normal  0.0189765 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2187  nitroreductase  47.54 
 
 
173 aa  54.7  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.530109 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1207  nitroreductase  41.51 
 
 
165 aa  54.7  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0777981  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0019  nitroreductase  25.87 
 
 
196 aa  54.7  0.000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2684  nitroreductase  29.36 
 
 
178 aa  54.7  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2852  nitroreductase  52.46 
 
 
178 aa  53.9  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2367  nitroreductase family protein  23.53 
 
 
215 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.130661  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>